المنصة: منصة Illumina NovaSeq، PE150
نوع المكتبة: مكتبة cDNA إدراج 350 نقطة أساس (يعتمد على توزيع الذروة)
استراتيجية التسلسل: نهاية مقترنة 150 نقطة أساس
كمية البيانات الموصى بها: 2 جيجابايت من البيانات الأولية/العينة
(1) مراقبة جودة البيانات التسلسلية: توزيع النوكليوتيدات، توزيع الجودة الأساسية، تقييم نسبة الرنا الريباسي؛
(2) تحليل محاذاة التسلسل: إحصائيات نتائج المحاذاة، تشبع التسلسل، تغطية التسلسل؛
(3) شرح الجينوم المرجعي (NR، Swiss-Prot، Pfam، COG، GO، KEGG)؛
(4) تحليل التعبير: توزيع التعبير (مع عينتين أو أكثر)، تحليل التعبير بين العينات (تحليل فين، تحليل الارتباط، تحليل PCA)؛
(5) تحليل التعبير التفاضلي (مع عينتين أو أكثر)؛
(6) تحليل مجموعة الجينات: تحليل فين، التحليل العنقودي، تحليل التعليقات التوضيحية للوظيفة (COG، GO، KEGG)، تحليل إثراء الوظيفة (GO، KEGG)، الرسم البياني الوتري لإثراء الوظيفة، تحليل Ipath؛
(7) تحليل sRNA: تنبؤ sRNA، شرح sRNA (Blast، sRNAMap، sRNATarBase، SIPHT، Rfam)، تنبؤ البنية الثانوية sRNA، تنبؤ الجين المستهدف sRNA؛
(8) تحليل بنية النص: تحليل Operon، التنبؤ بمواقع بداية ونهاية النسخ، شرح وتحليل UTR، التنبؤ بتسلسل المروج، تحليل SNP/InDel (تعليق SNP/InDel، التوزيع الإقليمي SNP/InDel، إحصائيات SNP).