Verminderde verteenwoordiging Bisulfiet-volgordebepaling (RRBS)
Diensspesifikasies
Platform: NovaSeq-platform, PE150
Biblioteektipe: 200-400bp-insetsel-bisulfiet-behandelde DNA-biblioteek
Opeenvolgingstrategie: Gepaarde-einde 150 bp
Beveel data-uitvoer aan: 10 Gb rou data/monster
Voorbeeldvereistes
DNS-hoeveelheid: ≥ 2ug
DNA-konsentrasie:≥ 20ng/μl.
Suiwerheid: OD260/280 = 1.8 tot 2.0 sonder afbraak of RNA-kontaminasie
Bioinformatika-analise
Dienswerkvloei
Voorbeeld aflewering
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
a.Verwysing van genoombelyningstatistieke
Statistiek van kartering lees
Sstatistieke van volgordebepaling diepte en dekking van C-terrein
Aopgehoopte dekking
Dvertering doeltreffendheid van elke monster
b.Metieleringsplekopsporing
Lys van metileringsvlakke by C-plek
BS omskakeling
Mgeëtileerde sitosien
Metileringsvlakverspreiding
c.Metileringskaart
Genome-wyd
Genome element
d.Vergelyking van metileringsvlakke tussen monsters
Plugsgewys Korrelasie van CG-metilering
PCA-CG metilering
Cglans van CG-metilering
d.Differensiële metileringsanalise
Sstatistieke van DMR
DMR lengte verspreiding
Heet kaart
DMR verspreiding in geteikende streek
