BMKCloud Log in
条形banner-03

Xəbərlər

GENOMUN TƏKAMÜLÜ

PNAS

Qızıl balıqların (Carassius auratus) təkamül mənşəyi və əhliləşdirmə tarixi

PacBio |Illumina |Bionano Genom Xəritəsi |Hi-C Genom Assambleyası |Genetik Xəritə |GWAS |RNT-Seq

Vurğulananlar

1.Goldfish genomu yüksək keyfiyyətli montaj versiyası ilə yeniləndi, kontiglərin 95,75%-ni 50 psevdoxromosoma birləşdirdi (Scaffold N50=31,84 Mb).İki alt genom ayrıldı.

2. Əhliləşdirmə zamanı selektiv süpürgələrin genomik bölgələri, əhliləşdirmə xüsusiyyətləri ilə əlaqəli olan 390-dan çox namizəd geni üzə çıxaran 201 fərdin məlumatlarının təkrarlanması nəticəsində müəyyən edilmişdir.

3. Əhliləşdirilmiş qızıl balıqlarda dorsal üzgəcdə GWAS potensial olaraq əlaqəli olan 378 namizəd gen aşkar etdi.Bir tirozin-protein kinaz müxbiri şəffaflıqla əlaqəli səbəb-nəticə geninin namizədi olaraq təyin olundu.

Fon

Qızıl balıq (Carassius auratus) qədim Çində crucian sazanından əhliləşdirilən ən mühüm əkinçilik balıqlarından biridir.Çarlz Darvin onları "Demək olar ki, sonsuz rəng müxtəlifliyindən keçərək, strukturun ən qeyri-adi dəyişiklikləri ilə qarşılaşırıq" kimi şərh etdi.Son dərəcə müxtəlif xüsusiyyətlər və uzun əhliləşdirmə və yetişdirmə tarixi qızıl balıqları balıq fiziologiyası və təkamülü üçün əla genetik model sistemi edir.

Nailiyyətlər

Qızıl balıq genomu

JPacBio və Illumina cüt uçlu ardıcıllıq məlumatlarının məlhəm təhlili ilkin 1,657 G qaralama yığımını verir (Contig N50=474 Kb).Bionano optik xəritəsi yaradıldı və montajı 1,73 Gb ölçüsündə düzəldib (Təxmini genom ölçüsü: 1,8 Gb).Hi-C əsaslı montaj iskele N50-ni 606 Kb-dan 31.84 Mb-a qədər daha da təkmilləşdirdi və 95.75% (1.65 Gb) yönümlü və sifarişli anker sürətinə nail oldu.Genom 56,251 kodlaşdırıcı gen və 10,098 uzun kodlaşdırılmayan transkriptdən ibarətdir.Bundan əlavə, 50 xromosomdan 38 potensial sentromerik bölgə proqnozlaşdırıldı.

yeniliklər-pnas-qızıl balıq-şəkil1

Şəkil 1 Qızıl balıq Genomu

TQədim hibridləşmə hadisəsi nəticəsində yaranan 50 qızıl balıq xromosomunda aydın subgenom dəstləri müəyyən edilmişdir.Qızıl balıq və Barbinae arasında uyğunlaşdırılmış oxunma nisbəti daha yüksək olan xromosomlar toplusu subgenom A (ChrA01~A25), yəni Barbinae üçün ümumi olan subgenom, qalanları isə altgenom B (ChrB01~B25) kimi müəyyən edilmişdir.

Evləşdirmə və selektiv süpürmələr

Acəmi 16 vəhşi tip xaç sazanının və 185 təmsil qızıl balıq variantının orta ardıcıllıq dərinliyi təqribən 12,5X olan ardıcıllıq olub, 4,3 terabaza məlumat yaradıb.Filogenetik rekonstruksiya və PCA analizi adi qızıl balıq ilə crucian sazanı arasında digər qızıl balıqlara nisbətən daha yaxın əlaqəni təsdiqlədi.

yeniliklər-pnas-qızıl balıq-fig2-1-1024x287

LYuxarıdakı dörd alt populyasiya üzrə D çürümə analizi qızıl balıqlarda əhliləşdirmə və güclü süni seçim zamanı populyasiyanın genetik darboğazının mövcudluğunu dəstəklədi.Xırç sazanından adi qızılbalığa, daha sonra Wen qızılbalığına və Yumurta qızılbalığına qədər artan genetik müxtəlifliyin (π) əhliləşdirilməsi zamanı genetik dəyişikliklərin əhəmiyyətli dərəcədə yığıldığını göstərir.25.2 Mb və 946 geni əhatə edən 50 selektiv süpürmə genomik bölgəsi təmsilçi məlumatlardan (33 qızıl balıq və 16 crucian crap) müəyyən edilmişdir.Təhlilləri 201 fərd üçün genişləndirən 393 gen, tamamlanmış selektiv taramanın bölgələrini göstərdi.Bu genlər, ehtimal ki, qızıl balıqlarda əsas əhliləşdirmə xüsusiyyətləri ilə əlaqəli fenotiplərə töhfə verən aşağı müxtəliflikdə tapıldı.

yeniliklər-pnas-qızıl balıq-fig3-1024x451

Fig.3 Genom miqyasında əhliləşdirmə ilə əlaqəli analiz

GWAS əhliləşdirilmiş qızıl balıqda

DOrsal üzgəc Wen qızıl balıqlarını Yumurta qızılbalığından fərqləndirən əsas xüsusiyyətdir.96 Wen qızıl balıq və 87 Yumurta qızılbalığı üzərində dorsal üzgəclərin GWAS-ı 13 xromosomda yayılmış 378 namizəd gen aşkar etdi və bu genlərin subgenomlar arasında qeyri-bərabər paylanması müşahidə edildi.Bu namizəd genlər üzrə funksional analiz bioloji prosesləri, o cümlədən “Hüceyrə səthi reseptorlarının siqnalizasiyası”, “Transmembran nəqli”, “Skelet sisteminin inkişafı” və s.

yeniliklər-pnas-qızıl balıq-fig4-1024x353

Fig.4 Əhliləşdirilmiş qızıl balıqların arxa üzgəclərinin GWAS-ı

IŞəffaf miqyasla əlaqəli xüsusiyyətlərin n GWAS, tək güclü birləşmə zirvəsi aşkar edildi.Namizəd bölgələrdən birində tirozin-protein kinaz reseptorunu kodlayan gen müəyyən edilib.

yeniliklər-pnas-qızıl balıq-fig5-1024x271

Fig.5 Şəffaf miqyasla əlaqəli əlamətlərin GWAS

İstinad

Chen D et al.Qızıl balıqların (Carassius auratus) təkamül mənşəyi və əhliləşdirmə tarixi.PNAS (2020)

Xəbərlər  Ən son uğurlu hadisələri Biomarker Technologies ilə bölüşmək, yeni elmi nailiyyətləri, eləcə də tədqiqat zamanı tətbiq olunan görkəmli texnikaları əldə etmək məqsədi daşıyır.


Göndərmə vaxtı: 04 yanvar 2022-ci il

Mesajınızı bizə göndərin: