Metagenomic Sequencing-Nanopore
Xidmət Üstünlükləri
● Yüksək keyfiyyətli montaj - Növlərin identifikasiyası və funksional gen proqnozunun artırılması dəqiqliyi
● qapalı bakterial genom izolyasiyası
● Müxtəlif sahələrdə daha güclü və etibarlı tətbiq, məsələn, patogen mikroorqanizmlərin və ya antibiotik müqaviməti ilə əlaqəli genlərin aşkarlanması
● Müqayisəli metagenom analizi
Xidmət Xüsusiyyətləri
| Platforma | Sıralama | Tövsiyə olunan məlumatlar | Dönmə vaxtı |
| Nanopor | ONT | 6 G/10 G | 65 iş günü |
Bioinformatika analizləri
● Xam məlumatların keyfiyyətinə nəzarət
● Metagenom montajı
● Qeyri-ehtiyatsız gen dəsti və annotasiya
● Növlərin müxtəlifliyinin təhlili
● Genetik funksiyaların müxtəlifliyinin təhlili
● Qruplararası təhlil
● Eksperimental amillərə qarşı assosiasiya təhlili
Nümunə Tələbləri və Çatdırılma
Nümunə tələbləri və çatdırılma
Nümunə tələbləri:
üçünDNT ekstraktları:
| Nümunə növü | Məbləğ | Konsentrasiya | Saflıq |
| DNT ekstraktları | 1-1,5 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Ətraf mühit nümunələri üçün:
| Nümunə növü | Tövsiyə olunan nümunə götürmə proseduru |
| Torpaq | Nümunə miqdarı: təqribən.5 q;Qalan qurumuş maddə səthdən çıxarılmalıdır;Böyük parçaları doğrayın və 2 mm filtrdən keçirin;Rezervasiya üçün steril EP-boru və ya cyrotubda aliquot nümunələri. |
| Nəcis | Nümunə miqdarı: təqribən.5 q;Rezervasiya üçün steril EP-boru və ya kriotubedə nümunələri toplayın və alikvotlayın. |
| Bağırsaq məzmunu | Nümunələr aseptik şəraitdə emal edilməlidir.Toplanmış toxumaları PBS ilə yuyun;PBS-ni sentrifuqa edin və çöküntünü EP borularında toplayın. |
| Şlam | Nümunə miqdarı: təqribən.5 q;Şlam nümunəsini rezervasiya üçün steril EP-boruda və ya kriotubda toplayın və hissəciklər alın |
| Su obyekti | Kran suyu, quyu suyu və s. kimi məhdud miqdarda mikrob olan nümunə üçün ən azı 1 L su toplayın və membrandakı mikrobi zənginləşdirmək üçün 0,22 μm filtrdən keçirin.Membranı steril boruda saxlayın. |
| Dəri | Dərinin səthini steril pambıq çubuq və ya cərrahi bıçaqla diqqətlə qırın və steril boruya qoyun. |
Tövsiyə olunan Nümunə Çatdırılması
Nümunələri maye azotda 3-4 saat dondurun və maye azotda və ya -80 dərəcədən uzunmüddətli rezervasiyada saxlayın.Quru buz ilə nümunə göndərmə tələb olunur.
Xidmət İş Akışı
Nümunə çatdırılması
Kitabxana tikintisi
Sıralama
Məlumatların təhlili
Satış sonrası xidmətlər
1.İstilik xəritəsi: Növlərin zənginlik qruplaşması
2. KEGG metabolik yollarına şərh edilmiş funksional genlər
3.Növlərin korrelyasiya şəbəkəsi
4.CARD antibiotik müqavimət genlərinin sirkləri
BMK işi
Nanopor metagenomikası aşağı tənəffüs yollarının bakterial infeksiyasının sürətli klinik diaqnostikasına imkan verir
Nəşr olundu:Təbiət Biotexnologiyası, 2019
Texniki məqamlar
Ardıcıllıq: Nanopore MinION
Klinik metagenomik bioinformatika: Host DNT tükənməsi, WIMP və ARMA analizi
Sürətli aşkarlama: 6 saat
Yüksək həssaslıq: 96,6%
Əsas nəticələr
2006-cı ildə aşağı tənəffüs yolu infeksiyası (LR) qlobal miqyasda 3 milyon insanın ölümünə səbəb oldu.LR1 patogeninin aşkarlanması üçün tipik üsul zəif həssaslığa, uzun müddətə çevrilməyə və erkən antibiotik terapiyasında təlimatların olmamasına malik olan kultivasiyadır.Sürətli və dəqiq mikrob diaqnozu çoxdan təcili ehtiyac olmuşdur.East Anglia Universitetindən Dr. Castin və onun tərəfdaşları patogenin aşkarlanması üçün Nanopore əsaslı metagenomik metodu uğurla inkişaf etdirdilər.Onların iş prosesinə görə, ev sahibi DNT-nin 99,99%-i tükənə bilər.Patogenlərin və antibiotiklərə davamlı genlərin aşkarlanması 6 saat ərzində tamamlana bilər.
İstinad
Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydın, A. , & O'Grady, J. .(2019).Nanopor metagenomikası aşağı tənəffüs yollarının bakterial infeksiyasının sürətli klinik diaqnostikasına imkan verir.Təbiət Biotexnologiyası, 37(7), 1.
