Plant-/dier-heelgenoomvolgordebepaling
1.Diensvoordele
Uitgebreide ondervinding in genoomvolgordebepaling vir meer as 1000 spesies.
Meer as 800 gepubliseerde gevalle met 'n akkumulatiewe impakfaktor van meer as 4000.
Omvattende bioinformatika-analise oor variasie-oproepe en funksie-analise.
2. Diensspesifikasies
| Platform | Biblioteek | Aanbevole volgdiepte | |
| Illumina | PE 150 | Vir SNP, InDel-oproepe ≥ 10x Vir SV, CNY-oproepe ≥ 30x
| |
| Nanopore
| 8 kb | Vir SV, CNY-oproepe ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kb | Vir SNP-, InDel-, SV-, CNY-oproepe ≥ 10x |
3. Voorbeeldvereistes
| Platform | Conc.(ng/μL)
| Bedrag (ng)
| Reinheid
| Agarose gel
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Duidelike hoofband met geen of beperkdegradasie waargeneem op gel. 2. Geen of beperkte RNA of proteïen kontaminasie
| ||||
| Illumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanopore
| ≥30 | Hang af van data-opbrengs 10 μg/sel | 1,7-2,2 | ≥1,5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1,7-2,2 | 1,8-2,5 | ||
4. Bioinligting Analise
5. Dienswerkvloei
Voorbeeld aflewering
DNA onttrekking
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Data aflewering
1) Statistiek van genoomkartering
Tabel 1 Statistiek van kartering resultaat
Figuur 1 Verspreiding van insetselgrootte en lees dekking.
2) Variasieopsporing
Figuur 2 Statistiek en annotasie van SNP/INDEL/SV onder Monsters
Figuur 3 Genoomwye verspreiding van vatiasies
3) Funksionele annotasie van variasies
| 2019 | Natuur kommunikasie | Heel-genoom hervolgorde onthul Brassica napus oorsprong en genetiese lokusse betrokke by die verbetering daarvan |
| 2020 | PNAS | Die evolusionêre oorsprong en mak geskiedenis van goudvis (Carassius auratus) |
| 2021 | Plant Biotegnologie Tydskrif | Verwysingsgenome van die twee gekweekte jutespesies |
| 2021 | Plant Biotegnologie Tydskrif | Genomiese handtekeninge van groente- en oliesade allopolyploïede Brassicajuncea en genetiese lokusse wat die ophoping van glukosinolate beheer |
| 2019 | Molekulêre Plant | Heel-genoom hervolgorde van 'n wêreldwye versameling raapsaad-toetredings onthul die genetiese basis van hul ekotipe divergensie |
| 2022 | Tuinbounavorsing | Genoomwye assosiasie-analise verskaf molekulêre insigte in die natuurlike variasie van waatlemoensaadgrootte |
| 2021 | Tydskrif vir Eksperimentele Plantkunde | Genoomwye assosiasiestudie identifiseer variante van GhSAD1 wat koue verdraagsaamheid in katoen verleen |
| 2021 | Tydskrif vir Eksperimentele Plantkunde | Genoomwye assosiasiestudie en transkriptoomvergelyking onthul nuwe QTL en kandidaatgene wat blomblaargrootte in raapsaad beheer |
