10x Genomics Visium Spatial Transkriptomu
Xüsusiyyətləri
● Qətnamə: 100 µM
● Ləkənin diametri: 55 µM
● Ləkələrin sayı: 4992
● Çəkmə sahəsi: 6,5 x 6,5 mm
● Hər bir ştrix kodlu ləkə 4 bölmədən ibarət primerlərlə yüklənir:
- mRNT-nin hazırlanması və cDNA sintezi üçün poli(dT) quyruğu
- Gücləndirmə meylini düzəltmək üçün Unikal Molekulyar İdentifikator (UMI).
- Məkan barkod
- Qismən oxunan 1 ardıcıllıq primerinin bağlama ardıcıllığı
● Bölmələrin H&E rənglənməsi
Üstünlüklər
●Bir pəncərə xidməti: bütün təcrübə və bacarıqlara əsaslanan addımları, o cümlədən krio-bölmə, rəngləmə, toxuma optimallaşdırması, məkan barkodlaşdırma, kitabxana hazırlığı, ardıcıllıq və bioinformatika daxildir.
● Yüksək ixtisaslı texniki komanda: insan, siçan, məməli, balıq və bitkilər daxil olmaqla 250-dən çox toxuma növü və 100-dən çox növdə təcrübə ilə.
●Bütün layihə üzrə real vaxt yeniləməsi: eksperimental tərəqqiyə tam nəzarət ilə.
●Hərtərəfli standart bioinformatika:paketə 29 analiz və 100+ yüksək keyfiyyətli rəqəm daxildir.
●Fərdi məlumatların təhlili və vizuallaşdırılması: müxtəlif tədqiqat sorğuları üçün mövcuddur.
●Tək hüceyrəli mRNA ardıcıllığı ilə isteğe bağlı birgə analiz
Spesifikasiyalar
| Nümunə tələbləri | Kitabxana | Ardıcıllıq strategiyası | Məlumat tövsiyə olunur | Keyfiyyətə nəzarət |
| OCT-də quraşdırılmış krio nümunələri, FFPE nümunələri (Optimal diametr: təqribən 6x6x6 mm3) Nümunə başına 3 blok | 10X Visium cDNA kitabxanası | Illumina PE150 | Hər nöqtə üçün 50K PE oxuyur ( 60 Gb ) | RIN>7 |
Nümunə hazırlama təlimatı və xidmətin iş prosesi haqqında ətraflı məlumat üçün lütfən, a ilə danışınBMKGENE mütəxəssisi
Xidmət iş axını
Nümunə hazırlamaq mərhələsində yüksək keyfiyyətli RNT-nin əldə edilməsini təmin etmək üçün ilkin toplu RNT ekstraksiya sınağı aparılır.Doku optimallaşdırma mərhələsində bölmələr rənglənir və vizuallaşdırılır və toxumadan mRNT-nin buraxılması üçün keçiricilik şərtləri optimallaşdırılır.Optimallaşdırılmış protokol daha sonra kitabxananın qurulması zamanı tətbiq edilir, ardınca ardıcıllıq və məlumatların təhlili aparılır.
Tam xidmət iş axını layihənin hamar icrasını təmin edərək, cavab reaksiyası dövrəsini saxlamaq üçün real vaxt yeniləmələri və müştəri təsdiqlərini əhatə edir.
Aşağıdakı təhlili ehtiva edir:
Məlumatın Keyfiyyətinə Nəzarət:
o Məlumat çıxışı və keyfiyyət xallarının paylanması
o Hər nöqtədə gen aşkarlanması
o Doku örtüyü
Daxili nümunə analizi:
o Gen zənginliyi
o Spot klasterləşdirmə, o cümlədən azaldılmış ölçü təhlili
o Klasterlər arasında diferensial ifadə təhlili: marker genlərinin identifikasiyası
o Funksional annotasiya və marker genlərinin zənginləşdirilməsi
Qruplararası təhlil
o Hər iki nümunədən ləkələrin yenidən birləşməsi (məsələn, xəstə və nəzarət) və yenidən çoxluq
o Hər klaster üçün marker genlərinin identifikasiyası
o Funksional annotasiya və marker genlərinin zənginləşdirilməsi
o Qruplar arasında eyni klasterin diferensial ifadəsi
Daxili nümunə təhlili
Ləkə qruplaşması
Marker genlərinin identifikasiyası və məkan paylanması
Qruplararası təhlil
Hər iki qrupdan və yenidən çoxluqdan məlumatların birləşməsi
Yeni klasterlərin marker genləri
Bu xüsusi nəşrlərdə BMKGene-nin 10X Visium tərəfindən məkan transkriptomikası xidməti tərəfindən asanlaşdırılan irəliləyişləri araşdırın:
Chen, D. et al.(2023) 'mthl1, məməlilərin yapışma GPCR-lərinin potensial Drosophila homoloqu, milçəklərdə enjekte edilmiş onkogen hüceyrələrə antitümör reaksiyalarında iştirak edir', Amerika Birləşmiş Ştatları Milli Elmlər Akademiyasının Materialları, 120(30), səh.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) 'STEEL məkan-zaman transkriptomik məlumatların yüksək rezolyusiyada təsvirinə imkan verir', Bioinformatikada Brifinqlər, 24(2), səh. 1-10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) 'Səhləb çiçəklərinin inkişafında orqanogenezin məkan-zaman atlası', Nuklein turşularının tədqiqatı, 50(17), s. 9724-9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) 'Məkan transkriptomikası və tək nüvəli RNT ardıcıllığının inteqrasiyası uterus leyomyoması üçün potensial terapevtik strategiyaları ortaya qoyur', Beynəlxalq Biologiya Elmləri Jurnalı, 19(8), səh. 2515-2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
