ከውጥረት መቻቻል፣ የዘይት ይዘት፣ የዘር ጥራት እና የስነ-ምህዳር መሻሻል ጋር የተያያዙ ጂኖች በGWAS በተደፈረ ዘር ተለይተዋል።

GWAS

ርዕስ፡ የሙሉ ጂኖም ቅደም ተከተል የ Brassica napus አመጣጥ እና በመሻሻል ላይ የተሳተፈ የዘረመል ሎሲ ያሳያል።

ጆርናል፡ የተፈጥሮ ግንኙነቶች

በዚህ ጥናት ውስጥ, ባዮማርከር ቴክኖሎጂዎች በኤንጂኤስ ቅደም ተከተል ላይ አገልግሎቶችን, እንዲሁም በባዮኢንፎርማቲክስ ትንተና ላይ ቴክኒካል ድጋፍን በቅደም ተከተል መረጃ ላይ ሰጥተዋል.

ዳራ

Brassica napus(መድፈር) አስፈላጊ የቅባት እህል ሰብል እና የ polyploid speciation፣ የዝግመተ ለውጥ እና ምርጫ ሂደቶችን ለመመርመር ጥሩ ሞዴል ነው።ይሁን እንጂ የዱር ዝርያዎች ወይም የቤት ውስጥ ለጋሾች የወላጆች ቅድመ አያቶች ነበሩ እና ጂኖች ለቤት ውስጥ ማዳበር እና ለመድፈር ዘር መሻሻል አስተዋጽኦ ያደረጉ ጂኖች አሁንም አይታወቁም.

ቁስአካላት እና መንገዶች

ቁሶች፡-588B. napusበዚህ ጥናት ውስጥ 466 ከእስያ፣ 102 ከአውሮፓ፣ 13 ከሰሜን አሜሪካ እና 7 ከአውስትራሊያ ተካተዋል።በእድገት ልማድ መዝገቦች ላይ በመመስረት, እነዚህ ቁሳቁሶች በሦስት ኢኮቲፕስ ተከፍለዋል;ጸደይ (86 accessions), ክረምት (74 accessions), እና ከፊል-ክረምት (428 accessions).

ቅደም ተከተል፡አማካይ በግምት።5× (ከ3.37× እስከ 7.71×)
የመድረክ ቅደም ተከተልኢሉሚና ሂሴቅ 4000
የውሂብ ምርት;4.03 Tb ንጹህ ውሂብ

የ SNP ጥሪ፡BWA + GATK5,294,158 SNPs እና 1,307,151 InDels ተገኝተዋል።

ውጤቶች

የ B. napus አመጣጥ

B. napusአንድ ንዑስ ጂኖም ከአውሮፓውያን የመመለሻ ቅድመ አያት የተገኘ ነው።የጂን ፍሰት ክስተት ከአውሮፓ ዞሮ ወደ እ.ኤ.አB. napus ንዑስ ጂኖም የተከሰተ ከ~106–1170 ዓመታት በፊት ነው።B. napusሲ ንዑስ ጂኖም ከእነዚህ የዘር ግንዶች የጋራ ቅድመ አያት የተገኘ ሊሆን ይችላል።ቅድመ አያትB. napusከአራት ቢ. oleracea ንዑስ ዝርያዎች የጋራ ቅድመ አያት ተከፍሏል ፣ በቅርብ ጊዜ የጂን ፍሰትB. napus~ 108-898 ዓመታት በፊት.B. napusሲ ንዑስ ጂኖም ከ A ንዑስ ጂኖም የበለጠ የተወሳሰበ አመጣጥ አለው።በሁለቱም ንዑስ ጂኖም ውስጥ ጠንካራ ማነቆ ተፈጠረB. napusዝግመተ ለውጥ.ክረምቱ እና ከፊል-ክረምትB. napusኢኮታይፕስ ከ ~ 60 ዓመታት በፊት ተለያይቷል ፣ ግን ክረምት እና ፀደይB. napusከ ~ 416 ዓመታት በፊት ተለያይቷል ፣ እና የቅባት እህሎች እና ያልተቀባ እህሎችB. napusከ 277 ዓመታት በፊት ተለያይቷል.

ምስል 2 የህዝብ አወቃቀር 588 B. napus accessions እና 199 B. rapa accessions.

ምስል 3 የህዝብ አወቃቀር 588 B. napus accessions እና 119 B. oleracea accessions

የምርጫ ምልክቶች እና የጂኖም ሰፊ ማህበር ጥናቶች.

በመጀመርያው የመሻሻል ደረጃ (ኤፍኤስአይ) ከኤ ንዑስ ጂኖም ይልቅ በ B.napus C ንዑስ ጂኖም ውስጥ የበለጠ የዘረመል ልዩነት ጠፍቷል።ከሁለተኛው የማሻሻያ ደረጃ (SSI) ያነሰ የጄኔቲክ ልዩነት በ FSI ወቅት ተከስቷል።በ SSI ምርጫ ምልክት ክልሎች ውስጥ ያሉ ጂኖች በውጥረት መቻቻል፣ በልማት እና በሜታቦሊክ መንገዶች የበለፀጉ ነበሩ።60 ሎሲዎች ከ10 ዒላማ ባህሪያት ጋር በእጅጉ የተቆራኙ፣ 5 ከዘር ምርት ጋር የተያያዙ፣ 3 እስከ ሲሊቲክ ርዝመት፣ 4 ከዘይት ይዘት እና 48 ከዘር ጥራት ጋር የተያያዙ ጨምሮ።

ምስል 4 በ B. napus SSI ጊዜ ጂኖም-ሰፊ ቅኝት እና የተመረጡ ክልሎች ማብራሪያዎች

ትራንስክሪፕት ትንታኔ

ከ 11 ቲሹዎች የ RNAseq መረጃ ከከፍተኛ-ዘይት-ይዘት እና ድርብ-ዝቅተኛ ዝርያ እና ዝቅተኛ-ዘይት-ይዘት እና ባለ ሁለት-ከፍተኛ ዝርያ ተለይተው ከግሉሲኖሌት ባዮሲንተቲክ ሂደት ጋር የተያያዙ ጂኖች በከፍተኛ ሁኔታ ተወክለዋል.

ምስል4-ጂኖም-ሰፊ-መቃኘት-እና-የተመረጡት-ክልሎች-ማብራሪያዎች-በ SSI-of-B ወቅት

ምስል 5 በ B. napus የስነ-ምህዳር ማሻሻያ ምርጫ ስር የአበባ-ጊዜ ደንብ አጠቃላይ እይታ

ውይይት

ይህ ጥናት የመነሻውን እና የማሻሻያ ታሪክን ለመረዳት ጠቃሚ ግብዓት አቅርቧልB. napusእና ጠቃሚ የአግሮኖሚክ ውስብስብ ባህሪያት የጄኔቲክ መሰረቶችን መከፋፈልን ያመቻቻል.ከተመቹ ልዩነቶች፣ የመምረጫ ምልክቶች እና የእጩ ጂኖች ጋር የተያያዙት ጉልህ SNPዎች በተለይም የዚህን የቅርብ ጊዜ አሎፖሊፕሎይድ ሰብል እና ዘመዶቹን ምርት፣ የዘር ጥራት፣ የዘይት ይዘት እና መላመድን ለማሻሻል በአብዛኛው አስተዋፅዖ ያደርጋሉ።