16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
مزايا الخدمة
● التحديد السريع والخالي من العزل للتركيبة الميكروبية في العينات البيئية
● دقة عالية في المكونات قليلة التوافر في العينات البيئية
● أحدث تدفق تحليل QIIME2 مع تحليلات متنوعة من حيث قاعدة البيانات، والتعليقات التوضيحية، وOTU/ASV.
● إنتاجية عالية ودقة أعلى
● تنطبق على دراسات المجتمع الميكروبي المتنوعة
● تمتلك BMK خبرة واسعة مع أكثر من 100.000 عينة سنويًا، تغطي التربة والمياه والغاز والحمأة والبراز والأمعاء والجلد ومرق التخمير والحشرات والنباتات وما إلى ذلك.
● قام BMKCloud بتسهيل تفسير البيانات الذي يحتوي على 45 أداة تحليل مخصصة
مواصفات الخدمة
| التسلسلمنصة | مكتبة | العائد البيانات الموصى بها | الوقت المقدر للدوران |
| منصة إلومينا نوفا سيك | بي إي 250 | علامات 50K/100K/300K | 30 يوما |
تحليلات المعلوماتية الحيوية
● مراقبة جودة البيانات الأولية
● تجميع/إزالة الضوضاء OTU (ASV)
● شرح OTU
● تنوع ألفا
● تنوع بيتا
● التحليل المشترك بين المجموعات
● تحليل الارتباط ضد العوامل التجريبية
● التنبؤ بالجينات الوظيفية
متطلبات العينة والتسليم
متطلبات العينة:
لمقتطفات الحمض النووي:
| نوع العينة | كمية | تركيز | نقاء |
| مقتطفات الحمض النووي | > 30 نانوغرام | > 1 نانوغرام/ميكروليتر | OD260/280 = 1.6-2.5 |
للعينات البيئية:
| نوع العينة | إجراءات أخذ العينات الموصى بها |
| تربة | كمية العينة: تقريبًا.5 جرام؛يجب إزالة المادة الذابلة المتبقية من السطح؛طحن قطع كبيرة وتمريرها عبر مرشح 2 مم؛عينات قسامة في أنبوب EP أو أنبوب cyrotube المعقم للحجز. |
| البراز | كمية العينة: تقريبًا.5 جرام؛جمع وقسامة العينات في أنبوب EP المعقم أو أنبوب التبريد للحجز. |
| محتويات الأمعاء | يجب معالجة العينات تحت ظروف معقمة.غسل الأنسجة التي تم جمعها مع برنامج تلفزيوني؛أجهزة الطرد المركزي في برنامج تلفزيوني وجمع المرسب في أنابيب EP. |
| الحمأة الناتجة | كمية العينة: تقريبًا.5 جرام؛جمع وقسامة عينة الحمأة في أنبوب EP المعقم أو أنبوب التبريد للحجز |
| جسم مائي | بالنسبة للعينة التي تحتوي على كمية محدودة من الميكروبات، مثل ماء الصنبور، ومياه الآبار، وما إلى ذلك، قم بجمع ما لا يقل عن 1 لتر من الماء وتمريرها عبر مرشح 0.22 ميكرومتر لإثراء الميكروبات على الغشاء.تخزين الغشاء في أنبوب معقم. |
| جلد | كشط سطح الجلد بعناية باستخدام قطعة قطن معقمة أو شفرة جراحية ووضعها في أنبوب معقم. |
أوصى تسليم العينة
قم بتجميد العينات في النيتروجين السائل لمدة 3-4 ساعات وتخزينها في النيتروجين السائل أو -80 درجة للحفظ على المدى الطويل.مطلوب شحن العينة مع الثلج الجاف.
تدفق عمل الخدمة
تسليم العينة
بناء المكتبة
التسلسل
تحليل البيانات
خدمات ما بعد البيع
1. توزيع الأنواع
2. الخريطة الحرارية: تجميع ثراء الأنواع
3. منحنى الفصيل النادر
4.تحليل NMDS
5. تحليل الشخصية
قضية بي إم كيه
يُظهر الأفراد الذين يعانون من السمنة المفرطة والذين يعانون من مرض السكري من النوع 2 أو لا يعانون منه قدرة وظيفية وتكوينًا ميكروبيًا مختلفًا في الأمعاء
نشرت:مضيف الخلية والميكروب، 2019
استراتيجية التسلسل:
العجاف غير السكري (ن = 633)؛السمنة غير المصابة بالسكري (ن = 494)؛مرض السكري من النوع الثاني (ن = 153) ؛
المنطقة المستهدفة: 16S rDNA V1-V2
النظام الأساسي: Illumina Miseq (تسلسل الأمبليكون القائم على NGS)
تعرضت مجموعة فرعية من مستخلصات الحمض النووي للتسلسل الميتاجينومي على Illumina Hiseq
النتائج الرئيسية
تم التمييز بنجاح بين الملامح الميكروبية لهذه الأمراض الأيضية.
من خلال مقارنة السمات الميكروبية الناتجة عن تسلسل 16S، وجد أن السمنة مرتبطة بالتغيرات في التركيب الميكروبي، والسمات الفردية، وخاصة الانخفاض الكبير في بكتيريا Akkermansia، وFaecalibacterium، وOscillibacter، وAlistipes، وما إلى ذلك. بالإضافة إلى ذلك، تم العثور على T2D مرتبطًا بزيادة في الإشريكية/الشيغيلا. .
مرجع
ثينجهولم، إل بي، وآخرون."الأفراد الذين يعانون من السمنة المفرطة والذين يعانون من مرض السكري من النوع 2 أو لا يظهرون قدرة وظيفية وتكوينًا مختلفًا للميكروبات المعوية."مضيف الخلية والميكروب26.2(2019).
