Produkte

DNA/RNA-volgordebepaling -PacBio-volgordebepaling

DNA/RNA-volgordebepaling -PacBio Sequencer Uitstalbeeld

PacBio-volgordebepalingsplatform is 'n langleesvolgordebepalingsplatform, wat ook bekend staan as een van die Third-Generation Sequencing (TGS) tegnologieë.Die kerntegnologie, enkel-molekule-intydse (SMRT), bemagtig die generering van leeswerk met tientalle kilobasis lank.Op basis van "Opeenvolging-deur-sintese", word enkelnukleotiedresolusie bereik deur Zero-modus golfleier (ZMW), waar slegs beperkte volume aan die onderkant (plek van molekulesintese), verlig word.Daarbenewens vermy SMRT-volgordebepaling grootliks volgorde-spesifieke vooroordeel in NGS-stelsel, deurdat die meeste PCR-amplifikasiestappe nie in die biblioteekkonstruksieproses vereis word nie.

Platform: Vervolg II, Revio

Kontak Ons

Diensbesonderhede

Demo resultate

Kenmerke

Twee volgordemodusse op PacBio-volgorder: Continuous Long Read (CLR) en Circular Consensus Read (CCS)

Volgorde-modus

Biblioteekgrootte

Teoretiese dataOpbrengs (per sel)

Enkel-basisAkkuraatheid

Aansoeke

CLR

20Kb, 30Kb, ens.

80 Gb tot 130 Gb

Ongeveer.85%

De novo, SV roeping, ens.

CCS

15-20 Kb

14 tot 40 Gb/sel (Vervolg II)

70 tot 110 Gb/sel (Revio)

Hang af van die monsters

Ongeveer.99%

De novo, SNP/Indel/SV roeping, Iso-Seq,

Vergelyking van die prestasie en kenmerke van Revio en Sequel II

Bepalings	Vervolg II-stelsel	Revio stelsel	Verhoog
Hoër digtheid	8 miljoen ZMW's	25 miljoen ZMW's	3x
Onafhanklike stadiums	1	4	4x
Korter looptye	30 uur	24 ure	1,25x
30X HiFi menslike genome / jaar	88	1 300	15x algeheel

Diensvoordele

● Meer as 8 jaar ondervinding op PacBio-volgordebepalingsplatform met duisende geslote projekte met verskeie spesies.

● Ten volle toegerus met die nuutste PacBio Sequencing platforms, Revio om voldoende volgorde deurset te waarborg.

● Vinniger omkeertyd, hoër data-opbrengs en meer akkurate data.

● Bygedra in honderde hoë-impak PacBio-gebaseerde publikasies.

Voorbeeldvereistes

Voorbeeld tipe

Bedrag

Konsentrasie （Qubit®）

Volume

Reinheid

Ander

Genomiese DNA

Hang af van datavereistes

≥50 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1.7-2.2;
OD260/230=1,8-2,5;
Duidelike piek by 260 nm,geen kontaminasies nie

Konsentrasie moet gemeet word deur Qubit en Qubit/Nanopore = 0.8-2.5

Totale RNA

≥1.2μg

≥120 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1.7-2.5;
OD260/230=0.5-2.5;geen kontaminasies nie

RIN-waarde ≥7,5

5≥28S/18S≥1

Dienswerkvloei

Monster voorbereiding

Biblioteek konstruksie

Opeenvolging

Data-analise

Projek aflewering

Vorige: OEM-vervaardiger Mrna Sequencing Service - Lang nie-koderende volgorde-Illumina - Biomarker

Volgende: Illumina en BGI

1.In-huis data opbrengs

Data gegenereer uit 63 CCS-selle (vanaf 26 spesies)

DATA-PacBio-CCS-15 Kb	Gemiddeld	Maks	Min	Mediaan
Opbrengs - sublees (Gb)	421,12	544,27	221,38	426,58
Yiled - CCS(Gb)	25,93	38,59	10,86	25.43
Polimerase N50	145 651	175 430	118 118	144 689
Onderlees N50	17 509	23 924	12 485	17 584
CCS N50	14 490	19 034	9 876	14 747
Gemiddelde lengte-Polymerase	67 995	89 379	49 664	66 433
Gemiddelde lengte-Subreads	15 866	21 036	11 657	16 012
Gemiddelde lengte-CCS	14 489	19 074	8 575	14 655

Data gegenereer uit 16 CLR-selle (van 76 spesies)

DATA-PacBio-CLR-30Kb	Gemiddeld	Maks	Min	Mediaan
Opbrengs - sublees (Gb)	142,20	291,40	50,55	142,49
Polimerase N50	39 456	121 191	15 389	35 231
Onderlees N50	28 490	41 012	14 430	29 063
Gemiddelde lengte-Polymerase	22 063	48 886	8 747	21 555
Gemiddelde lengte-Subreads	17 720	27 225	8 293	17 779

2.Data QC – DemoStatistiek oor data-opbrengs

Voorbeeld	ccs Lees Num	Totale ccs-basisse (bp)	ccs lees N50 (bp)	ccs gemiddelde lengte (bp)	ccs langste gelees (bp)	sublees basisse (bp)	ccs-koers (%)
PB_BMKxxx	3 444 159	54 164 122 586	15 728	15 726	36 110	863,326,330,465	6.27