የሰው ዘር ዘር
የተፈጥሮ ጄኔቲክስ
ለረጅም ጊዜ የተነበበ ቅደም ተከተል በ NOTCH2NLC ውስጥ ከኒውሮናል ውስጠ-ኑክሌር ማካተት በሽታ ጋር በተዛመደ የ GGC ተደጋጋሚ መስፋፋትን ይለያል
ONT ተከታይ |ኢሉሚና |ሙሉ exome ቅደም ተከተል |CRISPR-Cas9 ONT ዒላማ የተደረገ ቅደም ተከተል |RNA-seq |ONT 5mC methylation ጥሪ
ድምቀቶች
1. በትልቅ የ NIID ቤተሰብ ላይ በሊንካጅ ትንተና፣ ሁለት የተገናኙ ክልሎች ተለይተዋል።
2.ONT ላይ የተመሰረተ የረዥም ጊዜ የተነበበ ቅደም ተከተል እና የ Cas-9 መካከለኛ ማበልጸጊያ ONT ቅደም ተከተል የ NIID ጄኔቲክ መንስኤ ተገኘ, GGC በ 5′ UTR የ NOTCH2NLC መድገም.ይህ ጥናት ለመጀመሪያ ጊዜ በሰዎች-ተኮር ጂኖች ውስጥ ተደጋጋሚ መስፋፋቶችን በክፍልፋዮች ማባዛትን ዘግቧል።
የ 3.አር ኤን ኤ ቅደም ተከተል በNOTCH2NLC መጀመሪያ ላይ ወይም በ GGC ተደጋጋሚ የማስፋፊያ ክልሎች ላይ ያልተለመዱ የፀረ-ስሜት ግልባጮችን አሳይቷል።
ዳራ
Nየዩሮ ውስጠ-ኑክሌር ማካተት በሽታ (NIID) በማዕከላዊ እና በከባቢያዊ የነርቭ ሥርዓቶች ውስጥ የኢኦሶኖፊሊክ ሃያሊን ውስጣዊ ውስጠ-አካላት በመኖሩ የሚታወቀው ቀስ በቀስ እና ገዳይ የሆነ የነርቭ በሽታ ነው።በጣም ተለዋዋጭ የሆኑት ክሊኒካዊ መግለጫዎች የቆዳ ባዮፕሲ እስኪገቡ ድረስ በምርመራው ላይ ትልቅ ችግር ይፈጥራሉ።ይሁን እንጂ ሂስቶፓቶሎጂን መሰረት ያደረጉ ዘዴዎች አሁንም በተሳሳተ ምርመራ እየተሰቃዩ ነው, ይህም ስለ NIID የጄኔቲክ ግንዛቤን ይጠይቃል.
ስኬቶች
የግንኙነት ትንተና
Sሆርት-ማንበብ ተከታታይነት ያለው ሙሉ ጂኖም ቅደም ተከተል (WGS) እና ሙሉ exome sequencing (WES) በአንድ ትልቅ NIID ቤተሰብ (13 የተጎዱ እና 7 ያልተጎዱ አባላት) ተካሂደዋል።ከእነዚህ መረጃዎች በተወጡት SNPs ላይ ያለው የግንኙነት ትንተና ሁለት የተገናኙ ክልሎችን ብቻ አሳይቷል፡ 3.5Mb ክልል በ1p36.31-p36.22 (ከፍተኛ LOD=2.32) እና 58.1 Mb ክልል በ1p22.1-q21.3 (ከፍተኛ LOD፡ 4.21) ).ነገር ግን፣ በእነዚህ ተያያዥ ክልሎች ምንም በሽታ አምጪ SNPs ወይም CNVs አልተለዩም።
GGC ድገም ማስፋፊያዎች በ NOTCH2NLC
Nanopore-based sequencing በ 13 በተጎዱት እና 4 ያልተጎዱ ከ 8 ቤተሰቦች አባላት ላይ ተካሂዷል (ሌላ የተጎዳው አባል በፓሲቢዮ ረጅም ተነባቢ ተከታታይ መድረክ ተዘጋጅቷል።)ለረጅም ጊዜ የተነበበ መረጃ ከጂጂሲ ጋር የተዛመደ በሽታን በ 5′ UTR የ NOTCH2NLC የጂን ካርታ ወደ 58.1Mb የተገናኘ ክልል መድገም አሳይቷል (ምስል 1)።በRP-PCR በተፈተኑት በሁሉም 40 አልፎ አልፎ የ NIID ጉዳዮች ላይ እነዚህ ተደጋጋሚ ማስፋፊያዎች ተለይተዋል።
CበNOTCH2NLC ድገም (100 X-1,795 X) ላይ ከፍተኛ የንባብ ሽፋን ለማግኘት በናኖፖሬ መድረክ ላይ እንደ-9 መካከለኛ የዒላማ ቅደም ተከተል ተቀጥሯል።እነዚህ የጋራ መግባቢያ ቅደም ተከተሎች በጂጂሲ ተደጋጋሚ መስፋፋቶች ላይ ከቀደምት ግኝቶች ጋር በደንብ ተስማምተዋል።ከዚህም በላይ፣ {(GGA)n (GGC) n}n ድግግሞሾች ለድክመት የበላይ የሆነ የፍኖታይፕ ምልክት ሊሆኑ የሚችሉ ጄኔቲክ ምልክቶች ተለይተዋል (ምስል 2)።
ምስል 1. በNOTCH2NLC isoforms exon 1 ላይ ከበሽታ ጋር የተያያዘ ተደጋጋሚ መስፋፋት ተለይቷል።
ምስል 2. የ NPTCH2NLC የጋራ መግባባት ቅደም ተከተሎች በ NIID በሽተኞች (*) ወይም ያለደካማ-ዋና ፊኖታይፕ ይደግማሉ
NOTCH2NL ጂኖች በሰው ልጆች ላይ የተመሰረቱ ጂኖች ናቸው፣ እነሱም በሰው አንጎል ዝግመተ ለውጥ እና በነርቭ በሽታዎች ውስጥ ወሳኝ ሚና እንደሚጫወቱ ይታመናል።ነገር ግን፣ ሶስት NOTCH2 ተዛማጅ ጂኖች (NOTCH2NLA፣ NOTCH2NLB እና NOTCH2NLC)>99.1% ተከታታይ ማንነት ያላቸው እስከ የቅርብ ጊዜ የሰው ልጅ ጂኖም ስብሰባ ድረስ አልተፈቱም።በናኖፖሬ መድረክ ላይ ከውህደት-ነጻ እና ለረጅም ጊዜ የተነበበ ቅደም ተከተል ከፍተኛ ተመሳሳይነት ያላቸውን ክልሎች በመፍታት ረገድ ጉልህ ጥቅሞችን አሳይቷል እና (GGC) n በ100% ጂሲ ባለጸጋ።
GGC ድገም ማስፋፊያዎች በ NOTCH2NLC
Tየራንስክሪፕት ቅደም ተከተል በ2 የተጎዱ እና 2 ያልተጎዱ አባላት ላይ ተካሂዷል።የመደበኛ የንባብ ጥልቀት በNOTCH2NL ፓራሎጎች የመጀመሪያ ኤክስፖኖች ላይ በስሜት እና አንቲሴንስ ክሮች ላይ ይሰላል።ያልተለመዱ የፀረ-ስሜት ግልባጮች የተገኙት በተጎዱ ጉዳዮች ላይ ብቻ ነው ፣ እነሱም በመጀመሪያ ወይም በድጋሚ ማስፋፊያ ክልል ውስጥ ተቀምጠዋል (ሐምራዊ ጫፎች በF1-14 እና F1-16 በስእል 3።)።በተጨማሪም, 54 DEGs ተለይተዋል እና ሁሉም በ GO እና MPO ቃላት ከነርቭ ተግባራት ጋር በተያያዙ የበለፀጉ ናቸው.
ምስል 3. ያልተነኩ (ከላይ) እና በተጎዱ (ከታች) ጉዳዮች ላይ በ NOTCH2NLC የመጀመሪያ exon ወደላይ ላይ መደበኛ የንባብ ጥልቀት።
ቴክኖሎጂ
ኦክስፎርድ ናኖፖሬ ቴክኖሎጂዎች (ONT)
Nየአኖፖር ቅደም ተከተል እራሱን ከሌሎች ተከታታይ መድረኮች ይለያል, ይህም ኑክሊዮታይዶች ያለ ዲኤንኤ ውህደት ሂደት በቀጥታ ይነበባሉ.አንድ ነጠላ ፈትል ዲ ኤን ኤ በናኖ መጠን ያለው የፕሮቲን ቀዳዳ (ናኖፖሬ) ሲያልፍ፣ የተለያዩ ኑክሊዮታይዶች የተለያዩ ionክ ሞገዶችን ያመነጫሉ፣ እነዚህም ተይዘው ወደ መሠረቶች ቅደም ተከተል ሊተላለፉ ይችላሉ።የ ONT ተከታታይ መድረክ ራሱ በዲኤንኤ ንባብ ርዝመት ላይ ግልጽ የሆነ ቴክኒካዊ ገደብ አያሳይም።ስለዚህ, Ultra-long reads (ULRs) ከፍተኛ ጥራት ላለው ጂኖም ስብሰባ ይገኛሉ.ከዚህም በላይ ውስብስብ ቅደም ተከተል ባህሪያትን ወይም መዋቅራዊ ልዩነቶችን ለመሻገር በቂ ርዝመት ያላቸው እነዚህ እጅግ በጣም ረጅም ንባቦች, እዚህ የአጭር-ንባብ ቅደም ተከተል ገደቦችን ለማሸነፍ ይረዳሉ.
የናኖፖር ቅደም ተከተል
የመዋቅር ልዩነት (SV) መለያ
Sከውህደት ነፃ የሆነ ቅደም ተከተል በአብነት ላይ በአብዛኛው ተጠብቆ የሚገኘው የዲኤንኤ ሜቲሌሽን መረጃ።ሜቲላይትድ ኤ፣ ቲ፣ ሲ እና ጂ ከ un-methylated የተለየ አዮኒክ ዥረት ያመነጫሉ፣ ይህም በቀጥታ በመድረክ ሊነበብ ይችላል።የናኖፖር ቅደም ተከተል ሁለቱንም 5mC እና 6mA በነጠላ ኑክሊዮታይድ መፍታት የሙሉ-ጂኖም መገለጫን ያበረታታል።
ማጣቀሻ
ጁን ሶን ፣ ወዘተ.አል.ለረጅም ጊዜ የተነበበ ቅደም ተከተል በ NOTCH2NLC ውስጥ ከኒውሮናል ውስጠ-ኑክሌር ማካተት በሽታ ጋር በተዛመደ የ GGC ተደጋጋሚ መስፋፋትን ይለያል።ተፈጥሮ ጀነቲክስ (2019)
ቴክ እና ዋና ዋና ዜናዎች ዓላማው በቅርብ ጊዜ የተሳካ የተለያዩ የከፍተኛ ደረጃ ቅደም ተከተሎችን ቴክኖሎጂዎችን በተለያዩ የምርምር መድረኮች እንዲሁም በሙከራ ዲዛይን እና በመረጃ ማዕድን ውስጥ ያሉ ድንቅ ሀሳቦችን ማጋራት ነው።
የልጥፍ ጊዜ: ጥር-06-2022