تسلسل طويل غير مشفر - Illumina
مزايا الخدمة
● مزايا الخدمة
● الخلوية والأنسجة المحددة
● مرحلة محددة تعبر عن التغيير الديناميكي في التعبير وتقدمه
● أنماط دقيقة للتعبير عن الزمان والمكان
● تحليل مشترك مع بيانات مرنا.
● تسليم النتائج المستندة إلى BMKCloud: التنقيب عن البيانات المخصصة متاح على النظام الأساسي.
● خدمات ما بعد البيع صالحة لمدة 3 أشهر بعد الانتهاء من المشروع
متطلبات العينة والتسليم
| مكتبة | منصة | البيانات الموصى بها | مراقبة جودة البيانات |
| استنزاف الرنا الريباسي | الومينا PE150 | 10 جيجابايت | Q30≥85% |
| Conc. (نانوغرام / ميكرولتر) | المبلغ (ميكروغرام) | نقاء | نزاهة |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 يظهر تلوث محدود أو معدوم بالبروتين أو الحمض النووي على الجل. | للنباتات: RIN≥6.5؛ للحيوانات: RIN≥7.0؛ 5.0≥28S/18S≥1.0؛ ارتفاع خط الأساس محدود أو معدوم |
النيوكليوتيدات:
الأنسجة: الوزن (الجاف): ≥1 جم
*بالنسبة للأنسجة الأصغر من 5 ملغ، نوصي بإرسال عينة من الأنسجة المجمدة (في النيتروجين السائل).
تعليق الخلايا: عدد الخلايا = 3 × 107
*نوصي بشحن محلول الخلايا المجمدة.في حالة أن عدد الخلايا أصغر من 5 × 105يوصى بتجميد الفلاش في النيتروجين السائل.
عينات من الدم:
PA × جين الدم RNATube؛
6 مل تريزول و 2 مل دم (تريزول: الدم = 3: 1)
أوصى تسليم العينة
الحاوية: أنبوب طرد مركزي سعة 2 مل (لا ينصح باستخدام ورق القصدير)
وضع العلامات على العينات: المجموعة + النسخ المتماثل، على سبيل المثال A1، A2، A3؛ب1، ب2، ب3... ...
شحنة:
1.الثلج الجاف: يجب تعبئة العينات في أكياس ودفنها في الثلج الجاف.
2.أنابيب RNAstable: يمكن تجفيف عينات RNA في أنبوب تثبيت RNA (مثل RNAstable®) وشحنها في درجة حرارة الغرفة.
تدفق عمل الخدمة
تصميم التجربة
تسليم العينة
استخراج الحمض النووي الريبي
بناء المكتبة
التسلسل
تحليل البيانات
خدمات ما بعد البيع
المعلوماتية الحيوية
1. تصنيف LncRNA
تم تصنيف LncRNA الذي تنبأت به البرامج الأربعة المذكورة أعلاه إلى 4 فئات: lincRNA، وLncRNA المضاد للتحسس، وintronic-LncRNA؛إحساس LncRNA.تم عرض تصنيف LncRNA في الرسم البياني أدناه.
تصنيف LncRNA
2. الجينات المستهدفة لرابطة الدول المستقلة لتحليل تخصيب DE-lncRNA
تم استخدام ClusterProfiler في تحليل تخصيب GO على الجينات المستهدفة لرابطة الدول المستقلة لـ lncRNA المعبر عنها تفاضليًا (DE-lncRNA)، من حيث العمليات البيولوجية والوظائف الجزيئية والمكونات الخلوية.تحليل تخصيب GO هو عملية لتحديد مصطلحات GO المخصبة بشكل كبير والموجهة بواسطة DEG مقارنة بالجينوم بأكمله.تم عرض المصطلحات الغنية في الرسم البياني والمخطط الفقاعي وما إلى ذلك كما هو موضح أدناه.
الجينات المستهدفة لرابطة الدول المستقلة لتحليل تخصيب DE-lncRNA - مخطط الفقاعة
3. من خلال مقارنة الطول ورقم إكسون وORF وكمية التعبير لـ mRNA وlncRNA، يمكننا فهم الاختلافات في البنية والتسلسل وما إلى ذلك بينهما، وكذلك التحقق مما إذا كان lncRNA الجديد الذي تنبأ به يتوافق مع الخصائص العامة.
قضية بي إم كيه
ملف تعريف تعبير lncRNA غير المنظم في سرطانات الرئة الفأرية مع طفرة KRAS-G12D والضربة القاضية P53
نشرت:مجلة الطب الخلوي والجزيئي،2019
استراتيجية التسلسل
إلومينا
جمع العينات
تم الحصول على خلايا NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) وخلايا التحكم السلبي (sh-Scr) في اليوم السادس من عدوى فيروسية محددة.
النتائج الرئيسية
تبحث هذه الدراسة في lncRNAs المعبر عنها بشكل شاذ في سرطان الرئة الغدي في الفئران مع خروج المغلوب P53 وطفرة KrasG12D.
تم التعبير بشكل مختلف عن 1.6424 lncRNAs (تغيير ≥ 2 أضعاف، P <0.05).
2. من بين جميع الـ 210 lncRNAs (FC≥8)، تم تنظيم تعبير 11 lncRNAs بواسطة P53، و 33 lncRNAs بواسطة KRAS و 13 lncRNAs بواسطة نقص الأكسجة في خلايا KP الأولية، على التوالي.
تم اكتشاف 3.NONMMUT015812، الذي تم تنظيمه بشكل ملحوظ في سرطان الغدة الرئوية الفأري وتم تنظيمه سلبًا من خلال إعادة التعبير P53، لتحليل وظيفته الخلوية.
4. ضربة قاضية لـ NONMMUT015812 بواسطة shRNAs قللت من قدرات الانتشار والهجرة لخلايا KP.كان NONMMUT015812 أحد الجينات المسرطنة المحتملة.
 تحليل مسار KEGG للجينات المعبر عنها تفاضليًا في خلايا KP NONMMUT015812-knockdown KP |  تحليل الجينات الجينية للجينات المعبر عنها تفاضليًا في خلايا KP NONMMUT015812-knockdown KP |
مرجع
ملف تعريف تعبير lncRNA غير المنظم في سرطانات الرئة الفأرية مع طفرة KRAS-G12D والضربة القاضية P53 [J].مجلة الطب الخلوي والجزيئي، 2019، 23(10).دوى: 10.1111/jcmm.14584
