التسلسل الميتاجينومي -NGS
مزايا الخدمة
● عزل وزراعة خالية من أجل تحديد ملامح المجتمع الميكروبي
● دقة عالية في اكتشاف الأنواع قليلة التواجد في العينات البيئية
● فكرة "فوقية" تدمج جميع السمات البيولوجية على المستوى الوظيفي، ومستوى الأنواع، ومستوى الجينات، مما يعكس رؤية ديناميكية أقرب إلى الواقع.
● تتمتع BMK بخبرة هائلة في أنواع العينات المتنوعة حيث تمت معالجة ما يزيد عن 10,000 عينة.
مواصفات الخدمة
| منصة | التسلسل | البيانات الموصى بها | الفترة الزمنية |
| منصة إلومينا نوفا سيك | بي اي 150 | 6 جم/10 جم/20 جم | 45 يوم عمل |
تحليلات المعلوماتية الحيوية
● مراقبة جودة البيانات الأولية
● تجميع الميتاجينوم
● مجموعة الجينات غير الزائدة والشروح
● تحليل تنوع الأنواع
● تحليل تنوع الوظائف الجينية
● التحليل المشترك بين المجموعات
● تحليل الارتباط ضد العوامل التجريبية
متطلبات العينة والتسليم
متطلبات العينة:
لمقتطفات الحمض النووي:
| نوع العينة | كمية | تركيز | نقاء |
| مقتطفات الحمض النووي | > 30 نانوغرام | > 1 نانوغرام/ميكروليتر | OD260/280 = 1.6-2.5 |
للعينات البيئية:
| نوع العينة | إجراءات أخذ العينات الموصى بها |
| تربة | كمية العينة: تقريبًا.5 جرام؛يجب إزالة المادة الذابلة المتبقية من السطح؛طحن قطع كبيرة وتمريرها عبر مرشح 2 مم؛عينات قسامة في أنبوب EP أو أنبوب cyrotube المعقم للحجز. |
| البراز | كمية العينة: تقريبًا.5 جرام؛جمع وقسامة العينات في أنبوب EP المعقم أو أنبوب التبريد للحجز. |
| محتويات الأمعاء | يجب معالجة العينات تحت ظروف معقمة.غسل الأنسجة التي تم جمعها مع برنامج تلفزيوني؛أجهزة الطرد المركزي في برنامج تلفزيوني وجمع المرسب في أنابيب EP. |
| الحمأة الناتجة | كمية العينة: تقريبًا.5 جرام؛جمع وقسامة عينة الحمأة في أنبوب EP المعقم أو أنبوب التبريد للحجز |
| جسم مائي | بالنسبة للعينة التي تحتوي على كمية محدودة من الميكروبات، مثل ماء الصنبور، ومياه الآبار، وما إلى ذلك، قم بجمع ما لا يقل عن 1 لتر من الماء وتمريرها عبر مرشح 0.22 ميكرومتر لإثراء الميكروبات على الغشاء.تخزين الغشاء في أنبوب معقم. |
| جلد | كشط سطح الجلد بعناية باستخدام قطعة قطن معقمة أو شفرة جراحية ووضعها في أنبوب معقم. |
أوصى تسليم العينة
قم بتجميد العينات في النيتروجين السائل لمدة 3-4 ساعات وتخزينها في النيتروجين السائل أو -80 درجة للحفظ على المدى الطويل.مطلوب شحن العينة مع الثلج الجاف.
تدفق عمل الخدمة
تسليم العينة
بناء المكتبة
التسلسل
تحليل البيانات
خدمات ما بعد البيع
1. الرسم البياني: توزيع الأنواع
2. الجينات الوظيفية المشروحة لمسارات التمثيل الغذائي لـ KEGG
3. الخريطة الحرارية: الوظائف التفاضلية بناءً على الوفرة النسبية للجينات
4.Circos من الجينات المقاومة للمضادات الحيوية CARD
قضية بي إم كيه
انتشار جينات مقاومة المضادات الحيوية ومسببات الأمراض البكتيرية على طول سلسلة جذر المانغروف في التربة
نشرت:مجلة المواد الخطرة، 2021
استراتيجية التسلسل:
المواد: مستخلصات الحمض النووي لأربعة أجزاء من العينات المرتبطة بجذور المانغروف: التربة غير المزروعة، والغلاف الجذري، والغلاف الخارجي، والغلاف الداخلي
المنصة: إلومينا HiSeq 2500
الأهداف: ميتاجينوم
منطقة الرنا الريباسي 16S الجين V3-V4
النتائج الرئيسية
تمت معالجة التسلسل الميتاجينومي والتنميط الفوقي على استمرارية جذر التربة لشتلات المانغروف من أجل دراسة نشر جينات مقاومة المضادات الحيوية (ARGs) من التربة إلى النباتات.كشفت البيانات الميتاجينومية أن 91.4% من جينات مقاومة المضادات الحيوية تم تحديدها بشكل شائع في جميع أجزاء التربة الأربعة المذكورة أعلاه، مما أظهر نمطًا مستمرًا.أنتج تسلسل 16S rRNA amplicon 29,285 تسلسلاً، يمثل 346 نوعًا.بالجمع مع تحديد سمات الأنواع عن طريق تسلسل الأمبليكون، وجد أن هذا النشر مستقل عن الكائنات الحية الدقيقة المرتبطة بالجذر، ومع ذلك، يمكن تسهيله عن طريق العناصر الوراثية المتنقلة.حددت هذه الدراسة تدفق ARGs ومسببات الأمراض من التربة إلى النباتات من خلال استمرارية جذر التربة المترابطة.
مرجع
وانغ، سي.، هو، آر.، سترونج، بي جي، تشوانغ، دبليو، وشو، إل.(2020).انتشار جينات مقاومة المضادات الحيوية ومسببات الأمراض البكتيرية على طول سلسلة جذور التربة وأشجار المانغروف.مجلة المواد الخطرة، 408, 124985.
