GENOME EVOLUSIE, PANGENOME
Wat is Pan-genoom?
Opgehoopte bewyse toon dat variansie tussen verskillende stamme van 'n spesie groot kan wees.Een enkele genoom is ver van genoeg om die geheelbeeld van genetiese inligting van 'n enkele spesie te kry.Die doel van Pan-genoom studie is om 'n meer omvattende genomiese grafiek van 'n spesie te verkry en die verwantskappe tussen eienskappe en genetiese kodes te dekodeer deur genoom de novo samestelling van talle stamme uit te voer, wat 'n dieper en breër ontginning van die variasies moontlik maak.
Tendense van Pan-genoomstudie
Figuur 1 Die neigings van gepubliseerde navorsingsartikels van Pan-genome.
Let wel: Die figuur toon die resultaat van die neem van "pan-genoom" as die sleutelwoord om die titels van artikels wat in Nature, Cell en Science-reeksjoernale gepubliseer is, te soek
a.Lesings van veelvuldige monsters word in lyn gebring met 'n verwysing en nie-belynde monsters word in nuwe kontiges saamgestel.Deur hierdie nuwe kontigs by die oorspronklike verwysingsvolgorde te voeg, kan 'n pangenoomverwysing gekonstrueer word.Dispenseerbare streke word bepaal op grond van die kartering van alle leeswerk na die pangenoom.
b.De novo samestelling van die genome van veelvuldige toetredings laat heelgenoom-belyningsbenaderings toe om weggooibare genomiese streke te identifiseer.
c.'n Pan-genoom-grafiek kan saamgestel word uit heelgenoom-belynings of deur de novo-grafieksamestelling, wat variantinligting van dispenseerbare streke doeltreffend stoor as unieke paaie deur die grafiek.
Hoe om 'n Pan-genoom te bou?
Figuur 2 Vergelyking van pan-genoombenaderings1
a.Lesings van veelvuldige monsters word in lyn gebring met 'n verwysing en nie-belynde monsters word in nuwe kontiges saamgestel.Deur hierdie nuwe kontigs by die oorspronklike verwysingsvolgorde te voeg, kan 'n pangenoomverwysing gekonstrueer word.Dispenseerbare streke word bepaal op grond van die kartering van alle leeswerk na die pangenoom.
b.De novo samestelling van die genome van veelvuldige toetredings laat heelgenoom-belyningsbenaderings toe om weggooibare genomiese streke te identifiseer.
c.'n Pan-genoom-grafiek kan saamgestel word uit heelgenoom-belynings of deur de novo-grafieksamestelling, wat variantinligting van dispenseerbare streke doeltreffend stoor as unieke paaie deur die grafiek.
Onlangs gepubliseerde Pan-genome
● Pan-genome verkrag2
● Tamatie pan-genome 3
● Ryspan-genoom4
● Sonneblom Pan-genoom5
● Sojaboon Pan-genoom 6
● Rys Pan-genoom7
● Gars Pan-genoom8
● Koring Pan-genoom9
● Sorghum Pan-genoom10
● Fitoplankton Pan-genoom11
Verwysing
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Plant pan-genome is die nuwe verwysing.Nat Plante.2020;6(8):914-920.doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. Song JM, Guan Z, Hu J, et al.Agt hoë-gehalte genome openbaar pan-genoom argitektuur en ekotipe differensiasie van Brassica napus.Nat Plante.2020;6(1):34-45.doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al.Die tamatie pan-genoom ontbloot nuwe gene en 'n seldsame alleel wat vrugtegeur reguleer.Nat Genet.2019;51(6):1044-1051.doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al.Pan-genoom-analise beklemtoon die omvang van genomiese variasie in gekweekte en wilde rys [gepubliseerde regstelling verskyn in Nat Genet.2018 Aug;50(8):1196].Nat Genet.2018;50(2):278-284.doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al.Sonneblom pan-genoom analise toon dat hibridisasie geen inhoud en siekte weerstand verander het.Nat Plante.2019;5(1):54-62.doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al.Pan-genoom van wilde en gekweekte sojabone.Sel.2020;182(1):162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al.Pan-genoom-analise van 33 geneties diverse rystoetredings onthul verborge genomiese variasies [aanlyn gepubliseer voor druk, 2021 25 Mei].Sel.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al.Die gars pan-genoom openbaar die verborge nalatenskap van mutasie teling.Aard.2020;588(7837):284-289.doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al.Veelvuldige koringgenome openbaar wêreldwye variasie in moderne teling.Aard.2020;588(7837):277-283.doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al.Uitgebreide variasie binne die pan-genoom van gekweekte en wilde sorghum [aanlyn gepubliseer voor druk, 2021 20 Mei].Nat Plante.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, et al.Fitoplanktonpangenoom openbaar uitgebreide prokariotiese horisontale geenoordrag van diverse funksies.Wetenskap Adv.2020;6(18):eaba0111.Gepubliseer 2020 29 Apr. doi:10.1126/sciadv.aba0111
Postyd: Jan-04-2022