ባለሙሉ ርዝመት mRNA ቅደም ተከተል -PacBio
የአገልግሎት ጥቅሞች
● ሙሉ ርዝመት ያለው የሲዲኤንኤ ሞለኪውል ከ 3'- መጨረሻ እስከ 5'- መጨረሻ በቀጥታ ተነበበ
● የኢሶ-ቅጽ ደረጃ መፍታት በቅደም ተከተል መዋቅር
● ከፍተኛ ትክክለኛነት እና ታማኝነት ያላቸው ግልባጮች
● ከቫዮርስ ዝርያዎች ጋር በጣም የሚስማማ
● ትልቅ የቅደም ተከተል አቅም በ 4 PacBio Sequel II ተከታታይ መድረኮች የታጠቁ
● ከ700 በላይ በፓሲቢዮ ላይ የተመሰረተ አር ኤን ኤ ተከታታይ ፕሮጄክቶች ያለው ከፍተኛ ልምድ ያለው
● በ BMKCloud ላይ የተመሰረተ የውጤት አቅርቦት፡ ብጁ የውሂብ ማዕድን በመድረክ ላይ ይገኛል።
● ከሽያጭ በኋላ የሚሰጡ አገልግሎቶች ፕሮጀክቱ ሲጠናቀቅ ለ 3 ወራት ያገለግላል
የአገልግሎት ዝርዝሮች
መድረክ: PacBio ተከታይ II
ተከታታይ ቤተ-መጽሐፍት፡- ፖሊ ኤ- የበለፀገ mRNA ቤተ-መጽሐፍት።
የሚመከር የውሂብ ምርት፡ 20 ጊባ/ናሙና (እንደ ዝርያው ይወሰናል)
FLNC (%): ≥75%
*ኤፍኤልኤንሲ፡ ሙሉ-ርዝመት ቺሜሪክ ያልሆኑ ትራንዚፕቶች
ባዮኢንፎርማቲክስ ትንታኔዎች
● ጥሬ መረጃን ማቀናበር
● ግልባጭ መለያ
● ቅደም ተከተል መዋቅር
● የአገላለጽ መጠን
● የተግባር ማብራሪያ
ናሙና መስፈርቶች እና ማድረስ
የናሙና መስፈርቶች፡
ኑክሊዮታይዶች;
| ኮንክ.(ng/μl) | መጠን (μg) | ንጽህና | ታማኝነት |
| ≥ 120 | ≥ 0.6 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 የተወሰነ ወይም ምንም የፕሮቲን ወይም የዲኤንኤ ብክለት በጄል ላይ አይታይም። | ለእጽዋት፡ RIN≥7.5; ለእንስሳት፡ RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; የተገደበ ወይም የመነሻ ከፍታ የለውም |
ቲሹ፡ ክብደት(ደረቅ)≥1 ግ
*ከ 5 ሚ.ግ በታች ለሆኑ ቲሹዎች ፍላሽ የቀዘቀዘ (ፈሳሽ ናይትሮጅን ውስጥ) ቲሹ ናሙና ለመላክ እንመክራለን።
የሕዋስ እገዳ;የሕዋስ ብዛት = 3×106- 1×107
* የቀዘቀዙ የሴል ሊዛትን ለመላክ እንመክራለን።ያ ሕዋስ ከ5×10 ያነሰ ቢቆጠር5, በፈሳሽ ናይትሮጅን ውስጥ የቀዘቀዘ ብልጭታ ይመከራል, ይህም ለማይክሮ ማውጣት ይመረጣል.
የደም ናሙናዎች;መጠን≥1 ሚሊ
ረቂቅ ተሕዋስያን;ቅዳሴ ≥ 1 ግ
የሚመከር ናሙና ማድረስ
መያዣ፡
2 ሚሊር ሴንትሪፉጅ ቱቦ (ቲን ፎይል አይመከርም)
የናሙና መሰየሚያ፡ ቡድን+ ማባዛት ለምሳሌ A1፣ A2፣ A3;B1፣ B2፣ B3......
መላኪያ፡
1. ደረቅ በረዶ፡- ናሙናዎች በከረጢቶች ውስጥ ተጭነው በደረቅ በረዶ ውስጥ መቀበር አለባቸው።
2. RNAstable tubes፡ የአር ኤን ኤ ናሙናዎች በአር ኤን ኤ ማረጋጊያ ቱቦ (ለምሳሌ RNAstable®) ውስጥ ይደርቃሉ እና በክፍል ሙቀት ውስጥ ይላካሉ።
የአገልግሎት ሥራ ፍሰት
የሙከራ ንድፍ
ናሙና መላኪያ
አር ኤን ኤ ማውጣት
የቤተ መፃህፍት ግንባታ
ቅደም ተከተል
የውሂብ ትንተና
ከሽያጭ በኋላ አገልግሎቶች
1.FLNC ርዝመት ስርጭት
የሙሉ ርዝመት ቺሜሪክ ያልሆነ ንባብ(ኤፍኤልኤንሲ) በቤተ መፃህፍት ግንባታ ውስጥ ያለውን የሲዲኤን ርዝመት ያሳያል።የFLNC ርዝመት ስርጭት የቤተ መፃህፍት ግንባታ ጥራትን ለመገምገም ወሳኝ አመላካች ነው።
FLNC የንባብ ርዝመት ስርጭት
2.Complete ORF ክልል ርዝመት ስርጭት
በሁሉም ናሙናዎች ውስጥ ሙሉ በሙሉ የማይደጋገም የጽሑፍ መረጃ የያዘውን ዩኒጂን ስብስቦችን ለመፍጠር የፕሮቲን ኮድ መስጫ ክልሎችን እና ተዛማጅ የአሚኖ አሲድ ቅደም ተከተሎችን ለመተንበይ TransDecoder እንጠቀማለን።
የተሟላ የ ORF ክልል ርዝመት ስርጭት
3.KEGG የመንገድ ማበልጸጊያ ትንተና
በNGS ላይ የተመሰረተ የአር ኤን ኤ ቅደም ተከተል መረጃ በPacBio ተከታታይ ውሂብ በተፈጠሩ የሙሉ ርዝመት ግልባጭ ስብስቦች ላይ በማስተካከል በልዩ ሁኔታ የተገለጡ ግልባጮች(DETs) ሊታወቁ ይችላሉ።እነዚህ ዲኢቲዎች ለተለያዩ የተግባር ትንተናዎች ለምሳሌ KEGG የመንገድ ማበልጸጊያ ትንተና የበለጠ ሊሰሩ ይችላሉ።
DET KEGG መንገድ ማበልጸጊያ -ነጥብ ሴራ
BMK መያዣ
የፖፑሉስ ግንድ ትራንስክሪፕት የእድገት ተለዋዋጭነት
የታተመ የእፅዋት ባዮቴክኖሎጂ ጆርናል, 2019
የቅደም ተከተል ስልት፡
የናሙና ስብስብ፡-ግንድ ክልሎች፡ አፕክስ፣ የመጀመሪያ ኢንተርኖድ(IN1)፣ ሁለተኛ ኢንተርኖድ(IN2)፣ ሶስተኛ ኢንተርኖድ(IN3)፣ ኢንተርኖድ(IN4) እና ኢንተርኖድ(IN5) ከናንሊን895
NGS - ቅደም ተከተልየ15 ግለሰቦች አር ኤን ኤ እንደ አንድ ባዮሎጂካል ናሙና ተሰብስቧል።ለእያንዳንዱ ነጥብ ሶስት ባዮሎጂያዊ ቅጂዎች ለኤንጂኤስ ቅደም ተከተል ተካሂደዋል።
TGS - ቅደም ተከተልየስቴም ክልሎች በሦስት ክልሎች ማለትም apex፣ IN1-IN3 እና IN4-IN5 ተከፍለዋል።እያንዳንዱ ክልል ለPacBio ቅደም ተከተል በአራት ዓይነት ቤተ-መጻሕፍት ተካሄዷል፡ 0-1 ኪባ፣ 1-2 ኪባ፣ 2-3 ኪባ እና 3-10 ኪ.ቢ.
ቁልፍ ውጤቶች
1.በአጠቃላይ 87150 ሙሉ ርዝመት ያላቸው ቅጂዎች ተለይተዋል፣በዚህም 2081 novel isoforms እና 62058 novel alternative spliced isoforms ተለይተዋል።
2.1187 lncRNA እና 356 ውህድ ጂኖች ተለይተዋል።
3.ከመጀመሪያ ደረጃ እድገት ወደ ሁለተኛ ደረጃ እድገት, 15838 በተለየ ሁኔታ ከ 995 በተለየ መልኩ የተገለጹ ጂኖች ተለይተዋል.በሁሉም DEGs፣ 1216 የጽሑፍ ግልባጭ ምክንያቶች ነበሩ፣ አብዛኛዎቹ እስካሁን ሪፖርት አልተደረጉም።
የ 4.GO ማበልፀጊያ ትንተና በአንደኛ ደረጃ እና በሁለተኛ ደረጃ እድገት ውስጥ የሕዋስ ክፍፍል እና የኦክሳይድ-መቀነሻ ሂደት አስፈላጊነት አሳይቷል ።
ተለዋጭ የስፕሊንግ ክስተቶች እና የተለያዩ ኢሶፎርሞች
የWGCNA ትንተና በግልባጭ ሁኔታዎች ላይ
ማጣቀሻ
Chao Q፣ Gao ZF፣ Zhang D፣ እና ሌሎችም።የፖፑሉስ ግንድ ትራንስክሪፕት የእድገት ተለዋዋጭነት።ተክል ባዮቴክኖል ጄ. 2019; 17 (1): 206-219.doi: 10.1111 / pbi.12958
