BMKCloud Log in
条形banner-03

Produkte

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

16S/18S/ITS amplikonvolgordebepaling het ten doel om filogenie, taksonomie en spesie-oorvloed in 'n mikrobiese gemeenskap te openbaar deur PCR-produkte van huishoudelike genetiese merkers te ondersoek wat beide hoogs gekonfronteerde en hiperveranderlike dele bevat.Die bekendstelling van hierdie perfekte molekulêre vingerafdrukke deur Woeses et al, (1977) bemagtig isolasie-vrye mikrobioom profilering.Volgordebepaling van 16S (bakterieë), 18S (swamme) en Interne getranskribeerde spasieerder (ITS, swamme) laat identifikasie van beide volop spesies sowel as skaars en ongeïdentifiseerde spesies toe.Hierdie tegnologie het 'n wyd toegepaste en belangrike hulpmiddel geword om differensiële mikrobiese samestelling in verskeie omgewings te identifiseer, soos menslike mond, ingewande, ontlasting, ens.

Platform:Illumina NovaSeq-platform


Diensbesonderhede

Demo resultate

Gevallestudie

Diensvoordele

● Isolasievrye en vinnige identifikasie van mikrobiese samestelling in omgewingsmonsters

● Hoë resolusie in min-volop komponente in omgewingsmonsters

● Nuutste QIIME2-ontledingsvloei met diverse ontledings in terme van databasis, annotasie, OTU/ASV.

● Hoë deurset, hoër akkuraatheid

● Van toepassing op diverse mikrobiese gemeenskapstudies

● BMK besit uitgebreide ondervinding met meer as 100 000 monsters/jaar, wat grond, water, gas, slyk, ontlasting, ingewande, vel, fermentasiebouillon, insekte, plante, ens.

● BMKCloud het data-interpretasie gefasiliteer wat 45 gepersonaliseerde ontledingsinstrumente bevat

Diensspesifikasies

OpeenvolgingPlatform

Biblioteek

Aanbevole data-opbrengs

Geskatte omkeertyd

Illumina NovaSeq-platform

PE250

50K/100K/300K Tags

30 dae

Bioinformatika-ontledings

● Rou data kwaliteit beheer

● OTU-groepering/de-geraas (ASV)

● OTU-aantekening

● Alfa-diversiteit

● Beta-diversiteit

● Intergroepanalise

● Assosiasie-analise teen eksperimentele faktore

● Funksie geen voorspelling

16S

Voorbeeldvereistes en aflewering

Voorbeeldvereistes:

VirDNA-ekstrakte:

Voorbeeld tipe

Bedrag

Konsentrasie

Reinheid

DNA-ekstrakte

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Vir omgewingsmonsters:

Voorbeeld tipe

Aanbevole monsternemingsprosedure

Grond

Monsterneming hoeveelheid: ongeveer.5 g;Oorblywende verdorde stof moet van oppervlak verwyder word;Maal groot stukke en gaan deur 2 mm filter;Aliquot monsters in steriele EP-buis of cyrotube vir bespreking.

Ontlasting

Monsterneming hoeveelheid: ongeveer.5 g;Versamel en verdeel monsters in steriele EP-buis of kriobuis vir bespreking.

Derminhoud

Monsters moet onder aseptiese toestand verwerk word.Was versamelde weefsel met PBS;Sentrifugeer die PBS en versamel die neerslagmiddel in EP-buise.

Slyk

Monsterneming hoeveelheid: ongeveer.5 g;Versamel en verdeel slykmonster in steriele EP-buis of kriobuis vir bespreking

Waterliggaam

Vir monster met beperkte hoeveelheid mikrobiese, soos kraanwater, putwater, ens., Versamel ten minste 1 L water en gaan deur 0.22 μm filter om mikrobiese op die membraan te verryk.Berg die membraan in steriele buis.

Vel

Skraap veloppervlak versigtig met steriele watte depper of chirurgiese lem en plaas dit in steriele buis.

Aanbevole voorbeeldaflewering

Vries die monsters in vloeibare stikstof vir 3-4 uur en stoor in vloeibare stikstof of -80 grade tot langtermyn bespreking.Monsterversending met droë-ys word vereis.

Dienswerkvloei

monster aflewering

Voorbeeld aflewering

Biblioteekvoorbereiding

Biblioteek konstruksie

Opeenvolging

Opeenvolging

Data-analise

Data-analise

Na verkope Dienste

Na-verkope dienste


  • Vorige:
  • Volgende:

  • 1.Spesies verspreiding

    3

    2. Hittekaart: Spesierykdomgroepering

    4

    3.Rare faksiekurwe

    5

    4.NMDS-analise

    6

    5.Lefse-analise

    7

     

     

     

    BMK saak

    Vetsugtige individue met en sonder tipe 2-diabetes toon verskillende ingewande mikrobiese funksionele kapasiteit en samestelling

    Gepubliseer:Selgasheer en mikrobe, 2019

    Opeenvolgingstrategie:

    Maer nie-diabetes (n=633);Vetsugtige nie-diabetes (n=494);Vetsugtig-tipe 2-diabetes (n=153);
    Teikenstreek: 16S rDNA V1-V2
    Platform: Illumina Miseq (NGS-gebaseerde amplicon-volgordebepaling)
    Subset van DNA-ekstrakte is onderwerp aan metagenomiese volgordebepaling op Illumina Hiseq

    Sleutel resultate

    Mikrobiese profiele van hierdie metaboliese siektes is suksesvol gedifferensieer.
    Deur mikrobiese kenmerke gegenereer deur 16S-volgordebepaling te vergelyk, is gevind dat vetsug verband hou met veranderinge in mikrobiese samestelling, individuele kenmerke, veral beduidende afname in Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, ens. Daarbenewens is gevind dat T2D geassosieer word met toename in Escherichia/shigella .

    Verwysing

    Thingholm, LB, et al."Vesugtige individue met en sonder tipe 2-diabetes toon verskillende dermmikrobiese funksionele vermoë en samestelling."Selgasheer en mikrobe26.2 (2019).

     

    kry 'n kwotasie

    Skryf jou boodskap hier en stuur dit vir ons

    Stuur jou boodskap aan ons: