Hoë-deurset genotipering, veral op grootskaalse bevolking, is 'n fundamentele stap in genetiese assosiasie studies, wat genetiese basis verskaf vir funksionele geen ontdekking, evolusionêre analise, ens. ) word ingestel om volgordebepalingskoste per monster te verminder, terwyl redelike doeltreffendheid op die ontdekking van genetiese merker gehandhaaf word.Dit word gewoonlik bereik deur die onttrekking van beperkingsfragmente binne 'n gegewe grootte reeks, wat genoem word verminderde verteenwoordiging biblioteek (RRL).Spesifieke-lokus geamplifiseerde fragment volgordebepaling (SLAF-Seq) is 'n self-ontwikkelde strategie vir de novo SNP ontdekking en SNP genotipering van groot bevolkings.
Tegniese werkvloei
SLAF vs Bestaande RRL-metodes
Voordele van SLAF
Hoër genetiese merker ontdekking doeltreffendheid– Gekombineer met hoë-deurset-volgordebepalingstegnologie, kan SLAF-Seq honderde duisende merkers bereik wat binne die hele genoom ontdek is om aan die versoek van uiteenlopende navorsingsprojekte te voldoen, hetsy met of sonder 'n verwysingsgenoom.
Pasgemaakte en buigsame eksperimentele ontwerp– Vir verskillende navorsingsdoelwitte of spesies is verskillende ensiematiese verteringstrategieë beskikbaar, insluitend enkel-ensiem, dubbel-ensiem en multi-ensiem vertering.Verteringstrategie sal vooraf in silico geëvalueer word om 'n optimale ensiemontwerp te verseker.
Hoë doeltreffendheid in ensiematiese vertering- Vooraf ontwerpte ensiematiese vertering verskaf meer eweredig verspreide SLAF's op chromosoom.Fragmentversameling doeltreffend kan meer as 95% behaal.
Vermy herhalende volgorde– Persentasie van herhalende volgorde in SLAF-Seq data word verminder tot laer as 5%, veral in spesies met 'n hoë vlak van herhalende elemente, soos koring, mielies, ens.
Self-ontwikkelde bioinformatiese werkvloei– BMK het 'n geïntegreerde bioinformatiese werkvloei ontwikkel wat van toepassing is op SLAF-Seq-tegnologie om betroubaarheid en akkuraatheid van finale uitset te verseker.
Toepassing van SLAF
Genetiese koppelingskaart
Hoëdigtheid genetiese kaartkonstruksie en identifikasie van lokusse wat blomtipe eienskappe in Krisante beheer (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Tydskrif: Tuinbounavorsing Gepubliseer: 2020.7
GWAS
Identifikasie van 'n kandidaatgeen wat met isofavoninhoud in sojaboonsaad geassosieer word deur genoomwye assosiasie en koppelingskartering
Tydskrif: die Plantjoernaal Gepubliseer: 2020.08
Evolusionêre Genetika
Bevolkingsgenomiese analise en de novo-samestelling onthul die oorsprong van onkruidrys as 'n evolusionêre spel
Tydskrif: Molekulêre Plant Gepubliseer: 2019.5
Grootmaat Segregant Analise (BSA)
GmST1, wat 'n sulfotransferase kodeer, verleen weerstand teen sojaboonmosaïekvirusstamme G2 en G3
Tydskrif: Plant, Sel&Omgewing Gepubliseer: 2021.04
Verwysing
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: 'n doeltreffende metode van grootskaalse de novo SNP-ontdekking en genotipering deur gebruik te maak van hoë-deurset-volgordebepaling[J].Plos een, 2013, 8(3):e58700
Lied X, Xu Y, Gao K, et al.Hoëdigtheid genetiese kaartkonstruksie en identifikasie van lokusse wat blomtipe eienskappe in Krisant (Chrysanthemum × morifolium Ramat.) beheer.Hortic Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Identifikasie van 'n kandidaatgeen wat met isoflavooninhoud in sojaboonsaad geassosieer word deur gebruik te maak van genoomwye assosiasie en koppelingskartering.Plant J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.Bevolkingsgenomiese analise en De Novo Assembly onthul die oorsprong van Weedy Rice as 'n evolusionêre spel.Mol Plant.2019;12(5):632-647.Mol Plant.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, wat 'n sulfotransferase kodeer, verleen weerstand teen sojaboonmosaïekvirusstamme G2 en G3.Plantsel-omgewing.2021;10.1111/st.14066
Postyd: Jan-04-2022