تسلسل النسخ الكامل - Illumina
مزايا الخدمة
● تقدير لجميع أنواع RNAs من حيث التعداد والتعبير والتعبير النسبي القائم على الكروموسوم
● تحديد RNAs المعبر عنها تفاضليًا والتعبير المقابل
● تحليل التعبير الجيني المشترك
● تحليل شبكة ceRNA
● الجينات الرئيسية المعنية بتحليل المسار
● تسليم النتائج المستندة إلى BMKCloud: التنقيب عن البيانات المخصصة متاح على النظام الأساسي
● خدمات ما بعد البيع صالحة لمدة 3 أشهر بعد الانتهاء من المشروع
متطلبات العينة والتسليم
| مكتبة | منصة | البيانات الموصى بها | مراقبة جودة البيانات |
| مجموع الحمض النووي الريبي | الومينا PE150&SE50 | دائرة/lnc/mRNA: 16 جرام؛ميرنا: يقرأ 10M | Q30≥85% |
متطلبات العينة:
النيوكليوتيدات:
| نقاء | نزاهة | تلوث اشعاعى | كمية |
| OD260 / 280≥1.7-2.5 ； OD260 / 230≥0.5-2.5 ； | للنباتات: RIN≥6.5؛للحيوانات: RIN≥7؛28S/18S≥1.0؛ارتفاع خط الأساس محدود أو معدوم | يظهر تلوث محدود أو معدوم بالبروتين أو الحمض النووي على الجل. | Conc.≥100 نانوغرام/ميكروليتر؛الحجم ≥ 10 ميكرولتر؛المجموع ≥ 2 ميكروغرام |
الأنسجة: الوزن (الجاف): ≥1 جم
*بالنسبة للأنسجة الأصغر من 5 ملغ، نوصي بإرسال عينة من الأنسجة المجمدة (في النيتروجين السائل).
تعليق الخلايا: عدد الخلايا = 3 × 107
*نوصي بشحن محلول الخلايا المجمدة.في حالة أن عدد الخلايا أصغر من 5 × 105، يوصى بتجميد الفلاش في النتروجين السائل.
عينات من الدم:
PA × جين الدم RNATube؛
6 مل تريزول و 2 مل دم (تريزول: الدم = 3: 1)
أوصى تسليم العينة
حاوية:
2 مل أنبوب الطرد المركزي (لا ينصح باستخدام ورق القصدير)
وضع العلامات على العينات: المجموعة + النسخ المتماثل، على سبيل المثال A1، A2، A3؛ب1، ب2، ب3... ...
شحنة:
1.الثلج الجاف: يجب تعبئة العينات في أكياس ودفنها في الثلج الجاف.
2.أنابيب RNAstable: يمكن تجفيف عينات RNA في أنبوب تثبيت RNA (مثل RNAstable®) وشحنها في درجة حرارة الغرفة.
تدفق عمل الخدمة
تصميم التجربة
تسليم العينة
استخراج الحمض النووي الريبي
بناء المكتبة
التسلسل
تحليل البيانات
خدمات ما بعد البيع
المعلوماتية الحيوية
1. تقدير جميع أنواع التعبير النسبي القائم على RNAs
السيرك حول أهمية الاختلافات في تعبير الحمض النووي الريبي (RNA).
2. شبكة مسارات KEGG المتكاملة
شبكة مسارات KEGG المتكاملة
3.تحليل شبكة ceRNA
تفاعلات DE-circRNA-miRNA-mRNA القائمة على شبكة ceRNA
قضية بي إم كيه
نمط تعبير CircRNA وشبكات ceRNA وmiRNA-mRNA المشاركة في تطوير العضو الذكري في خط CMS في Brassica Campestris
نشرت:المجلة الدولية للعلوم الجزيئية،2019
تم الحصول على خلايا NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) وخلايا التحكم السلبي (sh-Scr) في اليوم السادس من عدوى فيروسية محددة.
النتائج الرئيسية
أنشأت هذه الدراسة خط العقم الذكري لسيتوبلازم بوليما (CMS) "Bcpol97-05A"، والخط الخصب "Bcajh97-01B"، في Brassica Campestris L. ssp.تشينينسيس ماكينو، سين.ب. رابا SSP.تشينينسيس، وأجرى مقارنات لتحديد ملامح تعبير الحمض النووي الريبي (RNA) بين براعم الزهور للخط المعقم والخط الخصب من خلال تسلسل النسخ الكامل.
1. تم تحديد إجمالي 31 جزيءًا دائريًا (DE) معبرًا عنه تفاضليًا، و47 جزيئًا جزيئيًّا من الحمض النووي الريبوزي (DE)، و4779 جزيءًا جزيئيًّا من الحمض النووي الريبوزي (DE).
2. أظهر تحليل علم الجينات (GO) أن معظم جينات DE شاركت في تطوير جدار حبوب اللقاح
3. أظهر تحليل إثراء مسار KEGG لـ DE mRNAs (بما في ذلك mRNAs المنظم لأعلى والأسفل في الخط المعقم مقارنة بالخط الخصب) أن "النشا واستقلاب السكروز"، و"التخليق الحيوي للفينيل بروبانويد"، و"التحويلات البينية بين البنتوز والغلوكورونات". كانت المسارات الأيضية الأكثر إثراء.
 تحليل إثراء مسار KEGG للmRNAs المعبر عنها تفاضليًا |  تصنيف علم الجينات (GO) للmRNAs المعبر عنها تفاضليًا |  منظر للشبكة الثلاثية DEcircRNA-DEmiRNA-DEmRNA |
مرجع
ليانغ واي، تشانغ واي، شو إل، وآخرون.نمط تعبير CircRNA وشبكات ceRNA وmRNA-mRNA المشاركة في تطوير العضو الذكري في خط CMS في Brassicacamestris[J].المجلة الدولية للعلوم الجزيئية، 2019، 20(19):4808-.دوى: 10.3390/ijms20194808
