BMKCloud Log in
条形banner-03

Produkte

Grootmaat Segregant-analise

Bulked segregant-analise (BSA) is 'n tegniek wat gebruik word om fenotipe-geassosieerde genetiese merkers vinnig te identifiseer.Die hoofwerkvloei van BSA bevat die selektering van twee groepe individue met uiters opponerende fenotipes, die samevoeging van die DNA van alle individue om twee massas DNA te vorm, die identifisering van differensiële volgordes tussen twee poele.Hierdie tegniek is omvattend aangewend in die identifisering van genetiese merkers wat sterk geassosieer word deur geteikende gene in plant-/diergenome.


Diensbesonderhede

Demo resultate

Gevallestudie

Diensvoordele

12

Takagi et al., The plant journal, 2013

● Akkurate lokalisering: Meng grootmaat met 30+30 tot 200+200 individue om agtergrondgeraas te minimaliseer;nie-sinonieme mutatante-gebaseerde kandidaatstreekvoorspelling.

● Omvattende analise: In-diepte kandidaat geenfunksie annotasie, insluitend NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, ens.

● Vinniger Omkeertyd: Vinnige geenlokalisering binne 45 werksdae.

● Uitgebreide ondervinding: BMK het bygedra tot duisende kenmerke-lokalisering, wat uiteenlopende spesies soos gewasse, waterprodukte, woude, blomme, vrugte, ens.

Diensspesifikasies

Bevolking:
Skeiding van nageslag van ouers met opponerende fenotipes.
bv. F2-nageslag, Terugkruising (BC), Rekombinante ingeteelde lyn (RIL)

Meng swembad
Vir kwalitatiewe eienskappe: 30 tot 50 individue (minimum 20)/grootmaat
Vir kwantitatiewe tratis: top 5% tot 10% individue met óf uiterste fenotipes in die hele bevolking (minimum 30+30).

Aanbevole volgorde-diepte
Minstens 20X/ouer en 1X/nageslag individu (bv. vir nageslag-mengpoel van 30+30 individue, sal volgorde-diepte 30X per grootmaat wees)

Bioinformatika-ontledings

● Heelgenoomhervolgordebepaling
 
● Dataverwerking
 
● SNP/Indel-oproep
 
● Kandidaatstreeksifting
 
● Kandidaat geenfunksie annotasie

流程图-BS-A1

Voorbeeldvereistes en aflewering

Voorbeeldvereistes:

Nukleotiede:

gDNA monster

Weefselmonster

Konsentrasie: ≥30 ng/μl

Plante: 1-2 g

Hoeveelheid: ≥2 μg (Volume ≥15 μl)

Diere: 0,5-1 g

Suiwerheid: OD260/280= 1.6-2.5

Volbloed: 1,5 ml

Dienswerkvloei

Voorbeeld QC

Eksperiment ontwerp

monster aflewering

Voorbeeld aflewering

Loodseksperiment

RNA-ekstraksie

Biblioteekvoorbereiding

Biblioteek konstruksie

Opeenvolging

Opeenvolging

Data-analise

Data-analise

Na verkope Dienste

Na-verkope dienste


  • Vorige:
  • Volgende:

  • 1. Assosiasie analise basis op Euklidiese Afstand (ED) om kandidaatstreek te identifiseer.In die volgende figuur

    X-as: Chromosoomgetal;Elke punt verteenwoordig 'n ED-waarde van 'n SNP.Die swart lyn stem ooreen met die ingeboude ED-waarde.'n Hoër ED-waarde dui op 'n meer betekenisvolle assosiasie tussen die terrein en die fenotipe.Rooi strepieslyn verteenwoordig die drempel van beduidende assosiasie.

    mRNA-FLNC-lees-lengte-verspreiding

     

    2. Assosiasie-analise gebaseer op geen SNP-indeks nie

    X-as: Chromosoomgetal;Elke punt verteenwoordig SNP-indekswaarde.Die swart lyn staan ​​vir toegeruste SNP-indekswaarde.Hoe groter die waarde is, hoe meer betekenisvol is die assosiasie.

    mRNA-Volledige-ORF-lengte-verspreiding

     

    BMK saak

    Die hoof-effek kwantitatiewe eienskap lokus Fnl7.1 kodeer 'n laat embriogenese oorvloedige proteïen wat verband hou met vrugte nek lengte in komkommer

    Gepubliseer: Plant Biotegnologie Tydskrif, 2020

    Opeenvolgingstrategie:

    Ouers (Jin5-508, YN): Heelgenoomherrangskikking vir 34× en 20×.

    DNS-poele (50 langnek en 50 kortnek): Herrangskik vir 61× en 52×

    Sleutel resultate

    In hierdie studie is segregerende populasie (F2 en F2:3) gegenereer deur die langnek komkommerlyn Jin5-508 en kortnek YN te kruis.Twee DNS-poele is deur 50 ekstreme langnek individue en 50 uiterste kortnek individue gebou.Groot-effek QTL is op Chr07 geïdentifiseer deur BSA analise en tradisionele QTL kartering.Die kandidaat-streek is verder vernou deur fyn-kartering, geenuitdrukking kwantifisering en transgeniese eksperimente, wat sleutelgeen in die beheer van neklengte, CsFnl7.1, geopenbaar het.Daarbenewens is gevind dat polimorfisme in CsFnl7.1 promotorstreek geassosieer word met ooreenstemmende uitdrukking.Verdere filogenetiese analise het voorgestel dat Fnl7.1 lokus heel waarskynlik van Indië afkomstig is.

    PB-vollengte-RNA-volgordebepaling-gevallestudie

    QTL-kartering in BSA-analise om kandidaatstreek te identifiseer wat verband hou met komkommerneklengte

    PB-vollengte-RNA-alternatiewe-splyting

    LOD profiele van komkommer nek-lengte QTL geïdentifiseer op Chr07

     
    Verwysing

    Xu, X., et al."Die hoof-effek kwantitatiewe eienskap lokus Fnl7.1 kodeer 'n laat embriogenese oorvloedige proteïen wat verband hou met vrugte nek lengte in komkommer."Plant Biotegnologie Joernaal 18.7(2020).

    kry 'n kwotasie

    Skryf jou boodskap hier en stuur dit vir ons

    Stuur jou boodskap aan ons: