Məhsullar

Təkamül Genetikası

Təkamül genetikası SNP, InDels, SV-lər və CNV-lər də daxil olmaqla, genetik variasiyalara əsaslanan verilmiş materialların təkamül məlumatlarının hərtərəfli şərhini təmin etmək üçün nəzərdə tutulmuş paketli ardıcıllıq xidmətidir.O, populyasiya strukturu, genetik müxtəliflik, filogeniya əlaqələri və s. kimi təkamül dəyişikliklərini və populyasiyaların genetik xüsusiyyətlərini təsvir etmək üçün tələb olunan bütün fundamental analizləri təqdim edir. O, həmçinin populyasiyanın effektiv ölçüsünü, divergensiya vaxtını qiymətləndirməyə imkan verən gen axını ilə bağlı tədqiqatları ehtiva edir.

Bizimlə əlaqə saxlayın

Xidmət Təfərrüatları

Demo nəticələri

Case Study

Xidmət Üstünlükləri

Takagi və başqaları,Bitki jurnalı, 2013

● Nukleotid və amin turşuları səviyyəsindəki dəyişikliklərə əsaslanaraq növlərin ayrılması vaxtının və sürətinin təxmin edilməsi
● Konvergent təkamülün və paralel təkamülün minimum təsiri ilə növlər arasında daha etibarlı filogenetik əlaqənin aşkarlanması.
● Xüsusiyyətlə əlaqəli genləri aşkar etmək üçün genetik dəyişikliklər və fenotiplər arasında əlaqələrin qurulması
● Növlərin təkamül potensialını əks etdirən genetik müxtəlifliyin qiymətləndirilməsi
● Daha sürətli dönüş vaxtı
● Geniş təcrübə: BMK yüzlərlə növü və s. əhatə edən populyasiya və təkamüllə əlaqəli layihələrdə 12 ildən artıqdır ki, böyük təcrübə toplayıb və Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal və s.-də dərc edilmiş 80-dən çox yüksək səviyyəli layihəyə töhfə verib.

Xidmət Xüsusiyyətləri

Materiallar:

Normalda ən azı üç alt populyasiya (məsələn, alt növ və ya suşlar) tövsiyə olunur.Hər bir alt populyasiyada ən azı 10 fərd olmalıdır (bitkilər ＞15, nadir növlər üçün azaldıla bilər).

Ardıcıllıq strategiyası:

* WGS yüksək keyfiyyətli istinad genomu olan növlər üçün istifadə oluna bilər, SLAF-Seq isə istinad genomu olan və ya olmayan növlərə və ya keyfiyyətsiz istinad genomuna tətbiq oluna bilər.

Genom ölçüsünə uyğundur	WGS	SLAF etiketləri (×10,000)
≤ 500 Mb	10×/fərdi	WGS daha çox tövsiyə olunur
500 Mb - 1 Gb		10
1 Gb - 2 Gb		20
≥2 Gb		30

Bioinformatika analizləri

● Təkamül təhlili

● Seçici tarama

● Gen axını

● Demoqrafik tarix

● Divergensiya vaxtı

Nümunə Tələbləri və Çatdırılma

Nümunə tələbləri:

Növlər	Doku	WGS-NGS	SLAF
Heyvan	Viseral toxuma	0,5 ~ 1 q	0,5 q
	Əzələ toxuması
	Məməli qanı	1,5 ml	1,5 ml
	Quş əti/balıq qanı
bitki	Təzə yarpaq	1~2g	0,5 ~ 1 q
	Ləçək/gövdə
	Kök/Toxum
Hüceyrələr	Mədəni hüceyrə

gDNT

Konsentrasiya
(ng/ul)

Məbləğ

(ug)

OD260/OD280

SLAF

≥35

≥1.6

1.6-2.5

WGS-NGS

≥1

≥0,1

Xidmət İş Akışı

Təcrübə dizaynı

Nümunə çatdırılması

Kitabxana tikintisi

Sıralama

Məlumatların təhlili

Satışdan sonrakı xidmətlər

Əvvəlki: Toplu Segregant analizi

Sonrakı: Metabolomika

*Burada göstərilən demo nəticələrinin hamısı BMKGENE ilə nəşr olunan genomlardandır

1.Evolution analizi genetik variasiyalara əsaslanan filogenetik ağacın, populyasiya strukturunun və PCA-nın qurulmasını ehtiva edir.

Filogenetik ağac ümumi əcdadı olan növlər arasında taksonomik və təkamül əlaqələrini təmsil edir.
PCA alt populyasiyalar arasında yaxınlığı vizuallaşdırmaq məqsədi daşıyır.
Əhali strukturu allel tezlikləri baxımından genetik cəhətdən fərqli alt populyasiyanın mövcudluğunu göstərir.

3-1 Filogenetik-ağac 3-2PCA 3-3 Əhali-struktur

Chen və s.al.,PNAS, 2020

2.Selective sweep

Seçimli tarama, sərfəli saytın seçildiyi və əlaqəli neytral saytların tezliyinin artırıldığı və əlaqəsi olmayan saytların azaldıldığı, nəticədə regionalların azalması ilə nəticələnən prosesə aiddir.

Seçilmiş tarama bölgələrində genom miqyasında aşkarlama müəyyən addımda (10 Kb) sürüşmə pəncərəsi (100 Kb) daxilində bütün SNP-lərin populyasiya genetik indeksini (π，Fst, Tajima D) hesablamaqla işlənir.

Nukleotid müxtəlifliyi (π）
4nukleotid müxtəlifliyi(π）

Tajimanın D
5 Tajima's-D

Fiksasiya indeksi (Fst)

6Fiksasiya indeksi(Fst)

Wu və s.al.,Molekulyar Bitki, 2018

3.Gen axını

7Gen axını

Wu və s.al.,Molekulyar Bitki, 2018

4. Demoqrafik tarix

8Demoqrafik tarix

Zhang və s.al.,Təbiət Ekologiyası və Təkamül, 2021

5. Divergensiya vaxtı

9 Divergensiya vaxtı

Zhang və s.al.,Təbiət Ekologiyası və Təkamül, 2021

BMK işi

Genomik variasiya xəritəsi Bahar Çin kələminin (Brassica rapa ssp. Pekinensis) seçiminin genetik əsasları haqqında məlumat verir.

Nəşr olundu: Molekulyar Bitki, 2018

Ardıcıllıq strategiyası:

Yenidən sıralanma: ardıcıllığın dərinliyi: 10×

Əsas nəticələr

Bu araşdırmada 194 Çin kələmi orta dərinliyi 10× olan təkrar sıralama üçün işlənmişdir ki, bu da 1,208,499 SNP və 416,070 InDels verir.Bu 194 xətt üzrə filogenetik təhlillər göstərdi ki, bu xətləri yaz, yay və payız olmaqla üç ekotipə bölmək olar.Bundan əlavə, əhalinin strukturu və PCA təhlili yaz Çin kələminin Çinin Şandun şəhərindəki payız kələmindən yarandığını göstərdi.Bunlar sonradan Koreya və Yaponiyaya gətirildi, yerli xətlərlə kəsişdi və bəzi gec boğulan növləri yenidən Çinə gətirildi və nəhayət Bahar Çin kələminə çevrildi.

Seçim zamanı yaz Çin kələmləri və payız kələmləri üzərində genom miqyasında skan edildikdə, güclü seleksiyadan keçmiş 23 genomik lokus aşkar edilmişdir, bunlardan ikisi QTL-xəritələmə əsasında boltlama vaxtına nəzarət edən bölgə ilə üst-üstə düşür.Bu iki bölgədə çiçəklənməni tənzimləyən əsas genlər, BrVIN3.1 və BrFLC1 olduğu aşkar edilmişdir.Bu iki genin daha sonra transkriptom tədqiqatı və transgenik təcrübələrlə boltlama müddətində iştirak etdiyi təsdiqləndi.

PB-tam uzunluqlu-RNT-Sequencing-case-study

Çin kələmlərində əhali strukturunun təhlili

PB-tam uzunluqlu-RNT-alternativ-splaycing

Çin kələminin seçilməsi ilə bağlı genetik məlumat

İstinad

Tongbing və b."Genomik Dəyişiklik Xəritəsi Bahar Çin Kələminin (Brassica rapa ssp.pekinensis) Seçiminin Genetik Əsasları haqqında anlayışlar təqdim edir."Molekulyar Bitkilər,11(2018):1360-1376.