Vergelykende genomika
Diensvoordele
● Omvattende ontledingspakket, wat die agt mees vereiste ontledings bevat
● Hoë betroubaarheid in analise met gedetailleerde en maklik verstaanbare interpretasie van resultate
● Goed ontwerpte syfers wat gereed is om te publiseer
● Hoogs-geskoolde bioinformatika-span voldoen aan uiteenlopende persoonlike analise-vereistes
● Korter omkeertyd met hoër akkuraatheid in analise
● Oorvloedige ondervinding met meer as 90 suksesvolle gevalle met 'n akkumulatiewe gepubliseerde impakfaktor van meer as 900
Diensspesifikasies
| Geskatte omkeertyd | Aantal spesies | Ontleed |
| 30 werksdae | 6 - 12 | Gene familie groepering Gene familie uitbreiding en sametrekking Filogenetiese boomkonstruksie Divergensie tyd skatting (fossiel kalibrasie vereis) LTR-invoegtyd (Vir plante) Heel genoom duplisering (vir plante) Selektiewe druk Sinteny analise |
Bioinformatika-ontledings
● Gene familie
● Filogenetika
● Divergensie tyd
● Selektiewe druk
● Syntenie-analise
Voorbeeldvereistes en aflewering
Voorbeeldvereistes:
Weefsel of DNA vir genoomvolgordebepaling en samestelling
Vir Weefsel
| Spesies | Sneesdoekie | Opname | PacBio CCS |
| Dier | Viscerale weefsel | 0,5 ~ 1g | ≥ 3,5 g |
| Spierweefsel | |||
| ≥ 5.0g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Soogdier bloed | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Pluimvee/visbloed | |||
| Plant | Vars Blaar | 1 ~ 2g | ≥ 5.0g |
| Blomblaar/Stengel | 1 ~ 2g | ≥ 10.0g | |
| Wortel/Saad | 1 ~ 2g | ≥ 20.0g | |
| Selle | Gekultiveerde sel | - | ≥ 1 x 108 |
Data
Genoomvolgordelêers (.fasta) en annotasielêers (.gff3) van naverwante spesies
Dienswerkvloei
Eksperiment ontwerp
Voorbeeld aflewering
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
*Demo-resultate wat hier gewys word, is almal van genome wat met Biomarker Technologies gepubliseer is
1.LTR-insetsietydberaming: Die figuur het 'n unieke bimodale verspreiding in LTR-RTs invoegtye in Weining-roggenoom getoon, in vergelyking met ander spesies.Die mees onlangse piek het ongeveer 0,5 miljoen jaar gelede verskyn.
Li Guang et al.,Natuur Genetika, 2021
2. Filogenie en geenfamilie-analise op chayote (Sechium edule): Deur chayote en die ander 13 verwante spesies in geenfamilie te ontleed, is gevind dat Chayote die naaste verwant is aan slangkalbas (Trichosanthes anguina).Chayote afkomstig van slangkalbas in ongeveer 27-45 Mya en heelgenoomduplisering (WGD) is waargeneem in chayote in 25±4 Mya, wat die derde WGD-gebeurtenis in cucuibitaceae is.
Fu A et al.,Tuinbounavorsing, 2021
3.Syntenie-analise: Sommige gene wat verband hou met fitohormone in vrugontwikkeling is gevind in chayote, slangkalbas en skorsies.Korrelasie tussen chayote en stampmielies is effens hoër as dié tussen chayote en slangkalbas.
Fu A et al.,Tuinbounavorsing, 2021
4.Geenfamilie-analise: KEGG-verryking op geenfamilie-uitbreiding en sametrekking in G.thurberi- en G.davidsonii-genome het getoon dat steroïedbiosintese en brassinosteroïedbiosinteseverwante gene uitgebrei is.
Yang Z et al.,BMC Biologie, 2021
5. Hele genoom duplisering analise: 4DTV en Ks verspreiding analise getoon heel genoom duplisering gebeurtenis.Pieke van intraspesies het dupliseringsgebeure getoon.Pieke van interspesie het spesiasiegebeure getoon.Die analise het aangedui dat in vergelyking met die ander drie nouverwante spesies, O. europaea meer onlangs deur 'n grootskaalse geenduplisering gegaan het.
Rao G et al.,Tuinbounavorsing, 2021
BMK saak
Roos sonder prikkel: genomiese insigte gekoppel aan vogaanpassing
Gepubliseer: Nasionale Wetenskapoorsig, 2021
Opeenvolgingstrategie:
'Basye s'nDoringloos' (R.Wichurainan) genoom:
Ongeveer.93 X PacBio + ongeveer.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Sleutel resultate
1. Hoë kwaliteit R.wichuraiana genoom is gekonstrueer deur gebruik te maak van langleesvolgordebepalingstegnieke, wat 'n samestelling van 530.07 Mb oplewer (Geskatte genoomgrootte was ongeveer 525.9 Mb deur vloeisitometrie en 525.5 deur genoomopname; Heterosigositeit was ongeveer 1.03%).BUSCO se geskatte telling was 93,9%.In vergelyking met “Ou bloos” (haploOB), is die kwaliteit en volledigheid van hierdie genoom bevestig deur basis enkel-basis akkuraatheid en LTR samestelling indeks (LAI=20.03).R.wichuraiana-genoom bevat 32 674 proteïenkoderende gene.
2.Multi-omics gesamentlike analise, bestaande uit vergelykende genomika, transcriptomics, QTL analise van genetiese populasie, het die deurslaggewende spesiasie tussen R. wichuraiana en Rosa chinensis aan die lig gebring.Ook, uitdrukkingsvariasie van verwante gene in QTL sou waarskynlik geassosieer word met stamprikpatroonvorming.
Vergelykende genomika-analise tussen Basye se Doringlose en Rosa chinensis, insluitend sintenie-analise, geenfamilie-kluster, uitbreiding en sametrekking-analise, het 'n groot aantal variasies aan die lig gebring, wat verband hou met belangrike eienskappe in rose.Die unieke uitbreiding in NAC en FAR1/FRS geenfamilie sou heel waarskynlik geassosieer word met weerstand teen swartvlek.
Vergelykende genomika-analise tussen BT- en haploOB-genome.
Zhong, M., et al."Roos sonder prikkel: genomiese insigte gekoppel aan vogaanpassing"Nasionale Wetenskapoorsig, 2021;, nwab092.
