Nanopore-gebaseerde vollengte transkriptoomvolgordebepaling
Nanopore-volgordebepaling onderskei hom van ander volgordebepalingsplatforms, deurdat die nukleotiede direk gelees word sonder DNS-sintese en genereer lang lesings by tientalle kilobasisse.Dit bemagtig direkte uitlees van vollengte transkripsies en die aanpak van die uitdagings in transkriptomiese studies.
√ Lae volgorde-spesifieke vooroordeel
√ Vollengte-uitlees van cDNA vir geenstruktuurstudies
√ Minder data benodig om dieselfde aantal transkripsies te dek
√ Identifikasie van veelvuldige isovorme per geen
√ Uitdrukkingskwantifisering op isovormvlak
Tipiese Bioinformatika Pyplyn
Jongste suksesvolle gevalle met Biomarker Technologies
1. Vergelykende ontledings van vollengte transkriptome openbaar Gnetum luofuense stamontwikkelingsdinamika
Tydskrif: Frontiers in Genetics
Gepubliseer: Mrt. 2021
Sleutelwoorde: MinION |Alternatiewe splitsing |APA |lncRNA |Differensieel uitgedrukte transkripsies
Lees Volteks
2. Eenrigtingbeweging van klein RNA's vanaf lote na wortels in interspesifieke hetero-oorplantings
Tydskrif: Nature Plants
Gepubliseer: Januarie 2021
Sleutelwoorde: Nanopore |Illumina |vollengte mobiele mRNA-opsporing
3. Vollengte transkriptoomanalise van aspersieswortels onthul die molekulêre meganisme van soutverdraagsaamheid wat deur arbuskulêre mikorisale swamme geïnduseer word
Tydskrif: Omgewings- en Eksperimentele Plantkunde
Gepubliseer: Januarie 2021
Sleutelwoorde: MinION |Differensieel uitgedrukte transkripsies |Transkripsiefaktore |Alternatiewe splitsing
4. Fisiologiese kenmerkende veranderinge en vollengte transkriptoom van roos (Rosa chinensis) wortels en blare in reaksie op droogtestres
Tydskrif: Plant- en Selfisiologie
Gepubliseer: Okt. 2020
Sleutelwoorde: PromethION |Differensieel uitgedrukte transkripsies |Funksionele voorspelling |Gesplitste isovorme |TF en lncRNA
5. Analise en omvattende vergelyking van PacBio en nanopore-gebaseerde RNA-volgordebepaling van die Arabidopsis-transkriptoom
Tydskrif: Plantmetode
Gepubliseer: April 2020
Sleutelwoorde: GridION |PromethION |PacBio Opvolger |Illumina NovaSeq |Genoombelyning |Transkripsie-identifikasie |Alternatiewe splitsing |SSR |LncRNA |Isovorm kwantifisering
Nuus en hoogtepunte poog om die nuutste suksesvolle gevalle met Biomarker Technologies te deel, nuwe wetenskaplike prestasies vas te lê sowel as prominente tegnieke wat tydens die studie toegepas is.
Postyd: Jan-08-2022