Platforma | Kitabxana ölçüsü | Nəzəri Məlumat Verimi (Hüceyrə Başına) | Tək əsaslı Dəqiqlik | Tətbiqlər |
Nanopor | 8Kb, 10kb, 20kb, Ultralong, cDNA-PCR | 70-90Gb/hüceyrə | 85-92% | SV çağırışı, De novo, Tam uzunluqlu ardıcıllıq, Iso-Seq, Gen annotasiyası, DNT metilasiyasının aşkarlanması |
● Müxtəlif növlərlə minlərlə qapalı layihə ilə PacBio sıralama platformasında 5 ildən artıq təcrübə.
● BMKGENE ikili platformalı RNT/DNT sertifikatına malik Oxford Nanopore şirkətinin rəsmi tərəfdaşıdır.
● Tam avadanlığa və kifayət qədər ardıcıllıq ötürmə qabiliyyətinə malik sekvenerlərin əsas modelləri mövcuddur.
● Nanopore platformasına əsaslanaraq, 10-dan çox heyvan və bitki Denovo tədqiqatı beynəlxalq tanınmış jurnallarda dərc edilmişdir.
Nümunə növü | Məbləğ | Konsentrasiya(Qubit ®) | Həcmi | Saflıq | Digərləri |
Genomik DNT | Data Tələbindən asılıdır | ≥20ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,2; OD260/230≥1,5; 260 nm-də təmiz zirvə, çirklənmə yoxdur | Konsentrasiya Qubit və Qubit/Nanopore ≤ 2 ilə ölçülməlidir |
Ümumi RNT | ≥1.2μg | ≥100μg/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5;çirklənmə yoxdur | RIN dəyəri ≥7,5 |
DNT Nümunəsinin Məlumat Keyfiyyətinin Qiymətləndirilməsi
Cədvəl 1. Təmiz məlumatların statistikası.
BMKID | xamSeqNum | rawSumBase | cleanSeqNum | cleanSumBase | cleanN50Len | cleanN90Len | cleanMeanLen | cleanMaxLen | cleanMeanQual |
DNA_BMK01 | 1,218,239 | 26.37 | 1,121,736 | 25.90 | 28,014 | 15,764 | 23,090 | 143,181 | 9 |
RNT Nümunəsinin Məlumat Keyfiyyətinin Qiymətləndirilməsi
Cədvəl 1. Təmiz məlumatların statistikası.
Fayl adı | ClientID | OxuNum | BazaNum | N50 | Orta Uzunluq | Maksimum Uzunluq | Orta QScore |
RNA_BMK001 | C2 | 8.947.708 | 4.047.230.083 | 398 | 452 | 129,227 | Q12 |
Şəkil 1. Uzunluq paylanmasını oxuyun
Şəkil 2. Təmiz verilənlərin keyfiyyət xalının paylanması
Şəkil 3. Təmiz verilənlərin uzunluq və keyfiyyət xallarının paylanması