Hi-C əsaslı Genom Assambleyası
Xidmət Üstünlükləri
Hi-C-yə ümumi baxış
(Liberman-Aiden E et al.,Elm, 2009)
● Kontig ankraj üçün genetik populyasiyanın qurulmasına ehtiyac yoxdur;
● 90%-dən yuxarı kontigs ankraj nisbətinə səbəb olan daha yüksək marker sıxlığı;
● Mövcud genom birləşmələri üzrə qiymətləndirmə və düzəlişləri təmin edir;
● Genom yığılmasında daha yüksək dəqiqliklə daha qısa dönmə vaxtı;
● 500-dən çox növ üçün tikilmiş 1000-dən çox Hi-C kitabxanası ilə zəngin təcrübə;
● 760-dan çox yığılmış dərc edilmiş impakt faktoru ilə 100-dən çox uğurlu iş;
● Poliploid genom üçün Hi-C əsaslı genom yığılması, əvvəlki layihədə 100% ankraj dərəcəsi əldə edilmişdir;
● Hi-C təcrübələri və məlumatların təhlili üçün daxili patentlər və proqram təminatının müəllif hüquqları;
● Öz-özünə hazırlanmış vizuallaşdırılmış məlumat tənzimləmə proqramı, blokun əl ilə köçürülməsinə, tərsinə çevrilməsinə, ləğv edilməsinə və yenidən işlənməsinə imkan verir.
Xidmət Xüsusiyyətləri
|
Kitabxana növü
|
Platforma | Oxu Uzunluğu | Strategiya tövsiyə edin |
| Salam C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Bioinformatika analizləri
● Xam məlumatların keyfiyyətinə nəzarət
● Hi-C kitabxana keyfiyyətinə nəzarət
● Hi-C əsaslı genom montajı
● Montajdan sonrakı qiymətləndirmə
Nümunə Tələbləri və Çatdırılma
Nümunə tələbləri:
| Heyvan | Göbələk | Bitkilər
|
| Dondurulmuş toxuma: hər kitabxanaya 1-2 q Hüceyrələr: kitabxana başına 1x 10^7 xana | Dondurulmuş toxuma: hər kitabxana üçün 1 q | Dondurulmuş toxuma: hər kitabxanaya 1-2 q
|
| *Hi-C təcrübəsi üçün ən azı 2 alikot (hər biri 1 q) göndərməyi tövsiyə edirik. | ||
Tövsiyə olunan Nümunə Çatdırılma
Konteyner: 2 ml sentrifuqa borusu (qalay folqa tövsiyə edilmir)
Əksər nümunələr üçün etanolda saxlamamağı tövsiyə edirik.
Nümunələrin etiketlənməsi: Nümunələr aydın şəkildə etiketlənməlidir və təqdim edilmiş nümunə məlumat forması ilə eyni olmalıdır.
Göndərmə: Quru buz: Nümunələr əvvəlcə torbalara yığılmalı və quru buzda basdırılmalıdır.
Xidmət İş Akışı
Təcrübə dizaynı
Nümunə çatdırılması
DNT çıxarılması
Kitabxana tikintisi
Sıralama
Məlumatların təhlili
Satışdan sonrakı xidmətlər
*Burada göstərilən demo nəticələrinin hamısı Biomarker Technologies ilə nəşr olunan genomlardandır
1.Hi-C qarşılıqlı istilik xəritəsiCamptotheca acuminatagenom.Xəritədə göstərildiyi kimi, qarşılıqlı təsirlərin intensivliyi xətti məsafə ilə mənfi əlaqələndirilir ki, bu da yüksək dəqiqlikli xromosom səviyyəli birləşməni göstərir.(Ankraj nisbəti: 96.03%)
Kang M et al.,Təbiət Əlaqələri, 2021
2.Hi-C arasında inversiyaların təsdiqini asanlaşdırdıGossypium hirsutumL. TM-1 A06 vəG. dendrariChr06
Yang Z və başqaları,Təbiət Əlaqələri, 2019
3. SC205 cassava genomunun yığılması və biallelik diferensiasiyası.Hi-C istilik xəritəsində homoloji xromosomlarda aydın bölünmə göstərilir.
Hu W və başqaları,Molekulyar Bitki, 2021
4.İki Ficus növünün genom birləşməsində Hi-C istilik xəritəsi:F.microcarpa(lövbər nisbəti: 99,3%) vəF.hispida (ankor nisbəti: 99,7%)
Zhang X və başqaları,Hüceyrə, 2020
BMK işi
Banyan ağacının və tozlandırıcı eşşəkarının genomları əncir eşşəkarısı birgə təkamülü haqqında fikirlər verir
Nəşr olundu: Hüceyrə, 2020
Ardıcıllıq strategiyası:
F. mikrokarpa genom: təqribən.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenom: təqribən.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenom: təqribən.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Əsas nəticələr
1.İki banyan ağacı genomu və bir tozlandırıcı eşşəkarısı genomu PacBio sequencing, Hi-C və əlaqə xəritəsindən istifadə etməklə qurulmuşdur.
(1)F. mikrokarpagenom: 426 Mb (təxmin edilən genom ölçüsünün 97,7%-i) kontig N50 908 Kb, BUSCO 95,6% hesabı ilə quruldu.Ümumilikdə 423 Mb ardıcıllıq Hi-C tərəfindən 13 xromosoma bağlandı.Genom annotasiyası 29.416 protein kodlayan gen əldə etdi.
(2)F. Hispidagenom: 360 Mb (təxmin edilən genom ölçüsünün 97,3%-i) yığım, 492 Kb kontig N50 və 97,4% BUSCO balı ilə məhsul əldə etdi.Cəmi 359 Mb ardıcıllıq Hi-C tərəfindən 14 xromosomda bağlandı və yüksək sıxlıqlı əlaqə xəritəsi ilə çox eynidir.
(3)Eupristina verticillatagenom: 387 Mb (Təxmini genom ölçüsü: 382 Mb) kontig N50 3,1 Mb və BUSCO 97,7% hesabı ilə quruldu.
2. Müqayisəli genomik analiz ikisi arasında çox sayda struktur dəyişikliyini aşkar etdiFicusadaptiv təkamül tədqiqatları üçün əvəzsiz genetik resurs təmin edən genomlar.Bu tədqiqat, ilk dəfə olaraq, genomik səviyyədə əncir-eşəkarısı birgə təkamülü haqqında anlayışlar təqdim etdi.
 İkinin genomik xüsusiyyətlərinə dair sirkos diaqramıFicusgenomlar, o cümlədən xromosomlar, seqmental duplikasiyalar (SD), transpozonlar (LTR, TE, DNT TE), gen ifadəsi və sinteniya |  Y xromosomunun və cinsi təyin edən namizəd geninin identifikasiyası |
Zhang, X. və başqaları."Banyan ağacının və tozlandırıcı eşşəkarının genomları Əncir-eşəşəng arısının birgə təkamülü haqqında fikirlər verir."Hüceyrə 183.4(2020).
