GENOME
Chromosoom-skaal samestelling en ontleding van biomassa gewas Miscanthus lutarioriparius genoom
Nanopore-volgordebepaling |Illumina |Hi-C |RNA-volgordebepaling |Filogenie
In hierdie studie het Biomarker Technologies tegniese ondersteuning verskaf oor Nanopore-volgordebepaling, de novo genoomsamestelling, Hi-C bygestaan samestelling, ens.
Abstrak
Miscanthus, 'n risoomagtige meerjarige plant, het groot potensiaal vir bio-energieproduksie vir sy hoë biomassa en stresverdraagsaamheid.Ons rapporteer 'n chromosoom-skaal samestelling vanMiscanthus lutarioripariusgenoom deur Oxford Nanopore-volgordebepaling en Hi-C-tegnologie te kombineer.Die 2.07-Gb-samestelling dek 96.64% van die genoom, met aaneenlopende N50 van 1.71 Mb.Die sentromeer- en telomeervolgordes word onderskeidelik vir al 19 chromosome en chromosoom 10 saamgestel.Allotetraploïede oorsprong van die M. lutarioriparius word bevestig met behulp van sentromeriese satellietherhalings.Die tetraploïede genoomstruktuur en verskeie chromosomale herrangskikkings relatief tot sorghum word duidelik gedemonstreer.Tandem duplikaat gene vanM. lutarioripariusis funksioneel verryk nie net in terme wat verband hou met stresreaksie nie, maar selwandbiosintese.Geenfamilies wat verband hou met siekteweerstand, selwandbiosintese en metaalioonvervoer word grootliks uitgebrei en ontwikkel.Die uitbreiding van hierdie families kan 'n belangrike genomiese basis wees vir die verbetering van merkwaardige eienskappe vanM. lutarioriparius.
Sleutelstatistieke van genoomsamestelling
Figuur.Oorsig van die M. lutarioriparius genoomsamestelling
Nuus en hoogtepunte poog om die nuutste suksesvolle gevalle met Biomarker Technologies te deel, nuwe wetenskaplike prestasies vas te lê sowel as prominente tegnieke wat tydens die studie toegepas is.
Postyd: Jan-05-2022