-
Plant/dier De novo genoomvolgordebepaling
De novovolgordebepaling verwys na die konstruksie van 'n spesie se hele genoom deur gebruik te maak van volgordebepalingtegnologieë, bv. PacBio, Nanopore, NGS, ens., in afwesigheid van 'n verwysingsgenoom.Die merkwaardige verbetering in leeslengte van derdegenerasie-volgordebepalingtegnologieë het nuwe geleenthede gebring in die samestelling van komplekse genome, soos dié met hoë heterosigositeit, hoë verhouding van herhalende streke, poliploïede, ens. Met leeslengte op tientalle kilobasis-vlak, maak hierdie volgorde-lesings dit moontlik. oplos van herhalende elemente, streke met abnormale GC-inhoud en ander hoogs komplekse streke.
Platform: PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48 / Illumina NovaSeq6000
-
Hi-C-gebaseerde genoomsamestelling
Hi-C is 'n metode wat ontwerp is om chromosoomkonfigurasie vas te vang deur ondersoekende nabyheid-gebaseerde interaksies en hoë-deurset-volgordebepaling te kombineer.Daar word geglo dat die intensiteit van hierdie interaksies negatief gekorreleer is met fisiese afstand op chromosome.Daarom kan Hi-C-data die groepering, ordening en oriëntering van saamgestelde reekse in 'n konsepgenoom lei en dit op 'n sekere aantal chromosome veranker.Hierdie tegnologie bemagtig 'n genoomsamestelling op chromosoomvlak in die afwesigheid van bevolkingsgebaseerde genetiese kaart.Elke enkele genoom het 'n Hi-C nodig.
Platform: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Evolusionêre Genetika
Evolusionêre genetika is 'n volgepakte volgorde diens wat ontwerp is vir die verskaffing van 'n omvattende interpretasie van evolusionêre inligting van gegewe materiale gebaseer op genetiese variasies, insluitend SNPs, InDels, SVs en CNVs.Dit verskaf alle fundamentele ontledings wat nodig is vir die beskrywing van evolusionêre veranderinge en genetiese kenmerke van populasies, soos bevolkingstruktuur, genetiese diversiteit, filogenieverwantskappe, ens. Dit bevat ook studies oor geenvloei, wat skatting van effektiewe bevolkingsgrootte, divergensietyd bemagtig.
-
Vergelykende genomika
Vergelykende genomika beteken letterlik om die volledige genoomvolgorde en strukture van verskillende spesies te vergelyk.Hierdie dissipline het ten doel om spesie-evolusie, geenfunksie, geenregulerende meganisme op genoomvlak te openbaar deur die volgordestrukture en elemente wat oor verskillende spesies bewaar of gedifferensieer het, te identifiseer.Tipiese vergelykende genomikastudie sluit ontledings in geenfamilie, evolusionêre ontwikkeling, heelgenoomduplisering, selektiewe druk, ens.
-
Grootmaat Segregant-ontleding
Bulk-segregant-analise (BSA) is 'n tegniek wat gebruik word om fenotipe-geassosieerde genetiese merkers vinnig te identifiseer.Die hoofwerkvloei van BSA behels die selektering van twee groepe individue met uiters opponerende fenotipes, die samevoeging van die DNS van alle individue om twee massas DNS te vorm, die identifisering van differensiële volgordes tussen twee poele.Hierdie tegniek is wyd gebruik om genetiese merkers te identifiseer wat sterk geassosieer word deur geteikende gene in plant-/diergenome.
