16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Xidmət Üstünlükləri
● 16S/18S/ITS-in tammetrajlı ardıcıllığını ortaya qoyan uzunmüddətli oxunuşlar
● PacBio CCS rejimi ardıcıllığı ilə yüksək dəqiqlikli baza zəngi
● OTU/ASV annotasiyasında növ səviyyəli ayırdetmə
● Verilənlər bazası, annotasiya, OTU/ASV baxımından müxtəlif təhlillərlə axını təhlil edən ən son QIIME2.
● Müxtəlif mikrob icma tədqiqatlarına tətbiq olunur
● BMK torpaq, su, qaz, lil, nəcis, bağırsaqlar, dəri, fermentasiya bulyonu, həşəratlar, bitkilər və s. əhatə edən 100.000-dən çox nümunə ilə geniş təcrübəyə malikdir.
● BMKCloud 45 fərdiləşdirilmiş analiz alətindən ibarət məlumatların şərhini asanlaşdırdı
Xidmət Xüsusiyyətləri
| SıralamaPlatforma | Kitabxana | Tövsiyə olunan məlumatlar | Dönmə vaxtı |
| PacBio davamı II | SMRT-zəng | 5K/10K/20K Teqlər | 44 iş günü |
Bioinformatika analizləri
● Xam məlumatların keyfiyyətinə nəzarət
● OTU klasterləşdirmə/səs-küy azaltma (ASV)
● OTU annotasiyası
● Alfa müxtəlifliyi
● Beta müxtəlifliyi
● Qruplararası təhlil
● Eksperimental amillərə qarşı assosiasiya təhlili
● Funksiya geninin proqnozlaşdırılması
Nümunə Tələbləri və Çatdırılma
Nümunə tələbləri:
üçünDNT ekstraktları:
| Nümunə növü | Məbləğ | Konsentrasiya | Saflıq |
| DNT ekstraktları | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Ətraf mühit nümunələri üçün:
| Nümunə növü | Tövsiyə olunan nümunə götürmə proseduru |
| Torpaq | Nümunə miqdarı: təqribən.5 q;Qalan qurumuş maddə səthdən çıxarılmalıdır;Böyük parçaları doğrayın və 2 mm filtrdən keçirin;Rezervasiya üçün steril EP-boru və ya cyrotubda aliquot nümunələri. |
| Nəcis | Nümunə miqdarı: təqribən.5 q;Rezervasiya üçün steril EP-boru və ya kriotubedə nümunələri toplayın və alikvotlayın. |
| Bağırsaq məzmunu | Nümunələr aseptik şəraitdə emal edilməlidir.Toplanmış toxumaları PBS ilə yuyun;PBS-ni sentrifuqa edin və çöküntünü EP borularında toplayın. |
| Şlam | Nümunə miqdarı: təqribən.5 q;Şlam nümunəsini rezervasiya üçün steril EP-boruda və ya kriotubda toplayın və hissəciklər alın |
| Su obyekti | Kran suyu, quyu suyu və s. kimi məhdud miqdarda mikrob olan nümunə üçün ən azı 1 L su toplayın və membrandakı mikrobi zənginləşdirmək üçün 0,22 μm filtrdən keçirin.Membranı steril boruda saxlayın. |
| Dəri | Dərinin səthini steril pambıq çubuq və ya cərrahi bıçaqla diqqətlə qırın və steril boruya qoyun. |
Tövsiyə olunan Nümunə Çatdırılma
Nümunələri maye azotda 3-4 saat dondurun və maye azotda və ya -80 dərəcədən uzunmüddətli rezervasiyada saxlayın.Quru buz ilə nümunə göndərmə tələb olunur.
Xidmət İş Akışı
Nümunə çatdırılması
Kitabxana tikintisi
Sıralama
Məlumatların təhlili
Satışdan sonrakı xidmətlər
1.V3+V4(Illumina) əsaslı mikrob icmasının profilinin annotasiya dərəcəsi. Tam uzunluqlu (PacBio) əsaslı profilləşdirmə.
(Statistikaya təsadüfi seçilmiş 30 layihənin məlumatları tətbiq edilmişdir)
2. Müxtəlif nümunə növlərində növ səviyyəsində tam uzunluqlu amplikon ardıcıllığının annotasiya dərəcəsi
3.Növlərin yayılması
4. Filogenetik ağac
BMK işi
Arsenin məruz qalması bağırsaq baryerinin zədələnməsinə və nəticədə bağırsaq-qaraciyər oxunun aktivləşməsinə səbəb olur ki, bu da ördəklərdə qaraciyərin iltihabına və piroptozuna səbəb olur.
Nəşr olundu:Ümumi Ətraf Mühit Elmi,2021
Ardıcıllıq strategiyası:
Nümunələr: 8 mq/kq ATO-ya məruz qalmış qrupa qarşı nəzarət
Ardıcıllıq datası: cəmi 102,583 xam CCS sekansı
Nəzarət: 54,518 ± 747 effektiv CCS
ATO-ya məruz qalmış : 45,050 ± 1675 effektiv CCS
Əsas nəticələr
Alfa müxtəlifliyi:ATO-ya məruz qalma ördəklərdə bağırsaq mikrob zənginliyini və müxtəlifliyini əhəmiyyətli dərəcədə dəyişdi.
Metastat analizi:
Filum səviyyəsində: 2 bakterial fila yalnız nəzarət qruplarında aşkar edilmişdir
Cins səviyyəsində: 6 cins nisbi bolluq baxımından əhəmiyyətli dərəcədə fərqli tapıldı
Növlər səviyyəsində: cəmi 36 növ müəyyən edilmişdir, onlardan 6-sı nisbi bolluq baxımından əhəmiyyətli dərəcədə fərqlidir.
İstinad
Thingholm, LB, et al."2-ci tip şəkərli diabeti olan və olmayan obez insanlar müxtəlif bağırsaq mikrobial funksional imkanlarını və tərkibini göstərirlər."Hüceyrə Host və Mikrob26.2(2019).
