يتم استخدام درج الخريطة الحرارية لرسم الخرائط الحرارية، والذي يمكنه تصفية بيانات المصفوفة العنقودية وتطبيعها. ويستخدم في الغالب للتحليل العنقودي لمستوى التعبير الجيني بين العينات المختلفة.
إرفاق الوظائف البيولوجية بالتسلسلات في ملف FASTA عن طريق محاذاة التسلسلات مع قاعدة البيانات، بما في ذلك NR وKEGG وCOG وSwissProt وTrEMBL وKOG وPfam.
BLAST (أداة البحث عن المحاذاة المحلية الأساسية) هي خوارزمية وبرنامج للعثور على مناطق ذات تسلسلات بيولوجية مماثلة.ويقارن هذه التسلسلات بقواعد بيانات التسلسل ويحسب الأهمية الإحصائية.يتكون BLAST من أربعة أنواع من الأدوات بناءً على نوع التسلسل:blastn وlastp وblastx وtblastn.