تسلسل DNA/RNA -PacBio Sequencer
سمات
وضعان للتسلسل على جهاز تسلسل PacBio: القراءة الطويلة المستمرة (CLR) وقراءة الإجماع الدائري (CCS)
| وضع التسلسل | حجم المكتبة | البيانات النظريةالعائد (لكل خلية) | قاعدة واحدةدقة | التطبيقات |
| CLR | 20 كيلو بايت، 30 كيلو بايت، الخ. | 80 جيجا الى 130 جيجا | تقريبا.85% | من جديد، مكالمات SV، وما إلى ذلك. |
| احتجاز ثاني أكسيد الكربون | 15-20 كيلو بايت | 14 إلى 40 جيجابايت/خلية (الجزء الثاني) 70 إلى 110 جيجابايت/خلية (ريفيو) يعتمد على العينات | تقريبا.99% | من جديد، اتصال SNP/Indel/SV، Iso-Seq، |
مقارنة أداء وميزات Revio وSequel II
| شروط | نظام التكملة الثاني | نظام ريفيو | يزيد |
| كثافة أعلى | 8 مليون ZMWs | 25 مليون ZMWs | 3x |
| مراحل مستقلة | 1 | 4 | 4x |
| أوقات تشغيل أقصر | 30 ساعة | 24 ساعة | 1.25x |
| 30X الجينوم البشري HiFi / سنة | 88 | 1300 | 15x بشكل عام |
مزايا الخدمة
● أكثر من 8 سنوات من الخبرة في منصة PacBio للتسلسل مع آلاف المشاريع المغلقة بمختلف الأنواع.
● مجهز بالكامل بأحدث منصات PacBio Sequencing، Revio لضمان إنتاجية كافية للتسلسل.
● وقت تسليم أسرع، وإنتاجية أعلى للبيانات، وبيانات أكثر دقة.
● ساهم في مئات المنشورات عالية التأثير المستندة إلى PacBio.
متطلبات العينة
| نوع العينة | كمية | التركيز (Qubit®) | مقدار | نقاء | آحرون |
| الحمض النووي الجيني | تعتمد على متطلبات البيانات | ≥50 نانوغرام/ميكروليتر | ≥15 ميكرولتر | أود260/280=1.7-2.2؛ OD260/230=1.8-2.5؛ ذروة واضحة عند 260 نانومتر،لا تلوث | يجب قياس التركيز بواسطة Qubit وQubit/Nanopore = 0.8-2.5 |
| مجموع الحمض النووي الريبي | ≥1.2 ميكروغرام | ≥120 نانوغرام/ميكروليتر | ≥15 ميكرولتر | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5؛لا تلوث | قيمة RIN ≥7.5 5≥28S/18S≥1 |
سير عمل الخدمة
إعداد عينة
بناء المكتبة
التسلسل
تحليل البيانات
تسليم المشروع
1. إنتاجية البيانات الداخلية
تم إنشاء البيانات من 63 خلية CCS (من 26 نوعًا)
| بيانات-باكبيو-CCS-15 كيلو بايت | متوسط | الأعلى | دقيقة | الوسيط |
| العائد - القراءات الفرعية (جيجابايت) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| ييل - CCS (جيجابايت) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| بوليميريز N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| القراءات الفرعية N50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| سي سي اس N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| متوسط طول البوليميراز | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| متوسط طول القراءات الفرعية | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| متوسط طول CCS | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
البيانات الناتجة من 16 خلية CLR (من 76 نوعًا)
| DATA-PacBio-CLR-30 كيلو بايت | متوسط | الأعلى | دقيقة | الوسيط |
| العائد - القراءات الفرعية (جيجابايت) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| بوليميريز N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| القراءات الفرعية N50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| متوسط طول البوليميراز | 22,063 | 48886 | 8,747 | 21,555 |
| متوسط طول القراءات الفرعية | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2. مراقبة جودة البيانات – العرض التوضيحيإحصائيات حول إنتاجية البيانات
| عينة | عدد القراءات ccs | إجمالي قواعد CCS (bp) | يقرأ CCS N50 (bp) | CCS متوسط الطول (bp) | CCS أطول قراءة (bp) | قواعد القراءات الفرعية (bp) | معدل CCS (٪) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
