التسلسل الميتاجينومي-نانوبور
مزايا الخدمة
● تجميع عالي الجودة - تعزيز دقة تحديد الأنواع والتنبؤ بالجينات الوظيفية
● عزل الجينوم البكتيري مغلق
● تطبيق أكثر قوة وموثوقية في مجالات متنوعة، على سبيل المثال الكشف عن الكائنات الحية الدقيقة المسببة للأمراض أو الجينات المرتبطة بمقاومة المضادات الحيوية
● تحليل الميتاجينوم المقارن
مواصفات الخدمة
| منصة | التسلسل | البيانات الموصى بها | الفترة الزمنية |
| نانوبور | أونت | 6 جم/10 جم | 65 يوم عمل |
تحليلات المعلوماتية الحيوية
● مراقبة جودة البيانات الأولية
● تجميع الميتاجينوم
● مجموعة الجينات غير الزائدة والشروح
● تحليل تنوع الأنواع
● تحليل تنوع الوظائف الجينية
● التحليل المشترك بين المجموعات
● تحليل الارتباط ضد العوامل التجريبية
متطلبات العينة والتسليم
متطلبات العينة والتسليم
متطلبات العينة:
لمقتطفات الحمض النووي:
| نوع العينة | كمية | تركيز | نقاء |
| مقتطفات الحمض النووي | 1-1.5 ميكروغرام | > 20 نانوغرام/ميكروليتر | OD260/280 = 1.6-2.5 |
للعينات البيئية:
| نوع العينة | إجراءات أخذ العينات الموصى بها |
| تربة | كمية العينة: تقريبًا.5 جرام؛يجب إزالة المادة الذابلة المتبقية من السطح؛طحن قطع كبيرة وتمريرها عبر مرشح 2 مم؛عينات قسامة في أنبوب EP أو أنبوب cyrotube المعقم للحجز. |
| البراز | كمية العينة: تقريبًا.5 جرام؛جمع وقسامة العينات في أنبوب EP المعقم أو أنبوب التبريد للحجز. |
| محتويات الأمعاء | يجب معالجة العينات تحت ظروف معقمة.غسل الأنسجة التي تم جمعها مع برنامج تلفزيوني؛أجهزة الطرد المركزي في برنامج تلفزيوني وجمع المرسب في أنابيب EP. |
| الحمأة الناتجة | كمية العينة: تقريبًا.5 جرام؛جمع وقسامة عينة الحمأة في أنبوب EP المعقم أو أنبوب التبريد للحجز |
| جسم مائي | بالنسبة للعينة التي تحتوي على كمية محدودة من الميكروبات، مثل ماء الصنبور، ومياه الآبار، وما إلى ذلك، قم بجمع ما لا يقل عن 1 لتر من الماء وتمريرها عبر مرشح 0.22 ميكرومتر لإثراء الميكروبات على الغشاء.تخزين الغشاء في أنبوب معقم. |
| جلد | كشط سطح الجلد بعناية باستخدام قطعة قطن معقمة أو شفرة جراحية ووضعها في أنبوب معقم. |
أوصى تسليم العينة
قم بتجميد العينات في النيتروجين السائل لمدة 3-4 ساعات وتخزينها في النيتروجين السائل أو -80 درجة للحفظ على المدى الطويل.مطلوب شحن العينة مع الثلج الجاف.
تدفق عمل الخدمة
تسليم العينة
بناء المكتبة
التسلسل
تحليل البيانات
خدمات ما بعد البيع
1.الخريطة الحرارية: تجميع ثراء الأنواع
2. الجينات الوظيفية المشروحة لمسارات التمثيل الغذائي لـ KEGG
3. شبكة ارتباط الأنواع
4.Circos من الجينات المقاومة للمضادات الحيوية CARD
قضية بي إم كيه
تتيح الميتاجينوميات النانوية التشخيص السريري السريع لعدوى الجهاز التنفسي السفلي البكتيرية
نشرت:التكنولوجيا الحيوية الطبيعية، 2019
أبرز النقاط الفنية
التسلسل: نانوبور مينيون
المعلوماتية الحيوية الميتاجينومية السريرية: استنفاد الحمض النووي المضيف، وتحليل WIMP وARMA
الكشف السريع: 6 ساعات
حساسية عالية: 96.6%
النتائج الرئيسية
في عام 2006، تسببت عدوى الجهاز التنفسي السفلي في وفاة 3 ملايين إنسان على مستوى العالم.الطريقة النموذجية للكشف عن مسببات الأمراض LR1 هي الزراعة، التي تتسم بحساسية ضعيفة، ومدة زمنية طويلة، ونقص التوجيه في العلاج بالمضادات الحيوية المبكرة.لقد كان التشخيص الميكروبي السريع والدقيق منذ فترة طويلة حاجة ملحة.نجح الدكتور جاستن من جامعة إيست أنجليا وشركاؤه في تطوير طريقة ميتاجينومية قائمة على النانوبور للكشف عن مسببات الأمراض.وفقا لسير العمل، يمكن استنفاد 99.99% من الحمض النووي المضيف.يمكن الانتهاء من الكشف عن مسببات الأمراض والجينات المقاومة للمضادات الحيوية خلال 6 ساعات.
مرجع
تشارلامبوس، تي، كاي، جي إل، ريتشاردسون، إتش.، أيدين، أ.، أوغرادي، جي.(2019).تتيح الميتاجينوميات النانوية التشخيص السريري السريع لعدوى الجهاز التنفسي السفلي البكتيرية.الطبيعة والتكنولوجيا الحيوية, 37(7)، 1.
