-
Chromatien-immunopresipitasie-volgordebepaling (ChIP-seq)
ChIP-Seq verskaf genoomwye profilering van DNA-teikens vir histoonmodifikasie, transkripsiefaktore en ander DNA-geassosieerde proteïene.Dit kombineer die selektiwiteit van chromatien-immuno-presipitasie (ChIP) om spesifieke proteïen-DNS-komplekse te herwin, met die krag van volgende-generasie-volgordebepaling (NGS) vir hoë-deurset-volgordebepaling van die herwonne DNA.Daarbenewens, omdat die proteïen-DNS-komplekse van lewende selle herwin word, kan bindingsplekke in verskillende seltipes en weefsels vergelyk word, of onder verskillende toestande.Toepassings wissel van transkripsieregulering tot ontwikkelingsweë tot siektemeganismes en verder.
Platform: Illumina NovaSeq-platform
-
Heelgenoom bisulfietvolgordebepaling
DNA-metilering by die vyfde posisie in sitosien (5-mC) het 'n fundamentele invloed op geenuitdrukking en sellulêre aktiwiteit.Abnormale metileringspatrone is geassosieer met verskeie toestande en siektes, soos kanker.WGBS het die goue standaard geword vir die bestudering van genoomwye metilering by enkelbasisresolusie.
Platform: Illumina NovaSeq-platform
-
Toetsing vir transposase-toeganklike chromatien met hoë deursetvolgordebepaling (ATAC-volgorde)
ATAC-seq is 'n hoë-deurset-volgordebepalingsmetode vir ontleding van genoomwye chromatientoeganklikheid, wat belangrik is vir globale epigenetiese beheer van geenuitdrukking.Volgordebepalingsadapters word deur hiperaktiewe Tn5-transposase in oop chromatienstreke ingevoeg.Na PCR-amplifikasie word 'n volgordebepalingsbiblioteek saamgestel.Al die oop chromatienstreke kan verkry word onder 'n spesifieke ruimte-tyd toestand, nie net beperk tot die bindingsplekke van 'n transkripsiefaktor, of 'n sekere histoon-gemodifiseerde gebied nie.
-
Verminderde verteenwoordiging Bisulfiet-volgordebepaling (RRBS)
DNA-metileringsnavorsing was nog altyd 'n warm onderwerp in siektenavorsing, en is nou verwant aan geenuitdrukking en fenotipiese eienskappe.RRBS is 'n akkurate, doeltreffende en ekonomiese metode vir DNA-metileringsnavorsing.Verryking van promotor- en CpG-eilandstreke deur ensiematiese splitsing (Msp I), gekombineer met Bisulfiet-volgordebepaling, verskaf hoë-resolusie DNA-metileringsopsporing.
Platform: Illumina NovaSeq-platform
