Xüsusilə geniş miqyaslı populyasiyada yüksək məhsuldarlıqlı genotipləşdirmə, funksional gen kəşfi, təkamül analizi və s. üçün genetik əsas təmin edən genetik assosiasiya tədqiqatlarında fundamental addımdır. Bütün genomun dərin təkrar ardıcıllığı əvəzinə, azaldılmış təmsil genom ardıcıllığı (RRGS) ) genetik markerin kəşfində ağlabatan səmərəliliyi qorumaqla yanaşı, bir nümunə üzrə ardıcıllıq xərclərini minimuma endirmək üçün təqdim edilmişdir.Bu, adətən, azaldılmış təmsil kitabxanası (RRL) adlanan verilmiş ölçü diapazonunda məhdudlaşdırma fraqmentinin çıxarılması ilə əldə edilir.Spesifik lokalizasiya gücləndirilmiş fraqment ardıcıllığı (SLAF-Seq) de novo SNP kəşfi və böyük populyasiyaların SNP genotiplənməsi üçün öz tərəfindən hazırlanmış strategiyadır.
Texniki iş axını
SLAF vs Mövcud RRL metodları
SLAF-ın üstünlükləri
Daha yüksək genetik marker kəşfinin effektivliyi– Yüksək məhsuldarlıqlı sekvensləmə texnologiyası ilə birlikdə SLAF-Seq, istinad genomu ilə və ya onunla birlikdə müxtəlif tədqiqat layihələrinin tələbini yerinə yetirmək üçün bütün genomda aşkar edilmiş yüz minlərlə etiket əldə edə bilər.
Fərdi və Çevik eksperimental dizayn– Fərqli tədqiqat məqsədi və ya növləri üçün tək fermentli, ikili fermentli və çox fermentli həzm daxil olmaqla müxtəlif fermentativ həzm strategiyaları mövcuddur.Optimal ferment dizaynını təmin etmək üçün həzm strategiyası silisiumda əvvəlcədən qiymətləndiriləcəkdir.
Enzimatik həzmdə yüksək effektivlik– Əvvəlcədən hazırlanmış enzimatik həzm xromosomda daha bərabər paylanmış SLAF-ları təmin edir.Fraqmentlərin toplanması effektivliyi 95%-dən çox ola bilər.
Təkrarlanan ardıcıllıqdan çəkinin– SLAF-Seq məlumatlarında təkrarlanan ardıcıllığın faizi, xüsusən buğda, qarğıdalı və s. kimi təkrarlanan elementlərin yüksək səviyyəsinə malik növlərdə 5%-dən aşağıya endirilir.
Öz-özünə hazırlanmış bioinformatik iş axını– BMK yekun çıxışın etibarlılığını və düzgünlüyünü təmin etmək üçün SLAF-Seq texnologiyasına tətbiq olunan inteqrasiya olunmuş bioinformatik iş axını hazırlayıb.
SLAF tətbiqi
Genetik əlaqə xəritəsi
Xrizantemada (Chrysanthemum x morifolium Ramat.) yüksək sıxlıqlı genetik xəritənin qurulması və çiçək tipli əlamətlərə nəzarət edən lokusların müəyyən edilməsi.
Jurnal: Bağçılıq Araşdırmaları Nəşr: 2020.7
GWAS
Soya toxumlarında izofavone məzmunu ilə əlaqəli namizəd genin genom miqyaslı assosiasiya və əlaqə xəritəsindən istifadə edərək müəyyən edilməsi
Jurnal: The Plant Journal nəşr olundu: 2020.08
Təkamül Genetikası
Əhali genomik analizi və de novo montajı təkamül oyunu kimi alaq otlarının mənşəyini ortaya qoyur
Jurnal: Molecular Plant nəşr olundu: 2019.5
Toplu Ayrılma Təhlili (BSA)
Sulfotransferazanı kodlayan GmST1, soya mozaika virusunun G2 və G3 suşlarına qarşı müqavimət göstərir.
Jurnal: Bitki, Hüceyrə və Ətraf Mühit Nəşr tarixi: 04.04.2021
İstinad
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-SekPlos one, 2013, 8(3):e58700
Song X, Xu Y, Gao K, et al.Xrizantemada (Chrysanthemum × morifolium Ramat.) çiçək tipli əlamətlərə nəzarət edən lokusların yüksək sıxlıqlı genetik xəritəsinin qurulması və müəyyən edilməsi.Hortic Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Soya toxumlarında izoflavon tərkibi ilə əlaqəli namizəd genin genom miqyasında assosiasiya və əlaqə xəritəsindən istifadə edərək müəyyən edilməsi.Bitki J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L və s.Əhali Genomik Təhlili və De Novo Assambleyası Təkamül Oyunu Olaraq Alaq Düyünün Mənşəyini Açıqlayır.Mol zavodu.2019;12(5):632-647.Mol zavodu.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z və s.Sulfotransferazanı kodlayan GmST1, soya mozaika virusunun G2 və G3 ştammlarına qarşı müqavimət göstərir.Bitki Hüceyrə Ətrafı.2021;10.1111/pce.14066
Göndərmə vaxtı: 04 yanvar 2022-ci il