GENOMUN TƏKAMÜLÜ, PANGENOM
Pan-genom nədir?
Yığılmış sübutlar göstərir ki, bir növün müxtəlif suşları arasında fərq böyük ola bilər.Tək bir genom, bir növün genetik məlumatının bütün mənzərəsini əldə etmək üçün kifayət deyil.Pan-genom tədqiqatının məqsədi bir növün daha əhatəli genomik qrafikini əldə etmək və variasiyaların daha dərin və geniş şəkildə öyrənilməsinə imkan verən çoxsaylı ştammların genom de novo montajını həyata keçirməklə əlamətlər və genetik kodlar arasındakı əlaqələri deşifrə etməkdir.
Pan-genom Tədqiqatının Trendləri
Şəkil 1 Pan-genomun nəşr olunmuş tədqiqat işlərinin tendensiyaları.
Qeyd: Şəkil Nature, Cell və Science seriyalı jurnallarda dərc olunan məqalələrin başlıqlarını axtarmaq üçün açar söz kimi “pan-genom”un götürülməsinin nəticəsini göstərir.
a.Çoxsaylı nümunələrdən oxunanlar istinada uyğunlaşdırılır və düzülməmişlər yeni kontiglərə yığılır.Bu yeni kontigləri orijinal istinad ardıcıllığına əlavə etməklə, pangenom arayışı qurmaq olar.İstifadə edilə bilən bölgələr pangenomun bütün oxunuşlarının xəritələşdirilməsi əsasında müəyyən edilir.
b.Çoxsaylı birləşmələrin genomlarının de novo yığılması, ayrılmaz genomik bölgələri müəyyən etmək üçün bütün genom uyğunlaşdırma yanaşmalarına imkan verir.
c.Pan-genom qrafiki bütün genom düzülüşündən və ya de-novo qrafik montajı ilə qurula bilər ki, bu da istifadə edilə bilən bölgələrin variant məlumatlarını qrafik vasitəsilə unikal yollar kimi səmərəli şəkildə saxlayır.
Pan-genomu necə qurmaq olar?
Şəkil 2 Pan-genom yanaşmalarının müqayisəsi1
a.Çoxsaylı nümunələrdən oxunanlar istinada uyğunlaşdırılır və düzülməmişlər yeni kontiglərə yığılır.Bu yeni kontigləri orijinal istinad ardıcıllığına əlavə etməklə, pangenom arayışı qurmaq olar.İstifadə edilə bilən bölgələr pangenomun bütün oxunuşlarının xəritələşdirilməsi əsasında müəyyən edilir.
b.Çoxsaylı birləşmələrin genomlarının de novo yığılması, ayrılmaz genomik bölgələri müəyyən etmək üçün bütün genom uyğunlaşdırma yanaşmalarına imkan verir.
c.Pan-genom qrafiki bütün genom düzülüşündən və ya de-novo qrafik montajı ilə qurula bilər ki, bu da istifadə edilə bilən bölgələrin variant məlumatlarını qrafik vasitəsilə unikal yollar kimi səmərəli şəkildə saxlayır.
Bu yaxınlarda nəşr olunan Pan-genomlar
● Təcavüz pan-genomları2
● Pomidor pan-genomları 3
● Düyü qabı -genom4
● Günəbaxan Pan-genomu5
● Soya Pan-genomu 6
● Düyü Pan-genomu7
● Arpa Pan-genomu8
● Buğda Pan-genomu9
● Sorghum Pan-genomu10
● Fitoplankton Pan-genomu11
İstinad
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Bitki pan-genomları yeni istinaddır.Nat Bitkilər.2020;6(8):914-920.doi: 10.1038/s41477-020-0733-0
2. Song JM, Guan Z, Hu J, et al.Səkkiz yüksək keyfiyyətli genom, pan-genom arxitekturasını və Brassica napusun ekotip fərqliliyini ortaya qoyur.Nat Bitkilər.2020;6(1):34-45.doi: 10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al.Pomidor pan-genomu yeni genləri və meyvə ləzzətini tənzimləyən nadir alleli açır.Nat Genet.2019;51(6):1044-1051.doi: 10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H və s.Pan-genom analizi becərilən və yabanı düyüdə genomik variasiyanın dərəcəsini vurğulayır [nəşr edilmiş düzəliş Nat Genet-də görünür.2018 avqust;50(8):1196].Nat Genet.2018;50(2):278-284.doi: 10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M və s.Günəbaxan pan-genom analizi göstərir ki, hibridləşmə gen tərkibini və xəstəliklərə qarşı müqaviməti dəyişib.Nat Bitkilər.2019;5(1):54-62.doi: 10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P və başqaları.Yabanı və mədəni soya paxlasının pan-genomu.Hüceyrə.2020;182(1):162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H və başqaları.33 genetik müxtəlif düyü birləşməsinin pan-genom analizi gizli genomik variasiyaları üzə çıxarır [çapdan əvvəl onlayn nəşr, 25 may 2021].Hüceyrə.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al.Arpa pan-genomu mutasiya yetişdirilməsinin gizli irsini ortaya qoyur.Təbiət.2020;588(7837):284-289.doi: 10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al.Çoxlu buğda genomları müasir heyvandarlıqda qlobal dəyişkənliyi ortaya qoyur.Təbiət.2020;588(7837):277-283.doi: 10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J və başqaları.Mədəni və yabanı sorqumun pan-genomunda geniş dəyişkənlik [çapdan əvvəl onlayn olaraq dərc edilmişdir, 20 may 2021].Nat Bitkilər.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi: 10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W və başqaları.Fitoplankton pangenomu müxtəlif funksiyaların geniş prokaryotik üfüqi gen transferini aşkar edir.Sci Adv.2020;6(18):eaba0111.29 aprel 2020-ci ildə nəşr olundu. doi:10.1126/sciadv.aba0111
Göndərmə vaxtı: 04 yanvar 2022-ci il