Metagenomiese volgordebepaling -NGS
Diensvoordele
● Isolasie en verbouingsvry vir mikrobiese gemeenskapsprofilering
● Hoë resolusie in die opsporing van spesies met 'n lae oorvloed in omgewingsmonsters
● Die idee van "meta-" integreer alle biologiese kenmerke op funksionele vlak, spesievlak en geenvlak, wat 'n dinamiese siening weerspieël wat nader aan die werklikheid is.
● BMK versamel massiewe ervaring in diverse monstertipes met meer as 10 000 monsters wat verwerk is.
Diensspesifikasies
| Platform | Opeenvolging | Aanbevole data | Omkeertyd |
| Illumina NovaSeq-platform | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 Werksdae |
Bioinformatika-ontledings
● Rou data kwaliteit beheer
● Metagenoomsamestelling
● Nie-oortollige geenstel en annotasie
● Spesiediversiteitsontleding
● Genetiese funksie diversiteit analise
● Intergroepanalise
● Assosiasie-analise teen eksperimentele faktore
Voorbeeldvereistes en aflewering
Voorbeeldvereistes:
VirDNA-ekstrakte:
| Voorbeeld tipe | Bedrag | Konsentrasie | Reinheid |
| DNA-ekstrakte | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Vir omgewingsmonsters:
| Voorbeeld tipe | Aanbevole monsternemingsprosedure |
| Grond | Monsterneming hoeveelheid: ongeveer.5 g;Oorblywende verdorde stof moet van oppervlak verwyder word;Maal groot stukke en gaan deur 2 mm filter;Aliquot monsters in steriele EP-buis of cyrotube vir bespreking. |
| Ontlasting | Monsterneming hoeveelheid: ongeveer.5 g;Versamel en verdeel monsters in steriele EP-buis of kriobuis vir bespreking. |
| Derminhoud | Monsters moet onder aseptiese toestand verwerk word.Was versamelde weefsel met PBS;Sentrifugeer die PBS en versamel die neerslagmiddel in EP-buise. |
| Slyk | Monsterneming hoeveelheid: ongeveer.5 g;Versamel en verdeel slykmonster in steriele EP-buis of kriobuis vir bespreking |
| Waterliggaam | Vir monster met beperkte hoeveelheid mikrobiese, soos kraanwater, putwater, ens., Versamel ten minste 1 L water en gaan deur 0.22 μm filter om mikrobiese op die membraan te verryk.Berg die membraan in steriele buis. |
| Vel | Skraap veloppervlak versigtig met steriele watte depper of chirurgiese lem en plaas dit in steriele buis. |
Aanbevole voorbeeldaflewering
Vries die monsters in vloeibare stikstof vir 3-4 uur en stoor in vloeibare stikstof of -80 grade tot langtermyn bespreking.Monsterversending met droë-ys word vereis.
Dienswerkvloei
Voorbeeld aflewering
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
1.Histogram: Spesieverspreiding
2.Funksionele gene wat aan KEGG metaboliese weë geannoteer is
3. Hittekaart: Differensiële funksies gebaseer op relatiewe geen oorvloed
4. Circos van CARD antibiotika weerstand gene
BMK saak
Voorkoms van antibiotika weerstandigheid gene en bakteriële patogene langs die grond-mangrove wortel kontinuum
Gepubliseer:Tydskrif vir Gevaarlike Materiale, 2021
Opeenvolgingstrategie:
Materiaal: DNA-ekstrakte van vier fragmente van mangrove-wortel-geassosieerde monsters: ongeplante grond, risosfeer, episfeer en endosfeer kompartemente
Platform: Illumina HiSeq 2500
Teikens: Metagenoom
16S rRNA geen V3-V4 streek
Sleutel resultate
Metagenomiese volgordebepaling en metabarcoding profilering op grond-wortel kontinuum van mangrove boompies is verwerk om die verspreiding van antibiotika weerstand gene (ARGs) vanaf grond na plante te bestudeer.Metagenomiese data het aan die lig gebring dat 91.4% van antibiotika-weerstandsgene algemeen geïdentifiseer is in al vier grondkompartemente hierbo genoem, wat 'n deurlopende mode getoon het.16S rRNA amplikon volgordebepaling het 29 285 rye gegenereer, wat 346 spesies verteenwoordig.Gekombineer met spesie-profilering deur amplikon-volgordebepaling, is gevind dat hierdie verspreiding onafhanklik van wortelgeassosieerde mikrobiota is, maar dit kon egter gefasiliteer word deur mobiele van genetiese elemente.Hierdie studie het die vloei van ARG's en patogene vanaf grond na die plante deur onderling verbind grond-wortel kontinuum geïdentifiseer.
Verwysing
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L. .(2020).Voorkoms van antibiotika weerstandigheid gene en bakteriële patogene langs die grond-mangrove wortel kontinuum.Tydskrif vir Gevaarlike Materiale, 408, 124985.
