GWAS
Başlıq: Bütün genomun təkrar ardıcıllığı Brassica napus mənşəyini və onun təkmilləşdirilməsində iştirak edən genetik lokusları ortaya qoyur
Jurnal: Təbiət Əlaqələri
NGS |WGS |Yenidən sıralama |GWAS |Transkriptom |RNAseq |Brassica napus |Təkamül |Evlilik
Bu araşdırmada Biomarker Technologies NGS ardıcıllığı üzrə xidmətlər, eləcə də ardıcıllıq məlumatlarında bioinformatika təhlili üzrə texniki dəstək göstərmişdir.
Fon
Brassica napus(raps toxumu) mühüm yağlı bitkidir və poliploidlərin spesifikasiyası, təkamülü və seçilməsi proseslərinin tədqiqi üçün əla modeldir.Bununla belə, vəhşi növlərin və ya əhliləşdirilmiş donorların valideyn əcdadları və kolza toxumunun əhliləşdirilməsinə və təkmilləşdirilməsinə töhfə verən genlər olub-olmaması hələ də məlum deyil.
Materiallar və metodlar
Materiallar:588B. napus466-sı Asiyadan, 102-si Avropadan, 13-ü Şimali Amerikadan və 7-si Avstraliyadan daxil olmaqla, bu tədqiqata qoşulmalar cəlb edilib.Böyümə vərdişi qeydlərinə əsasən, bu materiallar üç ekotipə bölündü;yaz (86 qoşulma), qış (74 qoşulma) və yarımqış (428 qoşulma).
Sıralama:Ortalama təqribən.5× (3,37× ilə 7,71× arasında dəyişir)
Sıralama platforması:Illumina Hiseq 4000
Məlumat istehsalı:4.03 Tb təmiz məlumat
SNP çağırışı:BWA + GATK.5,294,158 SNP və 1,307,151 InDels əldə edildi.
Nəticələr
B. napusun mənşəyi
B. napusAvropa şalgamının əcdadından bir subgenom inkişaf etmişdir.Avropa şalgamdan bir gen axını hadisəsiB. napus Bir altgenom ~106-1170 il əvvəl meydana gəldi.B. napusC altgenomu bu nəsillərin ortaq əcdadından inkişaf etmiş ola bilər.əcdadıB. napusDörd B. oleracea alt növünün ortaq əcdadından ayrılmış, son gen axını iləB. napus~108-898 il əvvəl.B. napusC altgenomu A Altgenomundan daha mürəkkəb mənşəyə malikdir.Hər iki altgenomda güclü darboğaz yarandıB. napustəkamül.Qış və yarı qışB. napusekotiplər təxminən 60 il əvvəl ayrıldı, qış və yazB. napus~416 il əvvəl ayrıldı və yağlı və yağsızB. napus~277 il əvvəl ayrıldı.
Şəkil 2 588 B. napus birləşməsinin və 199 B. rapa birləşməsinin əhalinin strukturu.
Şəkil 3 588 B. napus birləşməsinin və 119 B. oleracea birləşməsinin populyasiya quruluşu
Seçim siqnalları və genom üzrə assosiasiya tədqiqatları.
Təkmilləşdirmənin birinci mərhələsində (FSI) B.napus C altgenomunda A altgenomuna nisbətən daha çox genetik müxtəliflik itirildi.Təkmilləşdirmənin ikinci mərhələsinə (SSI) nisbətən FSI zamanı daha az genetik diferensiasiya baş verdi.SSI-seçim siqnal bölgələrindəki genlər stresə dözümlülük, inkişaf və metabolik yollarla zənginləşdirilmişdir.10 hədəf əlamətlə əhəmiyyətli dərəcədə əlaqəli olan 60 lokus, o cümlədən 5-i toxum məhsuldarlığı, 3-ü silika uzunluğu, 4-ü yağ tərkibi və 48-i toxum keyfiyyəti ilə bağlı müəyyən edilmişdir.
Şək. 4 B. napusun SSI zamanı seçilmiş bölgələrin genom miqyasında skan edilməsi və qeydləri
Transkriptom analizi
Yüksək yağ tərkibli və ikiqat aşağı çeşiddən və aşağı yağ tərkibli və ikiqat yüksək sortdan 11 toxumanın RNAseq məlumatları qlükozinolat biosintetik prosesi ilə əlaqəli müəyyən edilmiş genlər əhəmiyyətli dərəcədə çox təmsil edilmişdir.
Şəkil 5 B. napusun ekotipinin yaxşılaşdırılmasının seçilməsi ilə çiçəkləmə vaxtının tənzimlənməsinin icmalı
Müzakirə
Bu tədqiqat mənşəyi və inkişaf tarixini anlamaq üçün dəyərli mənbə təmin etdiB. napusvə mühüm aqrotexniki kompleks əlamətlərin genetik əsaslarının parçalanmasını asanlaşdıracaq.Əlverişli variantlar, seçim siqnalları və namizəd genləri ilə əlaqəli əhəmiyyətli SNP-lər gələcəkdə, xüsusən də bu yaxınlarda əldə edilən allopoliploid məhsulun və onun qohumlarının məhsuldarlığının, toxum keyfiyyətinin, yağ tərkibinin və uyğunlaşma qabiliyyətinin yaxşılaşdırılmasına böyük töhfə verəcəkdir.
İstinad
Bütün genomun təkrar sıralanması Brassica napus mənşəyini və onun təkmilləşdirilməsində iştirak edən genetik lokusları aşkar edir[J].Təbiət Əlaqələri, 2019, 10(1).
Xəbərlər və Mövzular Ən son uğurlu hadisələri Biomarker Technologies ilə bölüşmək, yeni elmi nailiyyətləri, eləcə də tədqiqat zamanı tətbiq olunan görkəmli texnikaları əldə etmək məqsədi daşıyır.
Göndərmə vaxtı: 05 yanvar 2022-ci il