በናኖፖሬ ላይ የተመሰረተ ዳግም ቅደም ተከተል በኮቪድ19 የዘረመል ልዩነቶችን መለየት

አጠቃላይ ጂኖም የሚፈለግ

የ SARS-CoV-2 ጂኖሚክስ ክትትል የ I ኢንተርፌሮን ምላሽን የሚያስተካክል የ Nsp1 ስረዛ ልዩነትን ያሳያል

ባዮማርከር ቴክኖሎጂዎች በዚህ ጥናት ውስጥ በናሙና ቅደም ተከተል ላይ ቴክኒካዊ ድጋፍ ሰጥተዋል.

ድምቀቶች

1.SARS-CoV-2 የጂኖም ቅደም ተከተል እና ፊሎሎጂካል ትንተና 31 SNPs እና 4 Indelsን ጨምሮ 35 ተደጋጋሚ ሚውቴሽን ይለያሉ።

2.ከ117 ክሊኒካዊ ፍኖታይፕስ ጋር ማያያዝ አቅምን ያሳያል
አስፈላጊ ሚውቴሽን.

በ Nsp1 ኮድ ክልል ውስጥ ∆500-532 ከዝቅተኛ ቫይረስ ጋር ይዛመዳል
3.ሎድ እና ሴረም IFN-β.

4.ቫይራል ከ∆500-532 ሚውቴሽን ጋር ዝቅተኛ IFN-I እንዲፈጠር ያደርጋል።
በተበከሉት ሕዋሳት ውስጥ ምላሽ.

የሙከራ ንድፍ

ስኬቶች

1. የኮቪድ-19 ኤፒዲሚዮሎጂያዊ እና ጂኖሚክ ክትትል

ከጥር 22 ቀን 2020 እስከ ፌብሩዋሪ 20 ቀን 2020 በተከሰተው ወረርሽኝ ወቅት በቻይና በሲቹዋን ግዛት ውስጥ ክሊኒካዊ መረጃ ተሰብስቧል። በአጠቃላይ 538 COVID-19 ጉዳዮች በ qPCR በሲቹዋን ተረጋግጠዋል ፣ ከእነዚህ ውስጥ 28.8% የሚሆኑት ከጠቅላይ ግዛት የመጡ ናቸው። ካፒታል.በሲቹዋን የተረጋገጡ ጉዳዮች በከፍተኛ ደረጃ ጨምረዋል፣ ጥር 30 ላይ ከፍተኛ ደረጃ ላይ ደርሷል።እንዲሁም ማህበራዊ መዘበራረቅ የቫይረስ ስርጭትን ለመከላከል ቁልፍ ምክንያት ሊሆን እንደሚችል የተረጋገጠ መረጃ።

ምስል 1. በቻይና በሲቹዋን ግዛት የኮቪድ-19 ኤፒዲሚዮሎጂ ጥናት

2. SARS-CoV-2 ጂኖም ግንባታ እና ተለዋጮችን መለየት

Multix PCR በማጉላት በናኖፖር ቅደም ተከተል ተከትሎ፣ ከ248 ታካሚዎች በድምሩ 310 ቅርብ ወይም ከፊል የተሟሉ ጂኖምዎች ተፈጥረዋል።በ 10 ንባቦች የተሸፈኑ ጂኖም 80% (አማካይ ጥልቀት: 0.39 M በአንድ ናሙና ይነበባል).

ምስል 2. በሲቹዋን ቡድን ውስጥ የእያንዳንዱ ተለዋጮች ድግግሞሽ

በአጠቃላይ 104 SNPs እና 18 Indels ከ SARS-CoV-2 ጂኖም ተለይተዋል፣ በዚህ ውስጥ 31 SNPs እና 4 Indels እንደ ተደጋጋሚ የዘረመል ልዩነቶች ተለይተዋል።ከውሃን 169 ናሙናዎች እና 81,391 ከፍተኛ ጥራት ያላቸውን የፐብሊክ ጂኖም ቅደም ተከተሎች በጂአይኤአይዲ በማነፃፀር፣ 29ኙ በሌሎች አህጉራት ከሚገኙ 35 ልዩነቶች ውስጥ ቀርበዋል።በተለይም፣ ∆500-532፣ ACC18108AT፣ ∆729-737 እና T13243Cን ጨምሮ አራት ተለዋጮች በሲቹዋን እና Wuhan ብቻ የተገኙ እና በጂሳአይዲ መረጃ ላይ ያልተገኙ ሲሆኑ እነዚህ ልዩነቶች ከውሃን ጋር ሊመጡ የሚችሉበት ዕድላቸው ከፍተኛ መሆኑን ያሳያል። የታካሚዎች የጉዞ መዝገቦች.

የዝግመተ ለውጥ ትንተና ከፍተኛ እድል (ML) ዘዴ እና የቤኤዥያን ሞለኪውላር የሰዓት አቀራረቦች በ 88 አዳዲስ ቫይረሶች ከሲቹዋን እና ከሌሎች ክልሎች በመጡ 250 የተቀቡ ጂኖምዎች ላይ ተካሂደዋል።ጂኖም ያላቸው ∆500-532 (በ Nsp1 ኮድ አሰጣጥ ክልል ውስጥ ያሉ ስረዛዎች) በፋይሎጄኔቲክ ዛፍ ውስጥ በትንሹ ተከፋፍለው ተገኝተዋል።በ Nsp1 ልዩነቶች ላይ የሃፕሎታይፕ ትንታኔ 5 ቱን ከብዙ ከተሞች ለይቷል።እነዚህ ውጤቶች ∆500-532 በበርካታ ከተሞች የተከሰተ እና ብዙ ጊዜ ከ Wuhan ሊመጣ እንደሚችል ጠቁመዋል።

ምስል 2. በ SARS-CoV-2 ጂኖም ውስጥ ተደጋጋሚ የዘረመል ልዩነቶች እና የፋይሎጄኔቲክ ትንታኔ

3. ክሊኒካዊ ጠቀሜታ ያላቸው ተደጋጋሚ የጄኔቲክ ልዩነቶች ማህበር

117 ክሊኒካዊ ፍኖታይፕስ ከኮቪድ-19 ከባድነት ጋር ተቆራኝተዋል፣ ከክብደት ጋር የተያያዙ 19 phenotypes ወደ ከባድ እና ከባድ ያልሆኑ ባህሪያት ተመድበዋል።በእነዚህ ባህሪያት እና በ35 ተደጋጋሚ የዘረመል ልዩነቶች መካከል ያለው ግንኙነት በሁለት ክላስተር የሙቀት ካርታ ላይ ተበላሽቷል።የ GSEA-እንደ ደረጃ የማበልጸግ ትንተና እንደሚያሳየው ∆500-532 በደም ውስጥ ካለው የ ESR, የሴረም IFN-β እና CD3+ CD8+ ቲ ሴሎች ጋር አሉታዊ ግንኙነት አለው.በተጨማሪም የqPCR ሙከራዎች እንደሚያሳየው በቫይረሱ የተያዙ ∆500-532 የተያዙ ታካሚዎች ከፍተኛው የሲቲ እሴት ማለትም ዝቅተኛው የቫይረስ ጭነት አላቸው።

ምስል 3. የ 35 ተደጋጋሚ የጄኔቲክ ልዩነቶች ማህበሮች ከክሊኒካዊ ፌኖታይፕስ ጋር

4. የቫይረስ ሚውቴሽን ተያያዥ ክሊኒካዊ ፍኖተ ዓይነቶች ላይ ማረጋገጫ

የ∆500-532 በ Nsp1 ተግባራት ላይ የሚያሳድረውን ተጽእኖ ለመረዳት HEK239T ሴሎች ሙሉ ርዝመትን፣ WT Nsp1ን እና የተለዋዋጭ ቅርጾችን ከስረዛ ጋር በሚገልጹ ፕላዝማይድ ተላልፈዋል።የእያንዳንዱ የታከሙ HEK239T ህዋሶች የትራንስክሪፕት መገለጫዎች ለ PCA ትንተና ተካሂደዋል፣ ይህም ስረዛ ሚውታንቶች በአንፃራዊነት የተጠጋጉ እና ከWT Nsp1 በእጅጉ የተለዩ መሆናቸውን ያሳያል።በ ሚውቴሽን ውስጥ በከፍተኛ ሁኔታ የተስተካከሉ ጂኖች በዋናነት በ "ፔፕታይድ ባዮሳይንቴቲክ/ሜታቦሊክ ሂደት" ፣ "ሪቦኑክሊዮፕሮቲይን ውስብስብ ባዮጄኔዝስ" ፣ "ፕሮቲን ወደ ሽፋን / ER" ወዘተ የበለፀጉ ናቸው።

ምስል 4. በ HEK239T ሕዋሳት ላይ በWT Nsp1 የተሸጋገሩ እና ስረዛዎች ላይ የትራንስክሪፕት ትንታኔ

በ IFN-1 ምላሽ ላይ የስረዛዎች ተጽእኖዎች ከመጠን በላይ በተጋለጠ ጥናት ውስጥ ተፈትነዋል.ሁሉም የተፈተኑ ስረዛዎች የ IFN-1 ምላሽ በተተላለፉ HEK239T እና A549 ሕዋሳት በሁለቱም የትራንስክሪፕት ደረጃ እና የፕሮቲን ደረጃ ለመቀነስ ታይተዋል።የሚገርመው ነገር፣ በስረዛው ውስጥ በከፍተኛ ደረጃ የተቀነሱት ጂኖች “ለቫይረስ መከላከያ ምላሽ”፣ “የቫይረስ ጂኖም ማባዛት”፣ “በአር ኤን ኤ ፖሊመሬሴ II የጽሁፍ ግልባጭ ደንብ” እና “ለአይ ኢንተርፌሮን ዓይነት ምላሽ” የበለፀጉ ናቸው።

ምስል 5. በ∆500-532 ሚውቴሽን ውስጥ የኢንተርፌሮን ምልክት ማድረጊያ መንገዶችን ዝቅ ማድረግ

በዚህ ጥናት ውስጥ, እነዚህ ስረዛዎች በቫይረስ ላይ የሚያሳድሩት ተጽእኖ በቫይረስ ኢንፌክሽን ጥናቶች የበለጠ ተረጋግጧል.የተወሰኑ ሚውቴሽን ያላቸው ቫይረሶች ከክሊኒካዊ ናሙናዎች ተነጥለው ወደ Calu-3 ሕዋሳት ተበክለዋል።በቫይረስ ኢንፌክሽን ጥናት ላይ ዝርዝር ውጤቶች በወረቀቱ ውስጥ ሊነበቡ ይችላሉ.
ዶይ፡10.1016 / j.chom.2021.01.015