Produkte

Prokariotiese RNA-volgordebepaling

Prokariotiese RNA-volgordebepaling gebruik volgende generasie volgordebepaling (NGS) om die teenwoordigheid en hoeveelheid RNA op 'n gegewe oomblik te openbaar deur die veranderende sellulêre transkriptoom te ontleed.Ons maatskappy se prokariotiese RNA-volgordebepaling is spesifiek gemik op prokariote met verwysingsgenome, wat jou voorsien van transkripsieprofiele, geenstruktuuranalise, ens. Dit is wyd toegepas op basiese wetenskaplike navorsing, geneesmiddelnavorsing en -ontwikkeling, en meer.

Platform: Illumina NovaSeq-platform

Kontak Ons

Diensbesonderhede

Diensspesifikasies

Platform: Illumina NovaSeq-platform, PE150

Biblioteektipe: 350bp-inset cDNA-biblioteek (hang af van piekverspreiding)

Opeenvolgingstrategie: Gepaarde-einde 150 bp

Beveel datahoeveelheid aan: 2 Gb rou data/monster

Bioinformatika

(1) Opeenvolging van data kwaliteit beheer: Nukleotied verspreiding, Basis kwaliteit verspreiding, rRNA verhouding assessering;

(2) Volgordebelyningsanalise: Belyningsresultaatstatistieke, Versadiging van volgordebepaling, Dekking van volgordebepaling;

(3) Verwysingsgenoomannotasie (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Uitdrukking analise: Uitdrukking verspreiding (Met twee of meer monsters), Ontleding van uitdrukking tussen monsters (Venn analise, Korrelasie analise, PCA analise);

(5) Differensiële uitdrukkingsanalise (Met twee of meer monsters);

(6) Genestel-analise: Venn-analise, Cluster-analise, Funksie-annotasie-analise (COG, GO, KEGG), Funksieverrykingsanalise (GO, KEGG), Funksieverrykingakkoordgrafiek, Ipath-analise;

(7) sRNA analise: sRNA voorspelling, sRNA annotasie (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), sRNA sekondêre struktuur voorspelling, sRNA teiken geen voorspelling;

(8) Transkripsiestruktuuranalise: Operonanalise, Transkripsiebegin- en eindpuntevoorspelling, UTR-aantekening en -analise, Promotorvolgordevoorspelling, SNP/InDel-analise (SNP/InDel-aantekening, SNP/InDel-streekverspreiding, SNP-statistieke).