DNT/RNT ardıcıllığı - PacBio Sequencer
Xüsusiyyətləri
PacBio sequencer-də iki ardıcıllıq rejimi: Davamlı Uzun Oxu (CLR) və Dairəvi Konsensus Oxuması (CCS)
| Sıralama rejimi | Kitabxana ölçüsü | Nəzəri məlumatlarMəhsuldarlıq (Hüceyrə Başına) | Tək əsaslıDəqiqlik | Tətbiqlər |
| CLR | 20Kb, 30Kb və s. | 80 Gb - 130 Gb | təqribən.85% | De novo, SV zəngi və s. |
| CCS | 15-20 Kb | 14 - 40 Gb/Hüceyrə (Növbəti II) 70 - 110 Gb/Cell (Revio) Nümunələrdən asılıdır | təqribən.99% | De novo, SNP/Indel/SV çağırışı, Iso-Seq, |
Revio və Sequel II-nin performansının və xüsusiyyətlərinin müqayisəsi
| Şərtlər | Davam II sistemi | Revio sistemi | Artırmaq |
| Daha yüksək sıxlıq | 8 milyon ZMW | 25 milyon ZMW | 3x |
| Müstəqil mərhələlər | 1 | 4 | 4x |
| Daha qısa iş vaxtları | 30 saat | 24 saat | 1.25x |
| 30X HiFi insan genomları / il | 88 | 1300 | 1ümumi 5x |
Xidmət Üstünlükləri
● Müxtəlif növlərlə minlərlə qapalı layihə ilə PacBio sıralama platformasında 8 ildən artıq təcrübə.
● Kifayət qədər ardıcıllıq ötürmə qabiliyyətini təmin etmək üçün ən son PacBio Sequencing platformaları, Revio ilə tam təchiz olunmuşdur.
● Daha sürətli dönüş vaxtı, daha yüksək məlumat məhsuldarlığı və daha dəqiq məlumat.
● PacBio əsaslı yüzlərlə yüksək təsirli nəşrlərdə iştirak etmişdir.
Nümunə tələbləri
| Nümunə növü | Məbləğ | Konsentrasiya （Qubit®） | Həcmi | Saflıq | Digərləri |
| Genomik DNT | Data Tələbindən asılıdır | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,2; OD260/230=1,8-2,5； 260 nm-də aydın zirvə,heç bir çirklənmə | Konsentrasiya Qubit və Qubit/Nanopor = 0,8-2,5 ilə ölçülməlidir. |
| Ümumi RNT | ≥1.2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5；heç bir çirklənmə | RIN dəyəri ≥7,5 5≥28S/18S≥1 |
Xidmət iş axını
Nümunə hazırlığı
Kitabxana tikintisi
Sıralama
Məlumatların təhlili
Layihənin çatdırılması
1.Daxili məlumat gəliri
63 CCS hüceyrəsindən əldə edilən məlumatlar (26 növdən)
| DATA-PacBio-CCS-15 Kb | Orta | Maks | Min | Median |
| Gəlir - alt oxunuşlar (Gb) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS(Gb) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Polimeraza N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| Subreads N50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| Orta uzunluq-Polimeraza | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| Orta uzunluq-Subbreads | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| Orta uzunluq-CCS | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
16 CLR hüceyrəsindən əldə edilən məlumatlar (76 növdən)
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | Orta | Maks | Min | Median |
| Gəlir - alt oxunuşlar (Gb) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| Polimeraza N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| Subreads N50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| Orta uzunluq-Polimeraza | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| Orta uzunluq-Subbreads | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2.Data QC – DemoVerilən məlumatların statistik göstəriciləri
| Nümunə | ccs Oxunan Say | Ümumi ccs Əsasları (bp) | ccs N50 oxuyur (bp) | ccs Orta Uzunluq (bp) | ccs Ən Uzun Oxuma (bp) | subreads Əsaslar (bp) | ccs dərəcəsi (%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
