Nuus

Transponeerbare element (TE) amplifikasie is erken as 'n dryfkrag wat genoomgrootte uitbreiding en evolusie bemiddel, maar die gevolge vir die vorming van 3D genomiese argitektuur bly grootliks onbekend in plante.Hier rapporteer ons verwysingsgraad genoomsamestellings vir drie soorte katoen wat drievoudig in genoomgrootte wissel, naamlikGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2), enG. raimondii(D5), met behulp van Oxford Nanopore Technologies.Vergelykende genoomontledings dokumenteer die besonderhede van geslagspesifieke TE-amplifikasie wat bydra tot die groot genoomgrootteverskille (K2, 2.44 Gb; A2, 1.62 Gb; D5, 750.19 Mb), en dui relatief bewaarde geeninhoud en sintenieverwantskappe tussen genome aan.Ons het gevind dat ongeveer 17% van sinteniese gene chromatienstatusverandering tussen aktiewe (“A”) en onaktiewe (“B”) kompartemente vertoon, en TE-amplifikasie is geassosieer met die toename in die proporsie A-kompartement in geenstreke (~ 7 000 gene ) in K2 en A2 relatief tot D5.Slegs 42% van topologies assosierende domein (TAD) grense is onder die drie genome bewaar.Ons data impliseer onlangse versterking van TE's na die vorming van geslagspesifieke TAD-grense.Hierdie studie werp lig op die rol van transposon-gemedieerde genoomuitbreiding in die evolusie van hoër-orde chromatienstruktuur in plante.