ታካጊ እና ሌሎች.የእፅዋት መጽሔት, 2013
● በኑክሊዮታይድ እና በአሚኖ አሲድ ደረጃ ላይ ባሉ ልዩነቶች ላይ በመመስረት የዝርያ ልዩነት ጊዜ እና ፍጥነት መገመት
● የተቀናጀ የዝግመተ ለውጥ ተጽዕኖ እና ትይዩ የዝግመተ ለውጥ ተጽዕኖ ባላቸው ዝርያዎች መካከል ይበልጥ አስተማማኝ የሆነ የፊሎጄኔቲክ ግንኙነትን ያሳያል።
● ከባህሪ ጋር የተያያዙ ጂኖችን ለመለየት በዘረመል ለውጦች እና በፍኖታይፕስ መካከል ግንኙነቶችን መፍጠር
● የዝርያዎችን የዝግመተ ለውጥ አቅም የሚያንፀባርቅ የዘረመል ልዩነት መገመት
● ፈጣን የማዞሪያ ጊዜ
● ሰፊ ልምድ፡ BMK ከ12 ዓመታት በላይ በሕዝብ ብዛት እና በዝግመተ ለውጥ ተዛማጅ ፕሮጀክቶች ላይ ከፍተኛ ልምድ ያከማቻል፣ በመቶዎች የሚቆጠሩ ዝርያዎችን ወዘተ የሚሸፍን እና በኔቸር ኮሙኒኬሽንስ፣ ሞለኪውላር ተክሎች፣ ፕላንት ባዮቴክኖሎጂ ጆርናል ወዘተ ላይ በታተሙ ከ80 በላይ ከፍተኛ ፕሮጄክቶችን አበርክቷል።
ቁሶች፡-
በመደበኛነት፣ ቢያንስ ሦስት ንዑስ-ሕዝብ (ለምሳሌ ንዑስ ዝርያዎች ወይም ዝርያዎች) ይመከራል።እያንዳንዱ ንዑስ-ህዝብ ከ 10 ያላነሱ ግለሰቦችን መያዝ አለበት (ተክሎች 15, ብርቅዬ ዝርያዎች ሊቀንስ ይችላል).
የቅደም ተከተል ስልት፡
* WGS ከፍተኛ ጥራት ያለው የማጣቀሻ ጂኖም ላላቸው ዝርያዎች ሊሰራ ይችላል፣ SLAF-Seq ደግሞ ከማጣቀሻ ጂኖም ወይም ከሌላቸው ዝርያዎች ወይም ጥራት የሌለው ጂኖም ጋር ተፈጻሚ ይሆናል።
ለጂኖም መጠን ተፈጻሚ ይሆናል። | WGS | SLAF-መለያዎች (×10,000) |
≤ 500 ሜባ | 10×/ግለሰብ | WGS የበለጠ ይመከራል |
500 ሜባ - 1 ጊባ | 10 | |
1 ጊባ - 2 ጊባ | 20 | |
≥2 ጊባ | 30 |
● የዝግመተ ለውጥ ትንተና
● የተመረጠ መጥረግ
● የጂን ፍሰት
● የስነሕዝብ ታሪክ
● የመለያየት ጊዜ
ዝርያዎች | ቲሹ | WGS-NGS | SLAF |
እንስሳ
| Visceral ቲሹ |
0.5-1 ግ
|
0.5 ግ
|
የጡንቻ ሕዋስ | |||
የአጥቢ እንስሳት ደም | 1.5 ሚሊ
| 1.5 ሚሊ
| |
የዶሮ እርባታ / የዓሳ ደም | |||
ተክል
| ትኩስ ቅጠል | 1 ~ 2 ግ | 0.5-1 ግ |
ፔታል/ግንድ | |||
ሥር/ ዘር | |||
ሕዋሳት | የዳበረ ሕዋስ |
ጂዲኤንኤ | ትኩረት መስጠት | መጠን (አግ) | OD260/OD280 |
SLAF | ≥35 | ≥1.6 | 1.6-2.5 |
WGS-NGS | ≥1 | ≥0.1 | - |
*እዚህ የሚታዩት የማሳያ ውጤቶች ሁሉም በ BMKGENE የታተሙ ጂኖም ናቸው።
1.የዝግመተ ለውጥ ትንተና በጄኔቲክ ልዩነቶች ላይ የተመሰረተ የፋይሎጄኔቲክ ዛፍ, የህዝብ አወቃቀር እና PCA ግንባታ ይዟል.
የፋይሎኔቲክ ዛፍ የጋራ ቅድመ አያት ባላቸው ዝርያዎች መካከል የታክስኖሚክ እና የዝግመተ ለውጥ ግንኙነቶችን ይወክላል።
PCA ዓላማው በንዑስ ሕዝብ መካከል ያለውን ቅርበት ለማየት ነው።
የህዝብ አወቃቀር በጄኔቲክ የተለየ ንዑስ-ሕዝብ በ allele frequencies ውስጥ መኖሩን ያሳያል።
ቼን ፣ ወዘተ.አል.ፒኤንኤኤስ, 2020
2.የተመረጠ መጥረግ
የተመረጠ መጥረግ የሚያመለክተው ጠቃሚ ቦታ የሚመረጥበት እና የተገናኙት ገለልተኛ ጣቢያዎች ድግግሞሾች የሚጨመሩበት እና ያልተገናኙ ድረ-ገጾች የሚቀንሱበት ሂደት ሲሆን ይህም ክልላዊ መቀነስን ያስከትላል።
በተመረጡ ጠረጋ ክልሎች ላይ ጂኖም-ሰፊ ማወቂያ የሚከናወነው በተወሰነ ደረጃ (10 ኪባ) ውስጥ የሁሉንም SNPs የህዝብ ጀነቲካዊ መረጃ ጠቋሚ (π, Fst, Tajima's D) በማስላት ነው.
የኑክሊዮታይድ ልዩነት (π)
የታጂማ ዲ
የመጠገን መረጃ ጠቋሚ (ኤፍኤስ)
Wu፣ et.አል.ሞለኪውላዊ ተክል, 2018
3.የጂን ፍሰት
Wu፣ et.አል.ሞለኪውላዊ ተክል, 2018
4. የስነሕዝብ ታሪክ
ዣንግ፣ ወዘተ.አል.ተፈጥሮ ኢኮሎጂ እና ዝግመተ ለውጥ, 2021
5.Divergence ጊዜ
ዣንግ፣ ወዘተ.አል.ተፈጥሮ ኢኮሎጂ እና ዝግመተ ለውጥ, 2021
BMK መያዣ
የጂኖሚክ ልዩነት ካርታ ስለ ስፕሪንግ ቻይንኛ ጎመን (Brassica rapa spp. Pekinensis) ምርጫ የጄኔቲክ መሠረት ግንዛቤዎችን ይሰጣል ።
የታተመ ሞለኪውላዊ ተክል, 2018
የቅደም ተከተል ስልት፡
ተከታይ፡-የቅደም ተከተል ጥልቀት፡10×
ቁልፍ ውጤቶች
በዚህ ጥናት 194 የቻይንኛ ጎመን በአማካይ 10× ጥልቀት እንዲሰራ ተደርጎ የተሰራ ሲሆን ይህም 1,208,499 SNPs እና 416,070 Indels አስገኝቷል።በነዚህ 194 መስመሮች ላይ የፋይሎጀኔቲክ ትንታኔ እንደሚያሳየው እነዚህ መስመሮች በሶስት ኢኮታይፕ ማለትም በፀደይ፣ በጋ እና በመጸው ሊከፈሉ ይችላሉ።በተጨማሪም ፣የሕዝብ አወቃቀር እና PCA ትንታኔ እንደሚያመለክተው የፀደይ የቻይና ጎመን በሻንዶንግ ፣ ቻይና ከበልግ ጎመን የተገኘ ነው።እነዚህ በኋላ ኮሪያ እና ጃፓን ጋር ተዋወቀ, በአካባቢው መስመሮች ጋር ተሻገሩ እና አንዳንድ ዘግይቶ-bolting ዝርያዎች ቻይና ተመልሰው አስተዋወቀ እና በመጨረሻም ጸደይ የቻይና ጎመን ሆነዋል.
በፀደይ የቻይና ጎመን እና በመኸር ጎመን ላይ የተደረገ የጂኖም ሰፊ ቅኝት 23 ጂኖሚክ ሎሲዎች በጠንካራ ምርጫ ውስጥ ያለፉ ሲሆን ከእነዚህ ውስጥ ሁለቱ በ QTL-ካርታ ላይ የተመሰረተ የቦልቲንግ ጊዜ መቆጣጠሪያ ክልል ጋር ተደራራቢ ናቸው።እነዚህ ሁለት ክልሎች አበባን የሚቆጣጠሩ ቁልፍ ጂኖች BrVIN3.1 እና BrFLC1 እንደያዙ ተገኝተዋል።እነዚህ ሁለቱ ጂኖች በትራንስክሪፕት ጥናት እና በትራንስጀኒክ ሙከራዎች ተጨማሪ ጊዜን በማጥፋት ላይ እንደሚሳተፉ ተረጋግጧል።
በቻይና ጎመን ላይ የህዝብ አወቃቀር ትንተና | በቻይንኛ ጎመን ምርጫ ላይ የዘረመል መረጃ |
ቶንቢንግ እና ሌሎች."የጂኖሚክ ልዩነት ካርታ ስለ ስፕሪንግ ቻይንኛ ጎመን (Brassica rapa ssp.pekinensis) ምርጫ የጄኔቲክ መሰረት ግንዛቤን ይሰጣል።"ሞለኪውላዊ ተክሎች,11 (2018): 1360-1376.