GENOMUN TƏKAMÜLÜ
Genom De novo
Assembly|Cinsiyyətin təyini Bütün ardıcıllıq işləri və qismən bioinformatika xidmətləri Biomarker Techonologies tərəfindən təmin edilmişdir.
mücərrəd
"Dəniz əjdahalarının ikonik fenotipinə yarpaq kimi əlavələr, dişsiz boru ağızı və mayalanmış yumurtaların açıq “bala yaması” üzərində inkubasiyasını əhatə edən kişi hamiləliyi daxildir.Biz adi dəniz əjdahasının (Phyllopteryx taeniolatus) və onun yaxın qohumluq növləri olan timsah boru balığının (Syngnathoides biaculeatus) erkək və dişi genomlarını novo-ardıcıllaşdırdıq.Təkamül yeniliyindən, yarpaq kimi əlavələrdən transkripsiya profilləri göstərir ki, adətən üzgəclərin inkişafında iştirak edən bir sıra genlər, eləcə də potensial toxuma təmiri və immun müdafiə genləri üçün transkriptlərin zənginləşdirilməsi seçilib.Bütün sinqnatidlərdə itən scpp5 üçün zebrafish mutantlarında faringeal dişlərin olmadığı və ya deformasiyaya uğradığı aşkar edilmişdir ki, bu da scpp5 itkisinin sinqnatidlərdə dişlərin itməsinə səbəb olduğu fərziyyəsini dəstəkləyir.Adi dəniz əjdahası və alliqator boru balığı tərəfindən paylaşılan erkək spesifik amhr2y genini kodlayan ehtimal olunan cinsi təyin edən lokus müəyyən edilmişdir. ”
Materiallar və metodlar:
Materiallar
Fbizim ümumi dəniz əjdahamız (P. taeniolatus) və iki timsah borubalığı (S. biaculeatus) nümunələri.Bütün genom ardıcıllığı üçün iki ümumi dənizdraqonu (bir erkək və bir dişi) və iki timsah boru balığı (bir erkək və bir dişi) fərdindən, genomun təkrar sekvensiyası üçün isə digər iki erkək ümumi dənizdragon fərdindən istifadə edilmişdir.
Genom ardıcıllığı strategiyası
270/350 bp kitabxana (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) və ya Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000).sequencing, və iki digər kişi ümumi dənizdragon fərdləri genomun təkrar sıralanması üçün istifadə edilmişdir.
Transkriptomun ardıcıllığı
Fvə ya adi dənizdragonu, beyin, göz, gill, qaraciyər, ürək, böyrək, mezenter, bağırsaq, əzələ, üzgəc, dəri, yarpağa bənzər əlavələr, xaya və yumurtalıq toplanmışdır.
Genom de novo montaj strategiyası
Canu (Düzeltmə) + WTDBG2 (Məclis) + Pilon (Polşa) + Lachesis (Hi-C).
Əsas Nəticələr
Şək. 1. Adi dəniz əjdahasının (P. taeniolatus) və alliqator borubalığının (S. biaculeatus) əsas xüsusiyyətləri və onların filogenetik mövqeləri.
Şəkil 2. Adi dəniz əjdahasında (P. taeniolatus) yarpağabənzər əlavələrin morfologiyası və genetik quruluşu.
Şəkil 3. Adi dəniz əjdahasında (P. taeniolatus) və timsah borubalığında (S. biaculeatus) ehtimal olunan cinsi təyin edən gen.
Şəkil 4. Zebra balığı scpp5 homozigot mutantlarında faringeal diş fenotipləri.
Göndərmə vaxtı: 08 yanvar 2022-ci il