የወርቅ ዓሳ የዝግመተ ለውጥ አመጣጥ እና የቤት ውስጥ ታሪክ (ካራሲየስ አውራተስ)

ጂኖም ኢቮሉሽን

ፒኤንኤኤስ

የወርቅ ዓሳ የዝግመተ ለውጥ አመጣጥ እና የቤት ውስጥ ታሪክ (ካራሲየስ አውራተስ)

ድምቀቶች

1.ጎልድፊሽ ጂኖም 95.75% contigs ወደ 50 pseudochromosomes (Scaffold N50=31.84 Mb) በማስቀመጥ ከፍተኛ ጥራት ባለው የመሰብሰቢያ ስሪት ተዘምኗል።ሁለት ንዑስ ጂኖም ተለያይተዋል።

2.በሀገር ውስጥ በሚኖሩበት ጊዜ የሚመረጡ የጂኖሚክ ክልሎች የ201 ግለሰቦችን መረጃ በመከተል ከ390 በላይ የሚሆኑ እጩ ጂኖችን ከሀገር ውስጥ ባህሪ ጋር በማያያዝ ተለይተዋል።

3.GWAS በአገር ውስጥ ወርቅማ ዓሣ ላይ ባለው የጀርባ ክንፍ ላይ 378 እጩ ጂኖችን አጋልጧል።የታይሮሲን-ፕሮቲን ኪናሴ ዘጋቢ ከግልጽነት ጋር የተያያዘ የእጩ መንስኤ ጂን ተለይቷል።

ዳራ

ጎልድፊሽ (ካራሲየስ አውራተስ) በጥንቷ ቻይና ከክሩሺያን ካርፕ የተመረተ በጣም አስፈላጊ ከሆኑት እርባታ ዓሦች አንዱ ነው።በቻርለስ ዳርዊን አስተያየት ተሰጥቷቸዋል፡- “መጨረሻ ከሞላ ጎደል ወሰን የለሽ የቀለም ልዩነትን በማለፍ፣ እጅግ በጣም ልዩ የሆኑ የመዋቅር ማሻሻያዎችን አግኝተናል።እጅግ በጣም የተለያዩ ባህሪያት እና ረጅም የቤት ውስጥ የመራባት እና የመራባት ታሪክ ወርቅፊሽ ለዓሳ ፊዚዮሎጂ እና ዝግመተ ለውጥ በጣም ጥሩ የጄኔቲክ ሞዴል ስርዓት ያደርገዋል።

ስኬቶች

ጎልድፊሽ ጂኖም

JየPacBio እና Illumina ጥንድ-መጨረሻ ቅደም ተከተል መረጃ ቅባት ትንተና የመጀመሪያ 1.657 G ረቂቅ ስብሰባ (Contig N50=474 Kb) ይሰጣል።የባዮናኖ ኦፕቲካል ካርታ ተፈጠረ እና ስብሰባው ወደ 1.73 ጊባ መጠን (የተገመተው የጂኖም መጠን፡ 1.8 Gb) እንዲስተካከል ተደርጓል።Hi-C ላይ የተመሰረተ ስብሰባ የበለጠ የተሻሻለ ስካፎል N50ን ከ606 ኪባ ወደ 31.84 ሜባ አሻሽሏል እና 95.75% (1.65 Gb) ተኮር እና የታዘዘ የመልህቅ ፍጥነት አሳክቷል።ጂኖም 56,251 ኮድ ሰጪ ጂኖች እና 10,098 ረጅም ኮዲንግ ያልሆነ ግልባጭ ይይዛል።ከዚህም በላይ ከ50 ክሮሞሶምች ውስጥ 38 እምቅ ሴንትሮሜሪክ ክልሎች ተንብየዋል።

ምስል.1 የወርቅ ዓሳ ጂኖም

Tበጥንታዊ የማዳቀል ክስተት በተፈጠረው 50 የወርቅ ዓሳ ክሮሞሶም ውስጥ ግልጽ የሆኑ ንዑስ ጂኖም ስብስቦች ተለይተዋል።በወርቅ ዓሳ እና በባርቢኔ መካከል የተደረደሩ ከፍተኛ መጠን ያለው ንባብ ያላቸው የክሮሞሶሞች ስብስብ ንዑስ ጂኖም A (ChrA01~A25)፣ ማለትም ንዑስ ጂኖም ለ Barbinae የተለመደ፣ የተቀሩት ደግሞ ንዑስ ጂኖም ቢ (ChrB01~B25) ተብለው ተገልጸዋል።

የቤት ውስጥ እና የተመረጠ መጥረጊያ

Aበድምሩ 16 የዱር ዓይነት ክሩሺያን ካርፕ እና 185 ተወካይ የወርቅ ዓሳ ተለዋዋጮች በቅደም ተከተል በአማካይ 12.5X ጥልቀት ያለው ሲሆን ይህም 4.3 ቴራባዝ መረጃዎችን በማመንጨት ነው።የፋይሎጀኔቲክ ተሃድሶ እና PCA ትንተና ከሌሎች ወርቅማ ዓሣዎች ይልቅ በጋራ ወርቅማ አሳ እና ክሩሺያን ካርፕ መካከል ያለውን ግንኙነት አረጋግጧል፣ እሱም በኋላ በሁለት የዘር ሐረግ የተከፈለ።

Lከአራት በላይ በሆኑት የህዝብ ብዛት ላይ ያለው የመበስበስ ትንተና በቤት ውስጥ በሚሰራበት ጊዜ እና በወርቅ ዓሳ ውስጥ ጠንካራ ሰው ሰራሽ ምርጫ የህዝብ ጄኔቲክ ማነቆ መኖሩን ይደግፋል።ከክሩሺያን ካርፕ እስከ ተራ ወርቃማ ዓሳ እስከ ዌን ወርቅማ ዓሣ እና እንቁላል ወርቅፊሽ ድረስ ያለው የዘረመል ልዩነት (π) መጨመር በእርሻ ዘመናቸው ከፍተኛ የሆነ የዘረመል ልዩነቶች መከማቸታቸውን ያሳያል።25.2 ሜባ እና 946 ጂኖች የሚሸፍኑ 50 የተመረጡ ጠረግ ጂኖሚክ ክልሎች ከተወካይ መረጃ (33 ወርቅ አሳ እና 16 ክሩሺያን ክሪፕ) ተለይተዋል።ትንታኔን ወደ 201 ግለሰቦች በማስፋፋት, 393 ጂኖች የተጠናቀቀ የምርጫ መጥረግ ክልሎችን አመልክተዋል.እነዚህ ጂኖች በወርቅ ዓሳ ውስጥ ከሚገኙት ዋና ዋና የቤት ውስጥ ባህሪያት ጋር ለተያያዙት ፍኖተ-ዓይነት አስተዋፅዖ የሚያደርጉ ዝቅተኛ ልዩነት ያላቸው ተገኝተዋል።

ምስል 3 ጂኖም-ሰፊ የቤት ውስጥ-የተዛመደ ትንተና

GWAS በአገር ውስጥ በወርቅ ዓሳ ላይ

Dኦርሳል ፊን ዌን ወርቅፊሽ ከእንቁላል ወርቅማ ዓሣ የሚለየው ቁልፍ ባህሪ ነው።በ96 Wen Goldfish እና 87 Egg Goldfish ላይ ያለው GWAS 378 እጩ ጂኖች በ13 ክሮሞሶም ውስጥ ተሰራጭተዋል እና የእነዚህ ጂኖች እኩል ያልሆነ ስርጭት በንዑስ ጂኖም መካከል ታይቷል።በእነዚህ እጩ ጂኖች ላይ ያለው ተግባራዊ ትንተና "የሴል ወለል ተቀባይ ምልክት ማድረጊያ ምልክት", "ትራንስሜምብራን መጓጓዣ", "የአጥንት ስርዓት እድገት", ወዘተ ጨምሮ ባዮሎጂያዊ ሂደቶችን አጉልቷል.