Grootmaat Segregant-analise
Diensvoordele
Takagi et al., The plant journal, 2013
● Akkurate lokalisering: Meng grootmaat met 30+30 tot 200+200 individue om agtergrondgeraas te minimaliseer;nie-sinonieme mutatante-gebaseerde kandidaatstreekvoorspelling.
● Omvattende analise: In-diepte kandidaat geenfunksie annotasie, insluitend NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, ens.
● Vinniger Omkeertyd: Vinnige geenlokalisering binne 45 werksdae.
● Uitgebreide ondervinding: BMK het bygedra tot duisende kenmerke-lokalisering, wat uiteenlopende spesies soos gewasse, waterprodukte, woude, blomme, vrugte, ens.
Diensspesifikasies
Bevolking:
Skeiding van nageslag van ouers met opponerende fenotipes.
bv. F2-nageslag, Terugkruising (BC), Rekombinante ingeteelde lyn (RIL)
Meng swembad
Vir kwalitatiewe eienskappe: 30 tot 50 individue (minimum 20)/grootmaat
Vir kwantitatiewe tratis: top 5% tot 10% individue met óf uiterste fenotipes in die hele bevolking (minimum 30+30).
Aanbevole volgorde-diepte
Minstens 20X/ouer en 1X/nageslag individu (bv. vir nageslag-mengpoel van 30+30 individue, sal volgorde-diepte 30X per grootmaat wees)
Bioinformatika-ontledings
● Heelgenoomhervolgordebepaling
● Dataverwerking
● SNP/Indel-oproep
● Kandidaatstreeksifting
● Kandidaat geenfunksie annotasie
Voorbeeldvereistes en aflewering
Voorbeeldvereistes:
Nukleotiede:
| gDNA monster | Weefselmonster |
| Konsentrasie: ≥30 ng/μl | Plante: 1-2 g |
| Hoeveelheid: ≥2 μg (Volume ≥15 μl) | Diere: 0,5-1 g |
| Suiwerheid: OD260/280= 1.6-2.5 | Volbloed: 1,5 ml |
Dienswerkvloei
Eksperiment ontwerp
Voorbeeld aflewering
RNA-ekstraksie
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
1. Assosiasie analise basis op Euklidiese Afstand (ED) om kandidaatstreek te identifiseer.In die volgende figuur
X-as: Chromosoomgetal;Elke punt verteenwoordig 'n ED-waarde van 'n SNP.Die swart lyn stem ooreen met die ingeboude ED-waarde.'n Hoër ED-waarde dui op 'n meer betekenisvolle assosiasie tussen die terrein en die fenotipe.Rooi strepieslyn verteenwoordig die drempel van beduidende assosiasie.
2. Assosiasie-analise gebaseer op geen SNP-indeks nie
X-as: Chromosoomgetal;Elke punt verteenwoordig SNP-indekswaarde.Die swart lyn staan vir toegeruste SNP-indekswaarde.Hoe groter die waarde is, hoe meer betekenisvol is die assosiasie.
BMK saak
Die hoof-effek kwantitatiewe eienskap lokus Fnl7.1 kodeer 'n laat embriogenese oorvloedige proteïen wat verband hou met vrugte nek lengte in komkommer
Gepubliseer: Plant Biotegnologie Tydskrif, 2020
Opeenvolgingstrategie:
Ouers (Jin5-508, YN): Heelgenoomherrangskikking vir 34× en 20×.
DNS-poele (50 langnek en 50 kortnek): Herrangskik vir 61× en 52×
Sleutel resultate
In hierdie studie is segregerende populasie (F2 en F2:3) gegenereer deur die langnek komkommerlyn Jin5-508 en kortnek YN te kruis.Twee DNS-poele is deur 50 ekstreme langnek individue en 50 uiterste kortnek individue gebou.Groot-effek QTL is op Chr07 geïdentifiseer deur BSA analise en tradisionele QTL kartering.Die kandidaat-streek is verder vernou deur fyn-kartering, geenuitdrukking kwantifisering en transgeniese eksperimente, wat sleutelgeen in die beheer van neklengte, CsFnl7.1, geopenbaar het.Daarbenewens is gevind dat polimorfisme in CsFnl7.1 promotorstreek geassosieer word met ooreenstemmende uitdrukking.Verdere filogenetiese analise het voorgestel dat Fnl7.1 lokus heel waarskynlik van Indië afkomstig is.
 QTL-kartering in BSA-analise om kandidaatstreek te identifiseer wat verband hou met komkommerneklengte |  LOD profiele van komkommer nek-lengte QTL geïdentifiseer op Chr07 |
Xu, X., et al."Die hoof-effek kwantitatiewe eienskap lokus Fnl7.1 kodeer 'n laat embriogenese oorvloedige proteïen wat verband hou met vrugte nek lengte in komkommer."Plant Biotegnologie Joernaal 18.7(2020).
