BMKCloud Log in
条形banner-03

أخبار

تجميع الجينوم T2T، الجينوم الخالي من الفجوات

1stاثنان من جينومات الأرز1

العنوان: تجميع اثنين من الجينومات المرجعية الخالية من الفجوات لأرز زيان/إنديكا والتحقق من صحتهما يكشف عن رؤى ثاقبة حول بنية نبات سنترومير

دوى:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073

تاريخ النشر: 01 يناير 2021.

المعهد: جامعة هواتشونغ الزراعية، الصين

مواد

O. ساتيفا شيان/إنديكاأصناف الأرز "Zhenshan 97 (ZS97)" و"Minghui 63 (MH63)"

استراتيجية التسلسل

يقرأ NGS + يقرأ HiFi + يقرأ CLR + BioNano + Hi-C

بيانات:

ZS97: 8.34 جيجا بايت (~23x) قراءة HiFi + 48.39 جيجا بايت (~131x) قراءة CLR + 25 جيجا بايت (~69x) NGS + 2 خلايا BioNano Irys

MH63: 37.88 جيجا بايت (~103x) قراءة HiFi + 48.97 جيجا بايت (~132x) قراءة CLR + 28 جيجا بايت (~76x) NGS + 2 خلايا BioNano Irys

شكل 1

الشكل 1: جينومان خاليان من الفجوات للأرز (MH63 وZS97)

2ndجينوم الموز2

العنوان: كروموسومات خالية من الفجوات من التيلومير إلى التيلومير في الموز باستخدام تسلسل ثقب النانو

دوى:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

تاريخ النشر: 17 أبريل 2021.

المعهد: جامعة باريس ساكلاي، فرنسا

مواد

فرداني مزدوجموسى مؤنفالنيابةسوء التغذية(دي إتش-باهانج)

استراتيجية التسلسل والبيانات:

وضع HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93 جيجا بايت،~200X )+ خريطة بصرية (DLE-1+BspQ1)

الجدول بالحجم الكامل

الجدول 1-مقارنة بين GRCh38 وT2T-CHM13-تجمعات الجينوم البشري
الشكل-موسى-الجينومات-الهندسة المعمارية-المقارنة

الشكل 2: مقارنة بنية جينومات موسى

3rdالجينوم Phaeodactylum tricornutum3

العنوان: تجميع الجينوم من التيلومير إلى التيلوميرP
هيوداكتيلوم ثلاثي القرن

دوى:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

وقت النشر: 04 مايو 2021

المعهد: الجامعة الغربية، كندا

مواد

Phaeodactylum tricornutum(مجموعة ثقافة الطحالب والطفيليات CCAP 1055/1)

استراتيجية التسلسل والبيانات:

1 خلية تدفق Oxford Nanopore minION + 2×75 نهاية مزدوجة للإخراج المتوسط ​​NextSeq 550

الشكل-سير العمل-لتجميع الجينوم من التيلومير إلى التيلومير-1-1024x740

الشكل 3: سير العمل لتجميع الجينوم من التيلومير إلى التيلومير

4thالجينوم البشري CHM134

العنوان: التسلسل الكامل للجينوم البشري

دوى:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

وقت النشر: 27 مايو 2021

المعهد: المعاهد الوطنية للصحة (NIH)، الولايات المتحدة الأمريكية

المواد: خط الخلية CHM13

استراتيجية التسلسل والبيانات:

30 × تسلسل توافقي دائري PacBio (HiFi)، 120 × تسلسل قراءة طويل جدًا من Oxford Nanopore، 100 × تسلسل Illumina PCR-Free (ILMN)، 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C)، خرائط BioNano البصرية، و ستراند-seq

الجدول بالحجم الكامل

جدول المقارنة بين مجموعات الجينوم موسى-أكوميناتا-DH-باهانج

مرجع

1. سيرجي نورك وآخرون.التسلسل الكامل للجينوم البشري.bioRxiv 2021.05.26.445798;دوى:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

2. كارولين بيلسر وآخرون.كروموسومات خالية من الفجوات من التيلومير إلى التيلومير في الموز باستخدام تسلسل ثقب النانو.bioRxiv 2021.04.16.440017;دوى:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

3.دانيال جي جيجير وآخرون.تجميع الجينوم من التيلومير إلى التيلومير لـ Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;دوى:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

4. جيا مينغ سونغ وآخرون.التجميع والتحقق من صحة اثنين من الجينومات المرجعية الخالية من الفجوات لأرز زيان/إنديكا يكشف عن رؤى ثاقبة حول بنية نبات سنترومير.بيوركسيف 2020.12.24.424073;دوى:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073


وقت النشر: 06 يناير 2022

أرسل رسالتك إلينا: